조심2025전3778 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 0000에 위치하고 있는 지방자치단체로, 2020.6.～2022.7. 기간 동안 0000 00군 OOO를 신축하고 2020년 제1기～2022년 제2기 부가가치세 신고시 공영주차타워 건축비용에 대한 매입세액을 불공제하였다.

나. 청구법인은 공영주차타워를 신축한 2022.7.경부터 주차비를 무료로 운영하다가 2023.1.1.～2023.7.31. 기간 동안 유료로 전환하여 운영하였으며, 2023.8.1.부터 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 위탁관리 계약을 체결하여 주차장 운영을 위탁운영하였다.

다. 청구법인은 2025.7.2. 2020년 제1기～2022년 제2기 공영주차타워 건축비용을 매입세액 공제하고 부가가치세 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 환급해달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 주차장운영업(이하 “쟁점사업”이라 한다)은 부가가치세 면제사업에 해당한다고 보아 2025.9.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

<표1> 청구법인의 부가가치세 경정청구 내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지방자치단체인 청구법인이 OOO에 위탁하여 운영 중인 쟁점사업과 관련하여, 청구법인 명의로 지급한 공영주차타워 건설비용을 부가가치세 매입세액 공제해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2020년 제1기～2022년 제2기에 지출한 공영주차타워 건축비용 중 매입세액 공제받지 못한 OOO원에 대한 매입세액 OOO원을 공제해달라는 경정청구를 아래 <표2>와 같이 제기하였다.

<표2> 청구법인의 부가가치세 경정청구 내역

(단위 : 원)

(2) OOO이 아니라 지방자치단체인 청구법인의 명의와 계산으로 주차장 용역을 제공하는 주체라는 점에 대해서는 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없다.

청구법인은 0000 OOO에 연면적 5,755㎡, 지상 3층, 지하 1층, 주차면수 205면의 공영주차타워를 2020.6.경부터 건설하기 시작하여 2022.7.8. 준공하였다.

공영주차타워 준공 이후 청구법인은 2022.7.13.부터 쟁점사업을 한시적으로 무료로 운영하다가, 2022.10.26. 쟁점사업을 OOO에 위탁운영하기로 내부적으로 결정하고, 2023.7.경 청구법인과 OOO은 ‘00 공영주차타워 위·수탁 협약서’를 아래 <표3>과 같이 체결하여 2023.8.1.부터 OOO에 공영주차타워를 위탁운영하였는데, 협약서 제6조에 따르면 OOO은 청구법인에 수입금 전액을 청구법인 금고 또는 계좌에 불입하여야 된다. OOO은 주차요금 수입에 대하여 청구법인 명의로 부가가치세를 신고납부하였다.

<표3> OOO공영주차타워 위·수탁 협약서

청구법인이 제출한 2022.1.26.자 ‘OOO운영 향후추진계획(안)’에 따르면 청구법인은 2022년 초 공영주차타워 운영 예산을 확보하고, 운영 인력(기간제 근로자)을 채용하였으며, 2022.10.26.자 ‘OOO운영계획(안)’ 및 2023.6.경 ‘*/oo 공영주차타워 */운영 및 관리 위·수탁 협약 체결(안)’에 따르면 청구법인은 쟁점사업을 OOO에 위탁하면서 소요되는 인건비, 사무관리비, 공공운영비 등 운영비용에 대하여 청구법인의 본예산 중 일부를 OOO 전출금으로 분리 편성하였음을 아래 <표4>·<표5>와 같이 확인할 수 있다.

<표4> OOO운영계획(안)

<표5> OOO운영 및 관리 위·수탁 협약 체결(안)

(3) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호 는 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조 각 호는 면세대상에서 제외되는 재화·용역을 규정하고 있는데, 청구법인이 수행하는 쟁점사업은 「부가가치세법 시행령」 제46조 각 호에 해당하지 않는다.

「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호 는 ‘대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’에 대하여 면제한다고 규정하고 있으며, 정부업무대행단체로 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호는 ‘ 「지방공기업법」 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방OOO’을 규정하고 있으며, 제8항 제7호는 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 공급하는 ‘주차장운영업’은 면세사업에서 제외한다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO에 위탁하여 운영하는 주차장운영업(쟁점사업)이 부가가치세 과세사업에 해당한다고 판단하여 주차요금 수입에 대한 부가가치세 매출세액을 신고·납부하였으므로 공영주차타워 건설비용을 부가가치세 매입세액으로 공제해야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호 에 따라 지방자치단체가 공급하는 재화·용역은 원칙적으로 부가가치세를 면제하며, 같은 법 시행령 제46조 각 호는 예외적으로 과세하는 재화·용역을 열거하고 있는데, 쟁점사업은 「부가가치세법 시행령」 제46조 에 열거되어 있지 않은 점, 지방자치단체인 청구법인의 명의와 계산으로 쟁점사업을 운영하고 있어 쟁점사업은 면세사업에 해당하고, 청구법인이 공급한 공영주차타워 건설비용은 면세사업인 쟁점사업에 제공된 점등에 비추어, 청구법인이 쟁점사업을 과세사업으로 하여 기납부한 부가가치세 매출세액에 대하여 환급하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점사업은 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

6. “과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

7. “면세사업”이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

(3) 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등) ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22. 「지방공기업법」 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방OOO

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조 에 따라 설립된 지방공사

가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방OOO이 없을 것

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호 에도 불구하고 적용한다.

7. 주차장운영업 및 자동차견인업