중도퇴사 연말정산은 어떻게 하나요? 재취업하면 합산되나요?

결론 — 5월 31일 퇴사자는 퇴직하는 달(5월)의 근로소득을 지급할 때 종전 근무지가 1월~5월분 근로소득에 대해 연말정산을 해야 합니다(소득세법 제134조 제2항 제2호·제137조 제1항). 그리고 그 직원이 연내에 재취업하면, 근로자가 종전 근무지 근로소득원천징수영수증과 원천징수부 사본을 새 근무지에 제출하는 경우 새 근무지가 다음 해 2월 연말정산 때 종전 근무지 소득을 합산하여 정산하며(소득세법 제138조, 같은 법 시행령 제197조), 이때 근로자는 별도의 5월 확정신고를 하지 않아도 됩니다.

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근거

1. •정산 시기 — 퇴직하는 달의 급여 지급 시

• •소득세법 제134조 제2항 제2호: "퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때" 제137조에 따라 원천징수(연말정산)한다.
• •소득세법 제137조 제1항: 퇴직자의 경우 정산 대상 기간은 "퇴직하는 날까지의 기간"이므로, 2026.1.1.~2026.5.31. 근로소득이 대상입니다.
• •예규 서이46013-12186(2003.12.24.): "근로자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에 연말정산을 하여야 하는 것임."
• •5월 급여를 분할 지급하는 경우: 예규 서이46013-11459(2003.8.5.) — 처음 지급하는 때에 연말정산하고 환급세액을 환급하며, 원천징수영수증은 그 처음 지급한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 근로자에게 교부합니다.

1. •적용 공제의 범위

• •소득세법 제137조 제3항: 근로자가 제140조에 따른 소득·세액공제신고서를 제출하지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용합니다. 실무상 중도퇴사 정산은 대부분 이 방식(약식 정산)으로 처리하고, 누락된 공제는 재취업지 합산정산 또는 다음 해 5월 확정신고로 반영합니다.
• •정산 결과 추가징수세액은 5월 급여에서 원천징수하고, 환급세액은 제137조 제2항에 따라 근로자에게 환급합니다. 징수·납부는 소득세법 제128조 제1항에 따라 지급일이 속한 달의 다음 달 10일(=6월 10일)까지입니다.

1. •연내 재취업한 경우 — 합산정산이 원칙

• •소득세법 제138조 제1항: 중도퇴직 후 새 근무지에 취직한 근로자가 종전 근무지의 1월~퇴직월 근로소득을 포함하여 소득·세액공제신고서를 제출하면, 새 근무지 원천징수의무자는 종전 근무지 소득 + 새 근무지 소득을 합한 금액에 대하여 제137조에 따라 원천징수합니다.
• •소득세법 시행령 제197조 제1항: 새 근무지는 근로자로부터 전 근무지 근로소득원천징수영수증과 근로소득원천징수부 사본을 제출받아 합계액으로 정산합니다.
• •예규 법인46013-3358(1997.12.22.): 합산정산 시 전 근무지 기납부세액은 전 근무지 원천징수영수증상의 "결정세액"을 말합니다(원천징수한 세액이 아님 — 실무 오류가 잦은 지점입니다).
• •같은 해에 두 번 이상 이직한 경우도 제138조 제2항에 따라 동일하게 준용합니다.
• •서류를 제출하지 않아 새 근무지가 자기 지급분만 정산한 경우에는 두 근무지 소득이 합산되지 않으므로, 근로자가 다음 해 5월 종합소득 확정신고로 합산신고해야 합니다(가산세 위험).

1. •정산 후 추가 지급이 생긴 경우

• •예규 법인46013-335(1999.1.26.): 연말정산 후 퇴직자에게 미지급 상여금 등을 추가 지급하면 추가 지급하는 때에 연말정산을 다시 해야 합니다.

실무 처리 순서(회사 입장)

간단 예시 — 1~5월 총급여 2,500만원, 간이세액표로 원천징수한 세액 40만원, 중도정산 결정세액이 15만원이면 25만원을 5월 급여 지급 시 환급합니다. 이후 새 회사에서 6~12월 급여 3,500만원을 받으면, 다음 해 2월에 총급여 6,000만원 기준으로 다시 정산하되 기납부세액에 전 근무지 결정세액 15만원을 포함해 계산합니다.

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유의

• •중도퇴사 정산은 대개 본인 기본공제·표준세액공제만 반영된 약식 정산이므로, 그 상태로 두면 의료비·보험료·기부금·연금계좌 등이 빠집니다. 재취업 시 반드시 새 회사에 서류를 제출하도록 안내하는 것이 가장 안전합니다.
• •연내 재취업하지 않은 경우에는 중도퇴사 정산이 최종이 되며, 누락 공제가 있으면 근로자가 다음 해 5월 종합소득 확정신고(또는 경정청구)로 반영합니다.
• •재취업지가 같은 회사(형식적 퇴사 후 재입사)라면 중소기업취업자 소득세 감면 판단에서 근로관계 단절 여부가 쟁점이 됩니다 — 예규 서면-2022-원천-4912(2023.4.10.) 및 심사-소득-2021-0025(2021.7.14.)는 형식적 절차에 불과하면 신규 취업으로 보지 않는다고 판단했습니다.
• •추가 확인 필요: ① 근로소득 지급명세서 제출기한(중도퇴사자분 포함)의 구체적 조문·기한은 이번 근거에서 직접 확인되지 않았습니다 — 소득세법 제164조 및 시행령의 현행 기한을 확인해 적용하시기 바랍니다. ② 퇴직금이 함께 지급된다면 퇴직소득 원천징수(연말정산과 별개 절차)도 같은 시기에 처리해야 합니다.

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관련 쟁점

• •중도퇴사자에게 이미 환급한 세액이 있는데 재취업지 합산정산에서 추가 납부가 발생하는 경우, 원천징수이행상황신고서상 환급·조정 처리 방법
• •퇴직금 지급 시 퇴직소득세 정산과 IRP 이전(과세이연) 여부에 따른 원천징수 처리
• •중소기업취업자 소득세 감면 대상자였던 경우, 이직 시 감면 승계 요건과 감면기간 기산일(최초 취업일 기준) 검토