조심-2026-서-0370 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.3.12. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득(취득가액 OOO원)하여 보유하던 중 2021.5.10. 서울특별시 OOO 소재 다가구주택(지하 1층. 지상 2층, 이하 “신규주택”이라 한다)을 취득(취득가액 OOO원)하고, 2021.7.20. 종전주택을 양도(양도가액 OOO원)한 후 고가주택인 종전주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하여 2021.8.27. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 신규주택 취득일로부터 1년 이내에 신규주택으로 이사 및 전입신고를 하지 않았다고 보아 종전주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용을 배제하여 2025.4.7. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.26. 이의신청을 거쳐 2025.12.2. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 일시적 1세대 2주택 비과세 특례의 요건인 이사 및 전입요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규주택(신규주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(3) 소득세법 시행규칙(2023.3.21. 기획재정부령 제966호로 개정되기 전의 것)

제71조(1세대1주택의 범위) ③ 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항 에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

3. 1년이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

제72조(1세대1주택의 특례) ⑦ 영 제155조 제1항 제2호 가목, 제8항 및 제10항 제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그밖에 부득이한 사유"란 세대의 구성원 중 일부(영 제155조 제1항 제2호 가목 및 제10항 제5호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제155조 제8항의 경우를 말한다)이 제71조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다.

⑧ 제7항에 해당하는지의 확인은 재학증명서, 재직증명서, 요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류와 주민등록표등본(영 제155조 제1항 제2호 가목의 경우를 말한다)에 따른다.

(4) 주민등록법

제16조(거주지의 이동) ① 하나의 세대에 속하는 자의 전원 또는 그 일부가 거주지를 이동하면 제11조나 제12조에 따른 신고의무자가 신거주지에 전입한 날부터 14일 이내에 신거주지의 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 전입신고(轉入申告)를 하여야 한다.

(5) 도시 및 주거환경정비법

제81조(건축물 등의 사용ㆍ수익의 중지 및 철거 등) ① 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제78조 제4항에 따른 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 제86조에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 사업시행자의 동의를 받은 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 종전주택 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 고가주택의 양도로 하여 아래 <표4>와 같이 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용을 배제하여 양도소득세를 경정하였다.

<표4> 종전주택에 대한 양도소득세 신고 및 경정내역

○○○

(나) 신규주택이 소재한 지구의 재개발사업 진행현황은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 재개발사업 진행현황

○○○

(다) 재개발사업에 따른 이주관련 공문(2022.6.27.)은 아래 <표6>과 같고, 신규주택의 등기부등본에 의하면 신규주택은 2025.4.26. 멸실된 것으로 나타난다.

<표6> 재개발사업에 따른 이주계획 공문(2022.6.27. 시행)

○○○

<표7> 신규주택 등기사항전부증명서

○○○

(라) 청구인은 2021.2.9. 거주하던 종전주택을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 2021.6.30. 이를 양도하였고, 아래 <표8>과 같이 2021.1.30. 신규주택을 OOO원에 취득하기로 매매계약을 하고, 2021.5.10. 이를 취득하였으며, 신규주택 취득일과 같은 일자인 2021.5.10. 아래 <표9>와 같이 신규주택의 지상 1층을 전 소유자에게 2년간 임대(전세, 2년간)하는 임대차계약을 체결하였고, 임대차계약의 특약사항에는 재개발사업으로 이주 시 조건없이 이주하는 것으로 기재되어 있으며, 지하 1층의 임차인과도 같은 일자에 아래 <표10>과 같이 임대계약(월세, 2년간)을 체결하였다.

<표9> 신규주택 전 소유자와 한 지상 1층 임대차계약서

○○○

<표10> 신규주택 지하 1층 임대차계약서

○○○

(마) 청구인의 주민등록표 등·초본은 아래 <표11>과 같고, 청구인은 2021.6.30. 종전주택을 양도한 후 2021.7.1. 서울시 OOO로 전입한 것으로 나타난다.

<표11> 청구인의 주민등록표 등·초본

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 신규주택 취득일로부터 1년 이내 관리처분계획인가가 고시되어 신규주택이 조합원입주권으로 전환되었으므로 주택으로서 실체가 존재하지 않게 되어 청구인이 신규주택으로의 이사 및 전입신고를 할 수 없었으므로 종전주택 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하는 것이 타당하다고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제155조 제1항 제2호 는 종전주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용받기 위해서는 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사 및 전입신고를 마치도록 하면서, 신규주택의 전입기한은 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규주택 취득일로부터 1년 이후인 경우에는 임대차계약 종료일까지로 하되 신규주택 취득일로부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다고 규정하고 있다.

청구인은 신규주택 취득일부터 2년 이내 이사 및 「주민등록법」상 전입신고를 하지 않은 것으로 나타나고, 신규주택 취득일자와 같은 날 전 소유자와 신규주택 중 지상 1층에 대한 임대차계약을 체결(전세, 2년간)하였으며, 지하 1층 역시 신규로 임대차계약을 체결(월세, 2년간)하였고, 지상 2층은 기존 임차인의 임대차계약을 승계하였는바, 신규주택 취득당시 청구인이 신규주택으로 이사 및 전입할 수 있는 거주공간 자체가 없어 청구인이 신규주택으로의 이사 및 전입신고를 할 의사가 있었다고 보기 어려운 점,

또한, 청구인은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항 제2호 가목 및 같은 법 시행규칙 제71조 제3항 및 제72조 제7항에 따른 취학, 근무상 형편, 질병‧요양 등의 부득이한 사유가 있는 경우에 해당되지 아니하고, 신규주택 매매계약서 특약사항을 보면 청구인은 전 소유자에게 청구인이 원하는 평형으로 분양신청을 요청한 것으로 확인되는바, 청구인은 주택재개발사업 단계상 관리처분계획인가 절차만 남아 있음을 인지한 상태에서 취득한 것으로 보이며, 재건축사업에 따른 주택의 조합원입주권으로의 전환은 소득세법령상 일시적 1세대 2주택 비과세 특례로 규정된바 없어 이를 신규주택으로 전입하지 못한 부득이한 사유로 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본 법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.