일반기업의 연구개발비 세액공제율, 신성장 원천기술 R&D는 얼마나 다른가요?

결론

중소·중견기업이 아니고 중소기업 졸업 유예기간에도 해당하지 않는 일반기업이라면 공제율은 다음과 같습니다.

• •신성장·원천기술연구개발비: 당기 발생액 × [20% + (수입금액 대비 신성장 R&D 비율 × 3, 최대 10%)] → 실효 20~30%
• •일반연구·인력개발비: 다음 중 선택(선택 제한 있음)
• •증가분 방식: (당기 − 직전기) × 25%
• •당기분 방식: 당기 발생액 × (수입금액 대비 일반 R&D 비율 × ½, 최대 2%)

신성장 트랙의 요율 수준이 일반 트랙보다 크게 높습니다. 특히 당기분 기준으로는 최대 30% 대 2%로 차이가 큽니다.

근거

1. •신성장·원천기술연구개발비 (조특법 제10조 제1항 제1호)

• •가목 기업유형 비율: 중소기업 30%, 그 밖의 경우 20%입니다.
• •단, 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지는 25%입니다.
• •나목 가산율: (신성장 R&D ÷ 수입금액) × 일정배수이며, 한도는 10%입니다.
• •일정배수는 3배입니다(시행령 제9조 제5항).
• •수입금액은 법인세법 제43조의 기업회계기준에 따른 매출액입니다.
• •대상 기술은 시행령 별표 7에 열거된 기술에 한정됩니다(시행령 제9조 제2항).

1. •일반연구·인력개발비 (같은 항 제3호)

• •가목 증가분 방식: 직전 과세연도 초과분 × 25%입니다. 중견기업은 40%, 중소기업은 50%입니다.
• •나목 4) 당기분 방식: 일반 R&D ÷ 수입금액 × ½이며, 2%가 한도입니다.
• •다른 기업유형의 당기분 요율은 중소 25%, 졸업 유예 20%(3년)→15%(이후 2년), 중견 8%입니다.
• •선택 제한: 다음 중 하나에 해당하면 당기분 방식(나목)만 적용됩니다.
• •과세연도 개시일부터 소급 4년간 일반 R&D가 발생하지 않은 경우
• •직전 과세연도 발생액이 4년 연평균 발생액보다 적은 경우
• •4년 연평균 계산식은 시행령 제9조 제9항에 있습니다.

1. •적용 관계

• •제1호(신성장)와 제2호(국가전략기술)는 2029.12.31.까지 발생한 비용에만 적용됩니다. 국가전략기술 중 반도체 분야는 2031.12.31.까지입니다.
• •오늘(2026.10.07.) 기준 현재 유효합니다.
• •제1호를 선택하지 않거나 요건을 충족하지 못한 비용은 제3호 일반 R&D로 공제됩니다.
• •참고로 국가전략기술연구개발비는 일반기업 기준 30% + 가산율(최대 10%)입니다(제2호).

1. •수치 예시 (가정: 수입금액 1,000억원)

일반 R&D 50억원은 증가분 방식 선택이 가능하다면(직전기 발생액 ≥ 4년 연평균) 2.5억원이 유리합니다. 선택 제한에 걸리면 당기분 방식으로 1억원이 공제됩니다.

유의

• •구분경리 의무: 신성장 공제를 받으려면 신성장·국가전략·일반 R&D를 별개 회계로 구분경리해야 합니다(조특법 제10조 제4항, 시행령 제9조 제12항).
• •공통 인건비는 근무시간을 기록·관리해야 하며, 일반 업무 근무시간이 50% 이상이거나 구분할 수 없으면 전액 일반 R&D로 봅니다.
• •일반 R&D와 신성장 R&D에 공통되는 위탁·공동연구비는 전액 일반 R&D로 봅니다(시행규칙 제7조 제16항).
• •연구노트 작성·보관: 신성장 트랙은 연구개발계획서·보고서 외에 연구노트까지 작성해 5년간 보관해야 합니다(시행규칙 제7조 제17항). 기술 해당 여부는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의 대상입니다(시행령 제9조 제15항).
• •개정 전 자료 주의
• •코스닥상장중견기업 25%·한도 15% 규정과 졸업 유예 15%/10% 규정은 개정 전 기준입니다. 현행은 유예 20%/15%, 신성장 유예 25%입니다.
• •예규 서이46012-11780("비중소기업이 당해연도에만 지출하면 공제 불가")도 개정 전 기준입니다. 현행 조문은 4년간 미발생 시 당기분 방식(나목)을 적용하도록 정하고 있어 현행 결론으로 쓰면 안 됩니다.
• •최저한세·농특세: 일반기업의 R&D 세액공제가 최저한세 적용 대상이라는 점과 농어촌특별세 과세 여부는 일반 법리상 서술이며, 제공된 근거에서 직접 확인되지 않습니다. 중소기업의 경우 최저한세 배제는 조특법 제132조 제1항 괄호로 확인됩니다.
• •추가 확인 필요:
• •해당 기업이 중견기업 요건(시행령 제9조 제4항, 직전 3년 평균 매출 5천억원 미만 등)에 해당하는지 여부. 해당하면 증가분 40%·당기분 8%로 크게 달라집니다.
• •중소기업 졸업 유예기간 해당 여부(시행령 제9조 제8항)
• •일반기업 R&D 공제의 최저한세·농특세 적용 여부(조특법 제132조, 농특세법 원문 확인)

관련 쟁점

• •신성장 R&D와 국가전략기술 R&D 중복 시 선택 기준과 공통비용 안분(시행규칙 제7조 제16항 제3호 산식)
• •일반 R&D 증가분 방식 선택 가능 여부: 4년 연평균 계산과 합병·분할 시 피합병법인 실적 승계(시행령 제9조 제10항)
• •세액공제 미공제분의 이월공제 및 최저한세 한도 초과분 처리