조심-2025-광-3999 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.2.27., 2014.7.29. 전라남도 해남군 OOO(이하 “OOO”라 한다) OOO 전 7,138㎡를 취득하고 2017.12.7. 같은 리 OOO전 1,108㎡(OOO토지와 합하여 “종전농지”라 한다)를 취득하여 경작하다가, 2024.2.16. 종전농지를 OOO원에 양도한 후, 2024.3.15. 전라남도 해남군 OOO전 1,137㎡, 같은 리 OOO전 456㎡, 같은 리 OOO대 545㎡, 같은 리 OOO전 235㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였다.

청구인은 2024.4.24. 종전농지의 양도에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면(감면세액 : OOO원)을 적용하고 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 광주지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2025.2.12.부터 2025.2.27.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구인이 농지대토에 대한 감면요건 중 대토농지의 면적요건을 불충족하였고, 청구인이 양도가액에서 제외한 임목가액을 종전농지의 양도가액에 포함하여야 한다는 내용의 감사결과를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.7.4. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 농지대토에 대한 감면요건 중 새로 취득하는 농지의 면적요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② 종전농지의 양도가액에서 임목의 가액을 제외하여 양도소득세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법 시행령

제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

(3) 소득세법

제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (단서 생략)

1. 농업(작물재배업 중 곡물 및 기타 식량작물 재배업은 제외한다. 이하 같다)ㆍ임업 및 어업에서 발생하는 소득

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 소득세법 시행령

제51조(총수입금액의 계산) ⑧ 임지의 임목을 벌채 또는 양도하는 사업의 수입금액을 계산하는 경우 임목을 임지(林地)와 함께 양도한 경우에 그 임지의 양도로 발생하는 소득은 총수입금액 계산시 산입하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 2014.2.27., 2014.7.29., 2017.12.7. 종전농지를 취득하여 보유하다가 2024.2.16. 이를 양도한 것으로 나타나고, 청구인의 양도소득세 신고서상 종전농지의 양도가액과 취득가액은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 종전농지의 취득 및 양도내역

(단위 : ㎡, 천원)

(2) 부동산 등기사항전부증명서상 청구인은 2024.3.15. 아래 <표2>와 같이 대토농지를 취득한 것으로 나타난다.

<표2> 대토농지의 취득내역

(단위 : ㎡, 천원)

(3) 청구인은 2024.4.24. 양도소득세 신고시 농지대토에 대한 양도소득세 감면 OOO원을 적용하였으나, 처분청은 감면요건 중 대토농지의 면적요건(대토농지의 면적이 종전농지 면적의 3분의 2 이상일 것)을 충족하지 아니하였다고 보아 청구인이 신청한 세액감면을 부인하였다.

다만, 처분청은 여러 필지의 농지를 양도한 경우 농지대토에 대한 감면 여부는 필지별로 적용하는 것인데, 이 건 대토농지의 면적(2,373㎡)이 종전농지 중 OOO면적(1,108㎡)의 3분의 2 이상에는 해당한다고 보아, OOO의 양도에 해당하는 부분은 대토농지 감면을 적용하여 아래 <표3>과 같이 양도소득세를 경정․고지하였다.

<표3> 청구인의 양도소득세 신고내용 및 처분청 경정내역

(단위 : 천원)

(4) 청구인과 매수인이 2024.1.30. 작성한 종전농지 매매계약서에 의하면, 부동산의 표시에는 종전농지의 소재지, 지목, 면적이 기재되어 있고 매매대금은 OOO원으로 기재되어 있으며, 특약사항에 수목가격은 매매가격에 포함되어 있다는 내용이 나타난다. 국세통합전산망 조회자료상 부동산 실거래가 신고자료에 종전농지는 OOO원에 토지만 거래된 것으로 기재되어 있다.

<표4> 종전농지 매매계약서

(5) 청구인이 제출한 수목식재 현황 보고서는 아래 <표5>와 같고, 청구인은 토지에 다양한 종류의 임목이 식재되어 있는 사진 다수를 제출하였다.

<표5> 수목식재 현황 보고서

(6) 청구인은 종전농지를 개간하였다는 증빙자료로 2023.9.26. 유한회사 a로부터 수취한 공급가액 OOO원의 매입세금계산서와 대금지급내역 등을 제출하였고, 동 금액은 종전농지의 양도시 필요경비에 반영되어 있다.

(7) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 농업 및 임업에 대한 사업자등록 이력이 없고, 농업 및 임업 관련 소득을 신고한 내역도 확인되지 않는다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 농지대토에 대한 세액감면 한도 OOO원에 해당하는 면적을 계산하여 이 건 대토농지를 취득하였으므로 청구인이 신고한 감면세액을 전액 인정하여야 한다고 주장하나,

조특법 제70조 제1항에서 농지 소재지에 거주하는 거주자가 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제67조 제3항 제1호에서 대통령령으로 정하는 경우란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전 농지의 양도일부터 1년 내에 새로운 농지를 취득하고 그 취득한 날부터 1년 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서, 같은 호 가목에서 대토농지의 면적요건으로 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것을 규정하고 있는바, 여러 필지의 농지를 양도한 경우 농지대토에 대한 감면요건을 필지별로 적용하는 것(조심 2015중4501, 2016.1.25. 등 참조)은 납세자에게 유리하다 할 것인 점, 청구인이 2024.3.15. 취득한 대토농지의 면적은 2,373㎡로 종전농지 전체 면적(8,246㎡)의 3분의 2 이상에 해당하지 아니하고, 종전농지 중 OOO 면적(7,138㎡)의 3분의 2 이상에도 해당하지 아니하여, 조특법 시행령 제67조 제3항 제1호 가목의 대토농지의 면적요건을 충족하지 못한 것으로 나타나는 점, 처분청은 청구인이 신청한 OOO원의 세액감면은 적용하기 어려우나, 대토농지의 면적이 종전농지 중 OOO 면적(1,108㎡)의 3분의 2 이상에는 해당한다고 보아 해당 필지의 양도소득에 대한 세액감면은 적용한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 종전농지의 양도가액에서 임목가격을 제외하여야 한다고 주장하나,

임목이 토지와 함께 양도된 경우 임목의 양도로 발생하는 소득이 사업소득에 해당하는 경우에는 임목의 양도로 발생하는 소득을 제외한 나머지 소득만이 토지의 양도에 따른 양도소득세의 과세 대상이 되는 것이나, 임목이 토지와 함께 양도되었더라도 임목을 생산하기 위한 육림활동이 없었거나 육림활동이 있었더라도 거기에 사업성이 인정되지 아니하는 경우에는 임목이 토지와는 별도의 거래 대상이 되었다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 그 양도로 발생하는 소득 전부가 양도소득세의 과세 대상이 되는 것(대법원 2013.9.13. 선고 2012두23853 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인은 농업 및 어업에 대한 사업자등록을 한 이력이 없고, 임목을 판매한 사업실적을 신고한 사실이 없는 점, 종전농지 부동산 매매계약서상 부동산의 표시에는 종전농지만 기재되어 있고, 동 계약서 특약사항에 수목가격은 부동산 매매가격에 포함되어 있으나 국세통합전산망 조회자료상 부동산 실거래가 신고자료에 토지만 거래한 것으로 기재되어 있는 점, 청구인이 제출한 수목식재 현황 보고서 및 관련 사진 등을 근거로 종전농지에 식재된 임목의 가격이 청구주장과 부합한다고 인정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 임목의 가격을 종전농지의 양도가액에 포함하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.