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개인사업자 결손금 소급공제로 세금을 환급받을 수 있나요? 환급액은?
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2026.10.23. 기준 답변입니다. 이후 개정이 있었을 수 있습니다.
질문
제조업을 하는 개인사업자(중소기업 요건 충족, 계속사업자)입니다. 직전 2024년에는 사업소득만 있었고 종합소득 과세표준 8,000만원, 산출세액 1,344만원(감면·세액공제 없음)이었습니다. 2025년에 사업소득 결손금 4,000만원이 발생했습니다. 결손금 소급공제로 받을 수 있는 환급세액은 얼마이며, 소급공제로 소급할 수 있는 과세기간은 몇 개 연도까지입니까?
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2025년 결손금 4,000만원을 전액 2024년으로 소급공제하면 환급세액은 8,700,000원입니다. 소급할 수 있는 과세기간은 직전 1개 과세기간(2024년)뿐입니다. 다만 오늘(2026-10-23) 기준으로 2025년 귀속 확정신고기한이 이미 지났습니다. 따라서 기한 내에 환급신청서를 제출했을 때에만 이 환급이 가능합니다.
근거
- •적용 요건 (소득세법 제85조의2)
- •대상: 조특법 제6조제1항의 중소기업을 경영하는 거주자입니다.
- •대상 결손금: 그 중소기업의 사업소득에서 생긴 해당 과세기간의 이월결손금입니다. 부동산임대업 결손금은 제외되며, 이 사안은 제조업이므로 해당합니다.
- •한도: 직전 과세기간에 그 중소기업 사업소득에 부과된 종합소득 결정세액입니다(제1항).
- •신청기한: 과세표준확정신고기한까지 신청해야 합니다(제2항).
- •신고요건: 결손금 발생연도와 직전 과세기간의 과세표준·세액을 각각 기한 내에 신고했어야 합니다(제4항).
- •소급 대상 기간: 직전 1개 과세기간
- •제85조의2 제1항은 '직전 과세기간'으로만 규정합니다. 서면1팀-1040도 '직전 1년 중소기업의 사업소득에 부과된 소득세액을 한도'라고 회신했습니다.
- •조특법 제8조의4의 직전 2개 과세연도 소급 특례는 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 결손금에만 적용됩니다. 2025년 결손금에는 적용되지 않습니다.
- •환급세액 계산
- •계산방법은 직전 과세기간 산출세액에서 소급공제 후 산출세액을 뺀 금액입니다. 소득46011-1609는 신청서상 소급공제 가능액을 "사업장별 종합소득산출세액 − 소급공제 후 산출세액"으로 기재한다고 회신했습니다. 서면1팀-1022는 시행령 제149조의2 제2항의 방법에 따른다고 회신했습니다. 다만 해당 시행령 조문 원문은 근거에서 직접 확인되지 않았습니다.
- •2024년 귀속분에는 현행 소득세법 제55조제1항 세율표가 적용됩니다. 2023.1.1. 시행 개정규정 이후 개시한 과세기간이기 때문입니다(소득세법 부칙 제14조 경과조치 참조).
| 단계 | 금액 |
|---|---|
| ① 2024년 과세표준 | 80,000,000원 |
| ② 2024년 산출세액: 624만 + (8,000만 − 5,000만) × 24% | 13,440,000원 (질문 수치와 일치) |
| ③ 소급공제 후 과세표준: 8,000만 − 4,000만 | 40,000,000원 |
| ④ 소급공제 후 산출세액: 84만 + (4,000만 − 1,400만) × 15% | 4,740,000원 |
| ⑤ 환급세액: ② − ④ | 8,700,000원 |
| ⑥ 한도: 2024년 사업소득 결정세액 (감면·공제 없음) | 13,440,000원 → 한도 내 |
- •소급공제한 결손금 4,000만원은 전액 공제받은 것으로 봅니다(제85조의2 제1항 후단). 따라서 2026년 이후로 이월할 결손금은 남지 않습니다.
- •신청기한 요건은 엄격하게 적용됨
- •확정신고기한 내에 환급신청서를 제출한 경우에만 결손금 소급공제 환급이 적용됩니다(재소득46073-203·, 소득46011-474·, 서면1팀-156·, 서면1팀-1022·).
- •법원판결로 결손금이 확정되었더라도 이 요건을 충족하지 못하면 소급공제를 받을 수 없습니다(서면1팀-1040).
유의
- •기한 도과 여부가 결론을 좌우합니다. 2025년 귀속 확정신고기한은 통상 2026.5.31.이고, 성실신고확인대상이면 2026.6.30.입니다(소득세법 제70조·제70조의2, 구체 일자는 근거에서 직접 확인되지 않음). 이 기한 내에 신청하지 않았다면 지금은 경정청구로 소급공제를 받기 어렵습니다. 이 경우 결손금은 이월결손금으로서 이후 과세기간 소득에서 공제하게 됩니다.
- •이월공제기간에 관하여, '5년'은 옛 기준입니다. 현행 핵심 수치의 15년(2020.1.1. 이후 발생분)은 법인세법 제13조 기준으로 제시된 값이므로, 소득세법 제45조의 현행 공제기간은 조문으로 직접 확인되지 않았습니다.
- •개인지방소득세도 별도로 환급되는지는 직전 연도 개인지방소득세(통상 소득세의 10%)와 관련됩니다. 이 자료는 법인지방소득세 조문뿐이어서 개인분 규정은 직접 확인되지 않았습니다. 개인분 규정이 있다면 약 870,000원이 추가 쟁점이 됩니다.
- •추가 확인 필요:
- •2025년 귀속 환급신청서 제출 여부와 제출일
- •2024년·2025년 과세표준 신고를 각각 기한 내에 했는지 여부
- •결손금 발생연도인 2025년 기준 중소기업 해당 여부(이 자료는 법인 사안이지만 '결손금 발생연도 기준' 판단 취지)
- •개인지방소득세 소급공제 규정
관련 쟁점
- •결손금 일부만 소급공제하고 나머지를 이월하는 것이 유리한지: 세율 구간(15%/24%) 경계에서의 선택 문제입니다.
- •환급 후 2024·2025년분이 경정되어 환급세액이 줄어드는 경우: 제85조의2 제5항에 따른 추징세액과 이자상당액 계산이 문제됩니다.
- •기한을 놓친 경우: 이월결손금 공제 순서와 기간, 다른 종합소득과의 통산 여부를 검토해야 합니다.
참고용입니다. 개별 사안·특례·기한 연장은 법령 원문과 세무사 확인이 필요합니다.
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