조심-2025-구-4456 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2020.9.4. A 및 B(이하 “양수인들”이라 한다)에게 대구광역시 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2020.12.31.부터 2024.12.30.까지 임대보증금 OOO원에 임대하기로 하는 전세계약(이하 “쟁점전세계약”이라 하고, 관련 계약서를 “쟁점전세계약서”라 한다)을 체결하였고, 양수인들은 2021.1.7. 쟁점아파트에 전입하였다.

나. 청구인은 2021.4.9. 양수인들에게 쟁점아파트를 OOO원에 양도하는 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 하고, 관련 계약서를 “쟁점매매계약서”라 한다)을 체결하여, 계약금 및 중도금 합계 OOO원은 계약일에 지급받기로 하고 잔금은 2023.2.28. 지급받기로 하였으며, 이후 쟁점아파트의 양도시기를 2023.2.28.로 보아 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2023.4.25. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.14.부터 2025.5.3.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점매매계약 체결일인 2021.4.9.를 양수인들이 쟁점아파트를 사용수익하기 시작한 시점으로서 쟁점아파트의 양도시기에 해당하는 것으로 보아, 2년의 보유기간 요건 미충족을 이유로 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 부인하여 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 전액을 감액경정하는 한편, 2025.8.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.31. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트의 양도를 장기할부조건부 매매거래로 보아 사용수익일을 양도시기로 하여 1세대 1주택 비과세를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점아파트 취득, 임대 및 양도에 관하여 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2018.7.10. OOO으로부터 쟁점아파트를 OOO원에 공급받는 공급계약을 체결한바, 이에 관한 공급계약서상 대금 납부일정 및 청구인의 대금 납부 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점아파트 공급계약서상 대금납부일정 및 납부내역

○○○

(나) 쟁점아파트의 사용승인일은 2020.12.24.이며, 청구인 명의로의 쟁점아파트 소유권이전등기는 2021.3.15. 이루어졌다.

(다) 쟁점전세계약의 주요 내용은 아래 <표2>와 같은바, 청구인은 양수인들로부터 쟁점전세계약 내용에 따른 전세보증금을 계약금, 중도금 및 잔금별 지급약정일자에 나누어 전부 지급받았고, 한편 양수인들은 2021.1.7. 쟁점아파트에 전입하였다.

<표2> 쟁점전세계약 주요 내용

○○○

(다) 쟁점매매계약의 주요 내용은 아래 <표3>과 같은바, 쟁점매매계약서상 계약금 및 중도금 합계 OOO원은 쟁점전세계약에 따른 임대보증금과 상계되어 이에 대한 별도의 지급내역은 확인되지 아니하고, 쟁점매매계약서에 따른 잔금(OOO원)의 이체 및 양도인들 명의로의 쟁점아파트 소유권이전등기는 2023.2.28. 각 이루어졌다.

<표3> 쟁점매매계약 주요 내용

○○○

(2) 조사청은 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과, 쟁점전세계약은 쟁점매매계약 시점에 소멸된 것이고 쟁점매매계약은 장기할부조건부 매매계약이므로, 청구인의 쟁점아파트 보유기간은 2020.12.29.부터 2021.4.9.까지로서 1세대 1주택 비과세 적용을 위한 2년의 보유요건이 충족되지 못한 것으로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.

(3) 청구인은 2023년 귀속 양도소득세 신고 시 쟁점아파트의 취득일 및 양도일을 각각 2020.12.31. 및 2023.2.28.로 기재하여 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용하였으나, 처분청은 조사청의 양도소득세 조사 결과에 따라 쟁점아파트의 취득일 및 양도일을 각각 2020.12.29. 및 2021.4.9.로 보아 관련 소득의 귀속시기를 2023년이 아닌 2021년으로 정정하는 동시에, 고가주택의 1세대 1주택 비과세 적용을 부인하여 청구인의 2023년 귀속 양도소득세를 전액 감액경정하고, 2025.8.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과한바, 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 신고내역과 처분청의 2023년 귀속 양도소득세 경정 및 2021년 귀속 양도소득세 결정내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 양도소득세 신고 및 경정‧결정 내역

○○○

(4) 처분청은 쟁점아파트의 취득 및 양도 경위나 1세대 1주택 비과세 규정의 취지 등에 비추어 보면 쟁점아파트에 대한 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다는 의견으로, 다음의 자료 등을 제출하였다.

(가) 처분청은 쟁점매매계약 체결 당시 양수인들의 자금여력이 충분한 상태였다는 의견으로, 양수인들이 쟁점매매계약에 관하여 작성한 주택취득자금조달계획 및 이에 대한 증빙자료(정기예금내역)를 각 제출한바, 그 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 처분청이 제출한 양수인들의 주택취득자금조달계획 내용

○○○

(나) 처분청은 쟁점매매계약의 경위 등과 관련하여, 양수인들 중 A이 조사청의 청구인에 대한 양도소득세 조사 당시 진술한 내용을 아래 <표6>과 같이 제출하였다.

<표6> 처분청이 제출한 A의 진술 내용

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매매계약이 장기할부조건부 매매계약에 해당하고, 쟁점매매계약 체결일에 쟁점아파트에 대한 소유권과 임차권이 양수인들에게 귀속되어 「민법」 제191조 에 따라 양수인들의 임차권은 소멸하였으므로, 청구인의 쟁점아파트 양도시기는 양수인들이 쟁점아파트를 그 소유자로서 사용수익하기 시작한 쟁점매매계약 체결일(2021.4.9.)이며, 따라서 청구인의 쟁점아파트 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 보유요건은 충족되지 아니한 것이고, 나아가 청구인의 쟁점아파트 양도 경위 및 1세대 1주택 비과세의 입법 취지 등을 고려하더라도 이 건 양도소득세 부과처분에 잘못이 없다는 의견이나,

「소득세법」 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 양도시기를 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제162조 제1항 제3호는 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날을 양도시기로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제78조 제3항은 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입하는 경우로서 양도하는 자산의 소유권이전등기 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 장기할부조건부 거래로 규정하고 있는바,

「민법」 제186조 는 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다고 규정하고 있고, 같은 법 제211조는 소유권의 내용을 법률의 범위 내에서 소유물을 사용, 수익 및 처분할 권리로 규정하고 있어, 청구인의 쟁점아파트 양도에 관한 소유권이전등기가 이루어지기 전까지는 양수인들이 쟁점아파트에 대한 「민법」상 소유권을 취득하였다고 보기 어려우므로, 이 건에서 같은 법 제191조에 따른 물권의 혼동에 관한 규정을 적용하기 어려워 보이는 점,

청구인은 2020.9.4. 쟁점전세계약을 체결하여 양수인들에게2020.12.31.부터 2024.12.30.까지 쟁점아파트를 임대하기로 하였고, 양수인들은 이에 따라 2021.1.7. 쟁점아파트에 전입하였으며, 쟁점매매계약이 체결된 것은 양수인들의 전입 시점으로부터 약 3개월이 지난 2021.4.9.로서, 쟁점매매계약은 쟁점전세계약과는 별도로 당사자 간의 의사합치에 따라 이루어진 것으로 보이는 한편, 쟁점전세계약이 쟁점매매계약 체결이나 청구인의 1세대 1주택 비과세 적용 등을 위한 가장거래에 해당한다고 볼 만한 사정 또한 달리 확인되지 아니하므로, 양수인들은 쟁점매매계약 체결 당시 유효한 쟁점전세계약에 근거하여 임차인으로서 쟁점아파트에 전입한 것일 뿐 이를 소유자의 지위에서 사용수익한 것으로 보기는 어려운 점,

쟁점아파트의 잔금청산일, 소유권이전등기 접수일 및 쟁점매매계약서상 인도일은 전부 2023.2.28.이고, 양수인들이 쟁점아파트의 소유자로서 이를 사용수익하기 시작한 시점 또한 이들이 쟁점아파트에 대한 「민법」상 소유권을 취득한 2023.2.28.라 할 것이므로 청구인의 쟁점아파트 양도시기는 위 2023.2.28.로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 쟁점아파트 양도시기를 쟁점매매계약 체결일(2021.4.9.)로 보아 1세대 1주택 비과세를 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

(3) 소득세법 시행규칙(2026.1.2. 재정경제부령 제1호로 타법개정되기 전의 것)

제78조(장기할부조건의 범위) ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “기획경제부령이 정하는 장기할부 조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

(4) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(5) 민법

제186조(부동산물권변동의 효력) 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다.

제191조(혼동으로 인한 물권의 소멸) ① 동일한 물건에 대한 소유권과 다른 물권이 동일한 사람에게 귀속한 때에는 다른 물권은 소멸한다. 그러나 그 물권이 제삼자의 권리의 목적이 된 때에는 소멸하지 아니한다.

제211조(소유권의 내용) 소유자는 법률의 범위내에서 그 소유물을 사용, 수익, 처분할 권리가 있다.