연금계좌 세액공제 대상 납입액, 얼마까지인가요?

결론

세액공제 대상 납입액은 900만원, 세액공제액은 108만원(900만원 × 12%)입니다. 연금저축계좌 700만원 중 600만원만 인정되고, 여기에 IRP 500만원을 더한 1,100만원이 통합한도 900만원을 넘으므로 900만원으로 잘리며, 총급여 6,000만원이므로 공제율은 15%가 아닌 12%입니다.

근거

1. •

   한도 구조 — 소득세법 제59조의3 제1항 단서(현행 조문): ① 연금저축계좌 납입액이 연 600만원을 초과하는 부분은 없는 것으로 보고, ② 연금저축 600만원 이내 금액 + 퇴직연금계좌(IRP) 납입액의 합이 연 900만원을 초과하는 부분은 없는 것으로 봅니다.

2. •

   공제율 — 같은 항 본문: 원칙 12%, 종합소득금액 4,500만원 이하(근로소득만 있으면 총급여 5,500만원 이하)인 경우 15%. 사안은 총급여 6,000만원으로 5,500만원을 초과하므로 12% 적용.

3. •

   적용시기 — 위 600만원/900만원 및 4,500만원(총급여 5,500만원) 기준은 2022-12-31 공포·2023-01-01 시행 개정(제19196호)에 따른 것이고, 같은 부칙의 경과조치는 '시행 전에 개시한 과세기간'에만 종전 규정을 적용하도록 하므로 2024년 귀속에는 현행 기준이 그대로 적용됩니다.

4. •

   50세 이상 추가한도(연금저축 600/통합 900) — 조특법 제86조의4는 2022년 12월 31일까지 적용되는 한시 규정으로, 2024년 귀속에는 적용되지 않습니다. 또한 2023년부터 본법 한도 자체가 600/900으로 상향되어 연령에 따른 차등이 없으므로, 만 50세라는 사정은 한도에 영향을 주지 않습니다(질문의 "만 50세" 조건에 대한 정면 판정).

5. •

   단계별 계산

• •대상 납입액 9,000,000원 × 12% = 1,080,000원
• •연금계좌 납입한도 1,800만원(소득세법 시행령 제40조의2 제2항)은 '납입 가능액' 한도이지 세액공제 한도가 아니므로, 1,200만원 납입 자체는 적법하나 공제는 900만원까지만 됩니다.

유의

• •세액공제는 산출세액 범위 내에서만 적용됩니다(소득세법 제59조의3 제1항 "종합소득산출세액에서 공제"). 결정세액이 108만원 미만이면 그만큼만 공제되고 환급은 없습니다.
• •공제받지 못한 연금저축 초과납입액(700만원 중 100만원) 및 통합한도 초과분 200만원은, 이후 과세기간에 시행령 제118조의3에 따른 전환특례를 신청해 그 해 납입액으로 전환하여 공제받을 수 있습니다(사전답변 사전-2025-법규소득-1221;, 서면-2024-법규소득-0720).
• •개인지방소득세에도 별도의 연금계좌세액공제 규정이 있으나(지방세특례제한법 제97조의3), 해당 근거 조문의 한도가 400만원/700만원으로 소득세법 현행 한도와 다르게 기재되어 있어 현행성 확인이 필요합니다(근거만으로는 직접 확인되지 않음). 실무상 근로소득 연말정산에서는 소득세 공제액을 기준으로 지방소득세가 연동되므로, 지방세 부분은 법제처 원문으로 최신 개정 확인을 권합니다.
• •ISA 만기자금을 연금계좌로 전환한 금액이 있다면 제59조의3 제3·4항에 따라 전환금액의 10%(최대 300만원)만큼 한도가 추가되므로 대상 납입액이 900만원을 넘을 수 있습니다(사안에는 전환금액이 없는 것으로 전제).
• •추가 확인 필요: ① 해당 근로자의 결정세액(산출세액)이 108만원 이상인지, ② 2024년 중 ISA 만기 전환금액 유무, ③ IRP 납입액에 회사부담금·이연퇴직소득이 섞여 있지 않은지(제59조의3 제1항 제1호에 따라 이연퇴직소득은 공제 대상 제외).

관련 쟁점

• •초과납입 300만원에 대한 전환특례 신청 시기·절차와 다음 연도 한도 잔여 여부 검토
• •결정세액이 부족한 경우 연금저축·IRP 납입 배분(연금저축 600 + IRP 300 구조)으로 조정할 실익
• •향후 연금수령 시 세액공제받은 납입액·운용수익의 연 1,500만원 기준 분리과세/종합과세 선택(소득세법 제14조 제3항 제9호 다목, 제64조의4)