조심-2026-중-0060 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.5.13. 모친 A으로부터 OOO 주택 및 부수토지(건물은 2017.8.7. 철거되었고, 주택 및 부수토지를 합하여 이하 “종전①주택”이라 한다)에 대한 OOO 주택재개발정비사업(2015.3.12. 관리처분계획인가가 이루어졌다) 조합원입주권(이하 “쟁점①입주권”이라 한다)을 채권최고액 기준 OOO원의 채무를 인수하는 조건으로 부담부증여받았고, 해당 주택재개발정비사업의 조합원입주권자로서 2020.2.21.(사용승인일) OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인과 배우자 B는 2022.2.22. OOO 주택 및 부수토지(건물은 2025.2.2. 철거되었고, 주택 및 부수토지를 합하여 이하 “종전②주택”이라 한다)에 대한 OOO 주택재건축정비사업(2018.9.3. 관리처분계획인가가 이루어졌다) 조합원입주권(이하 “쟁점②입주권”이라 한다)의 각 지분 2분의 1씩을 매매로 취득하였다.

다. 청구인은 C 소속 외무공무원으로서 2023.7.12.자 주OOO대한민국대사관으로 인사발령이 이루어짐에 따라 2023.8.22. 출국하였고, 이후 귀국하지 아니한 상태에서 2024.8.5. 쟁점주택을 OOO원에 양도하였다.

라. 청구인은 쟁점주택 양도에 대하여 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2024.9.26. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고‧납부하였다가, 2024.11.25. 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원(기납부한 예정신고분 포함 총 OOO원)을 수정신고‧납부하였다.

마. 청구인은 쟁점주택 양도 당시 「소득세법 시행령」 제156조의2 제3항 에 따른 주택과 조합원입주권을 소유한 경우의 특례 요건을 충족하였고, 당시 일시적 1세대 1주택자로서 근무상 형편으로 세대전원이 출국한 상태였으므로 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 및 같은 항 제2호 다목에 따라 보유기간 및 거주요건의 제한을 받지 아니하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 것이라고 주장하며, 2025.4.3. 2024년 귀속 양도소득세 수정신고분 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인이 출국일 당시 쟁점주택과 쟁점②입주권을 보유하고 있었으므로 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제2호 다목의 적용요건인 ‘출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우’에 해당하지 아니한다고 보아, 2025.5.27. 청구인의 위 경정청구를 거부하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.7. 이의신청을 거쳐, 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 근무상 출국으로 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제2호 다목 및 제156조의2 제3항에 따라 1세대 1주택 보유‧거주기간 요건의 예외에 해당한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 조정대상지역 공고 전 부담부증여를 받아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 에 따른 1세대 1주택 거주기간 요건의 예외에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①입주권, 쟁점②입주권 및 쟁점주택 관련 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인의 쟁점주택 등 취득 및 양도 내역은 아래 <표1> 기재와 같다.

<표1> 쟁점주택 등 취득 및 양도 내역

○○○

(나) 쟁점주택이 소재한 OOO에 대한 조정대상지역 지정‧해제 현황은 아래 <표2> 기재와 같은바, 청구인이 쟁점주택을 취득하였을 당시(2020.2.21.) OOO는 조정대상지역에 해당하였다.

<표2> OOO 조정대상지역 지정‧해제 현황

○○○

(다) 청구인이 출국일(2023.8.22.) 및 쟁점주택 양도일(2024.8.5.) 당시 쟁점주택과 쟁점②입주권 외의 다른 주택, 조합원입주권 및 분양권을 소유하지 아니하였다는 사실에 대하여 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(라) 청구인, 배우자 B 및 자녀 D은 2020.4.1. 쟁점주택에 전입하였다가 2020.8.12. OOO 소재 주택으로 전입하였고, 이외에 쟁점주택에 전입한 이력은 없다.

(2) 이 건 양도소득세 신고 및 경정청구 등의 내역은 다음과 같다.

(가) 청구인이 2024년 귀속 양도소득세 예정신고한 내역, 수정신고한 내역 및 이에 관하여 경정청구를 제기한 내역은 아래 <표3> 기재와 같다.

<표3> 이 건 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

○○○

(나) 처분청은 다음과 같은 이유로 2025.5.27. 청구인의 2024년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구를 거부하였다.

1) 청구인이 쟁점주택을 취득할 당시(2020.2.21.) 쟁점주택이 소재한 OOO가 조정대상지역이므로, 청구인이 2년 이상 쟁점주택에 거주하여야 일시적 1세대 2주택에 대한 비과세를 적용할 수 있으나, 청구인은 쟁점주택에 거주한 이력이 없다.

2) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제2호 다목은 출국일 현재 1주택을 보유한 경우에만 적용되는 특례이나, 청구인 세대는 출국일 현재 1주택과 1조합원입주권을 보유하고 있어 위 특례를 적용할 수 없다.

(3) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 본인에 대한 C장관 명의의 인사발령통지서를 제출한바, 이는 청구인을 2023.7.12.자로 ‘주OOO대한민국대사관 2등서기관에 보한다’는 내용이다.

(나) 청구인은 본인의 C 재직증명서(2025.4.8. C장관 명의로 발급되었다)를 제출한바, 이는 청구인이 2023.7.12.부터 C 주OOO대한민국대사관 소속 외교 5급으로 재직하고 있다는 내용이다.

(다) 청구인은 본인 및 같은 세대에 속한 배우자 B 및 자녀 D에 대하여 아래 <표4> 기재 내용과 같은 ‘출입국에 관한 사실증명’을 각 제출하였다.

<표4> 청구인이 제출한 출입국에 관한 사실증명

○○○

(4) 관련 규정의 입법 취지는 다음과 같다.

(가) 주택과 조합원입주권을 소유한 경우의 1세대 1주택 특례를 규정한 「소득세법 시행령」 제156조의2 는 2005.12.31. 신설된바, 기획재정부의 간추린 개정세법(2006)에 의하면 그 취지는 ‘1세대가 일시적으로 1주택과 1입주권 또는 2주택을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는 주택 양도시 양도소득세 비과세를 허용하여 1세대 1주택자의 주거생활안정을 지원’하는 데 있다.

(나) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제2호 다목은 2008.2.22.자 개정으로 그 단서에서 ‘출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우’를 같은 목 본문의 적용 요건으로 규정한바, 기획재정부의 간추린 개정세법(2007)에 의하면 그 취지는 ‘해외이주 등으로 부득이하게 주택을 양도할 수밖에 없는 경우 해외이주 등의 사유가 발생하는 시점에서 1세대 1주택자에 한하여 보유(거주)기간의 특례가 인정됨을 명확화’하는 데 있다.

(다) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 및 이에 관한 같은 항 단서는 2017.8.2. 주택시장 안정화 방안의 일환으로서 신설된바, 기획재정부의 간추린 개정세법(2017)에 의하면 그 취지는 ‘실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제’에 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 양도가 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 및 제5호에 따라 청구인의 쟁점주택 거주기간과 무관하게 1세대 1주택 비과세 적용 대상에 해당한다고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 는 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 적용되는 것으로서, 청구인은 모친으로부터의 부담부증여로 쟁점①입주권을 취득하였을 뿐 매매계약을 체결한 사실이 없는 점,

「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 규정의 입법 취지는 실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제에 있으므로 해당 규정을 조정대상지역 공고일 이전에 증여받은 경우까지 적용할 수 있다고 해석하기는 어려워 보이고, 청구인이 쟁점①입주권을 부담부증여받은 것이라 하더라도 채무인수액 상당부분 외의 나머지 부분은 증여에 해당하는 것으로서 이러한 실질에도 불구하고 위 부담부증여행위를 매매계약 체결과 같다고 할 만한 특별한 사정은 없어 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 봄이 상당하다.

(다) 따라서 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 일부개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법 시행규칙(2026.1.2. 재정경제부령 제1호로 타법개정되기 전의 것)

제75조(주택과 조합원입주권 또는 주택과 분양권을 소유한 경우의 경매 등으로 인한 1세대1주택 특례의 요건) ① 영 제156조의2 제3항 전단 및 제156조의3 제2항 전단에서 “3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우”란 각각 조합원입주권 또는 분양권을 취득한 날부터 3년이 되는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당 각 호의 어느 하나의 방법에 따라 양도된 경우를 말한다.

1. 한국자산관리공사에 매각을 의뢰한 경우

2. 법원에 경매를 신청한 경우

3. 「국세징수법」에 따른 공매가 진행 중인 경우