조심-2026-인-0033 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.7.6. A, B(이하 “공동사업자들”이라 한다)과 함께 도시지역 내 일반상업지역에 소재한 경기도 OOO시 OOO㎡의 토지(이하 “최초부동산”이라 한다)를 취득하고, 2016년에 최초부동산 중 OOO㎡에 개발허가를 받아 2017년에 지상에 2개 동의 건물을 지어 분양하였다.

나. 청구인과 공동사업자들은 2017.3.31. 잔여 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 건축허가를 신청하였으나, 2017.4.3. 경기도 OOO시장의 “OOO시 OOO 일원 개발행위허가 제한 고시”로 2017.4.5. 허가 불가 통보를 받아 2017.4.24. 건축인허가 신청을 취하하였고, 2018.3.19. 경기도 OOO시장의 “OOO 도시관리계획(OOO 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면 고시”(이하 “지구단위계획 결정”이라 한다)로 개발행위허가 제한이 해제되면서 다시 쟁점토지에 대하여 공동주택 건축허가(공동주택 132세대, 오피스텔 6호, 제1종 근린생활시설)를 신청하여 2019.4.30. 허가를 받았으나 착공하지 아니한 채 2020.5.4. 쟁점토지를 양도하였으며, 청구인은 쟁점토지 중 청구인 지분(1/3)에 해당하는 833㎡ 중 22.56㎡는 사업용 토지로, 810.43㎡는 비사업용 토지로 보아 비사업용 토지의 양도소득에 대해 기본세율에 10%를 가산한 52%의 세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 청구인은 2025.1.14. 쟁점토지가 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당하므로 청구인이 납부한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점토지가 지구단위계획 결정에 따라 공동개발이 권장되고 불허 용도 외 건축물 건축 등 개발행위가 가능하여 법령에 따라 사용이 제한된 토지로 볼 수 없어 사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아, 2025.8.11. 청구인에게 경정청구 거부통지 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 처분청이 이 건 처분과 관련하여 국세청장으로부터 받은 과세기준자문 회신의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 국세청장의 과세기준자문 회신 주요 내용

자문

신청내용

일반상업지역에 있는 대지(쟁점토지) 취득 후 일정기간 동안 개발행위허가가 제한되었다가 도시관리계획 결정(변경)이 고시됨에 따라 개발행위허가 제한이 해제된 경우로서,

▷공동개발이 권장되고, 불허용도 외 건축물 건축 등 개발행위가 가능한 경우

▷지구단위계획 결정 이후 ｢소득세법 시행령｣ §168의14 ①(1)의 규정에 따른 법령에 따라 사용이 제한된 토지에 해당하는지 여부

회신내용

귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 甲이 일반상업지역 내 대지(쟁점토지)를 취득한 후 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 에 따라 지구단위계획구역 결정(변경) 고시된 경우로서 지구단위계획 내용에 따라 공동개발이 권장되고, 불허용도 외 건축물 건축 등 개발행위가 가능한 경우에는 법령에 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당하지 않는 것입니다.

(나) 처분청의 경정청구 처리결과 통지서의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 경정청구 처리결과 통지서 주요 내용

○○○

(다) 청구인과 공동사업자들이 2015.7.6. 최초부동산을 취득한 후, 2016년에 일부 토지의 건축허가를 받아 2017년에 건물 2개동을 건축하여 분양하고 2020.5.4. 잔여 토지인 쟁점토지를 양도하기까지 여러 차례의 분할·합병을 거친 것으로 나타나고, 처분청이 이러한 경위를 도식으로 작성하여 제출한 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점토지 취득 및 양도 관련 주요 내용

○○○

(라) 청구인이 쟁점토지의 건축을 위하여 2018.3.29.부터 2018.6.28.까지 예일건축사사무소로부터 받은 것으로 나타나는 건축물 설계안 등은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 쟁점토지 건축물 설계안 등

○○○

(마) 청구인과 공동사업자들은 쟁점토지에 대하여 2018년 11월에 건축위원회 심의를 신청하였고, 2018.12.27. 조건부 의결된 것으로 나타나며 심의신청 및 결과의 세부 내용은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 쟁점토지에 대한 건축위원회 심의신청 및 결과 주요 내용

○○○

(바) 청구인과 공동사업자들은 2019.2.27. 건축허가를 신청하여 경기도 OOO시장으로부터 2019.4.30. 건축허가를 받은 것으로 나타나고, ‘건축허가(신축) 처리 통보’ 공문(건축허가과-*/9786○○○호, 2019.4.30.)의 내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 건축허가(신축) 처리 통보 공문 내용

○○○

(2) 처분청이 국세청 통합전산망 시스템을 통해 조회하여 제출한 쟁점토지의 2016〜2019년 재산세 과세물건 상세조회 출력물(아래 <표9> 참조)에 따르면, 2016년에는 별도합산과세대상 토지로 재산세가 부과되었으나, 2017〜2019년에는 종합합산과세대상 토지로서 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

<표9> 청구인의 토지분 재산세 과세물건 상세조회(예시)

○○○

(3) 쟁점토지의 보유기간 중 건축물 철거 및 공사 착수 사실 등을 추가적으로 알 수 있는 자료는 달리 확인되지 아니하고, 청구인은 지구단위계획 변경 이후 노인복지주택 신축 등 사업을 준비하였다고 주장하였으나 이와 관련한 자료는 제출되지 아니하였다.

(4) 2018.3.19.자 지구단위계획 결정 고시(아래 <표9>의 주요 내용 참고)에 따르면, 가구 및 획지의 규모와 조성에 관하여 ‘지구단위계획의 목적 달성을 위하여 가구단위 공동개발 권장’ 등의 내용이 확인되고, 일반상업지역의 경우 ‘불허용도 외 시설’은 개발행위를 허용하는 것으로 기재되어 있다.

<표9> 2018.3.19.자 지구단위계획 결정 고시 주요 내용

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) ｢소득세법｣ 제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제2호(토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우)에 따르면, 토지 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 동안 비사업용 토지에 해당하는 경우 같은 법 제104조 제1항 제8호의 세율을 적용하는 것이다.

(나) 청구인은 쟁점토지가 2016년 및 2019.4.30.부터 2020.5.4.까지 재산세 별도합산과세대상 토지로서 비사업용 토지에서 제외된다고 주장하나,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(2) 소득세법 시행령

제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】①법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙

제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】①영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4. 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지 : 취득일부터 2년

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 5년

10. 거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지 : 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년

11. 천재지변 그 밖에 이에 준하는 사유의 발생일부터 소급하여 2년 이상 계속하여 재촌(영 제168조의8제2항의 규정에 따른 재촌을 말한다)하면서 자경(영 제168조의8제2항의 규정에 따른 자경을 말한다. 이하 이 호에서 같다)한 자가 소유하는 농지로서 농지의 형질이 변경되어 황지(荒地)가 됨으로써 자경하지 못하는 토지 : 당해 사유의 발생일부터 2년

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

④ 영 제168조의14 제3항 제5호에서 “재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 공장의 가동에 따른 소음ㆍ분진ㆍ악취 등으로 인하여 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지

2. 2006년 12월 31일 이전에 이농한 자가 「농지법」 제6조 제2항 제5호 에 따라 이농당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

3. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지

5. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(같은 법 제39조 제2항 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지

6. 「농촌근대화촉진법」(법률 제4118호로 개정되기 전의 것)에 따른 방조제공사로 인한 해당 어민의 피해에 대한 보상대책으로 같은 법에 따라 조성된 농지를 보상한 경우로서 같은 법에 따른 농업진흥공사로부터 해당 농지를 최초로 취득하여 8년 이상 직접 경작한 농지. 이 경우 제3항 제1호에 따른 농지소재지 거주요건은 적용하지 아니한다.

7. 「채무자의 회생 및 파산에 관한 법률」 제242조에 따른 회생계획인가 결정에 따라 회생계획의 수행을 위하여 양도하는 토지

(4) 지방세법

제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

(5) 지방세법 시행령(2025.12.31. 대통령령 제36043호로 개정되기 전의 것)

제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

제103조【건축물의 범위 등】① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

2. 건축허가를 받았으나 「건축법」 제18조 에 따라 착공이 제한된 건축물

3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.