조심-2026-전-0159 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 보유 중이던 충청북도 충주시에 소재한 농지(지목 : 전)를 2021.11.9. ∼ 2021.12.2. <표1>과 같이 분할·합병 후 해당 토지들(이하 “쟁점토지들”이라 한다)에 대한 양도계약서를 2021.12.3. A·B, C, D·E과 각각 작성하였다. 쟁점토지들은 2021.12.10. 및 2022.1.4.에 <표1>과 같이 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)되었다.

<표1> 청구인 소유토지 내역 및 양도내역

○○○

나. 청구인은 쟁점토지들의 소재지에 거주하면서 8년 이상 자경하였으므로 「조세특례제한법」 제69조 를 적용하여 쟁점①토지와 쟁점②토지의 양도로 인한 소득은 2021년 양도소득세 귀속분으로 하고, 쟁점③토지의 양도로 인한 소득은 2022년 양도소득세 귀속분으로 하여, 각각 감면세액 OOO원(총 OOO원)을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

다. 처분청은 2025.6.6. 쟁점거래는 쟁점토지들을 일괄하여 2021.12.10. OOO원에 양도하는 하나의 거래로 판단하여, 감면한도를 1억원으로 경정하고 청구인에게 2021년 귀속분 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.29. 이의신청을 거쳐 2025.11.15. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세기간을 달리한 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지1>과 같음

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 청구인의 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역은 다음과 같다.

○○○

(2) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인과 매수인들의 토지매매계약서에 따르면 쟁점거래의 계약내역은 <표3>과 같으며 금융거래내역에 따르면 대금지급내역은 <표4>와 같다. 또한, 이 건 거래대금의 최초 지급일 이후 청구인은 2021.11.9. ∼ 2012.12.2. 쟁점토지들을 <별지2>와 같이 분할·합병하였다.

<표3> 부동산매매계약서상 쟁점토지의 매매계약 내역

○○○

<표4> 쟁점거래의 대금지급 내역

○○○

(나) 처분청이 제출한 이의신청 결정서에 따르면, 청구인은 쟁점③토지의 매수인이 연말 금융기관 대출실행이 어려워 잔금지급을 2022.1.4.로 계약했다고 하였으며, 쟁점①, ②토지의 등기사항전부증명서에 따르면 해당 토지 모두 2021.12.10. 소유권이전등기와 함께 근저당권이 설정된 것으로 확인된다. 또한, 처분청이 제출한 이의신청 결정서에 따르면, 청구인은 당초 이의신청 시 쟁점③토지의 매수인이 계약서 특약사항인 농지취득자자격증명 발급이 지연되어 잔금일을 다음 해로 정하였다고 하였으나, 처분청의 조사서에 따르면 매수인들의 농지취득자격증명은 2021.12.3. 신청되었으며, 모두 2021.12.9. 이전 발급된 것으로 나타난다. 청구인은 이 건 심판청구에서는 쟁점③토지의 잔금지급일 설정이유에 대한 주장은 하지 않았다

(다) 이 건 부동산매매계약서와 쟁점③토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 쟁점③토지의 중도금 지급일인 2021.12.10.에 청구인이 설정한 쟁점③토지의 근저당권을 말소하고, 쟁점③토지의 매수인들을 가등기권자로 하여 가등기를 설정한 것으로 확인된다.

(라) 처분청의 조사종결보고서에 따르면 2021.12.9. 쟁점거래의 중개를 맡은 OOO공인중개사무소에서 <표5>와 같이 매수인들과 청구인에게 현금영수증이 발급되었다.

<표5> 2021.12.9. 공인중개사무소 현금영수증 발급내역

○○○

(마) 청구인이 제출한 OOO공인중개사무소 대표의 사실확인서에 의하면 매수인들은 서로 연관이 없고 쟁점거래는 일괄 계약이 아니며, 쟁점③토지 매수인은 2021.12.15. 계약을 종료하려 하였으나, 매수인의 요청으로 계약종료일이 2022.1.4.로 연기된 것으로 적혀있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래를 하나의 양도거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분이 부당하다고 주장하나, 「국세기본법」 제14조 제3항 은 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’고 규정하고 있고, 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다고 볼 것(대법원(2022.3.11. 선고 2021두57780 판결 등, 같은 뜻임)인데, 쟁점거래의 2021.12.3. 각 계약서에 따르면 3건 모두 계약 시에 계약금을 지급하기로 약정하였음에도 실제 계약금은 3건 모두 2021.10.22.에 각각 지급된 것으로 확인되고, 2021.12.15.에 지급하기로 약정한 잔금 및 중도금이 모두 2021.12.10.에 각각 지급된 점, 쟁점③토지의 경우 매수인의 대출사정으로 계약기간을 2022.1.4.로 연장하였음에도 오히려 청구인에게 불리한 가등기 계약을 특약에 포함한 점, 이 건 거래가 완료되지 않았음에도 2021.12.9. 전체토지 매매대금인 OOO원에 대한 중개수수료의 현금영수증이 일제히 발급되고, 그 다음날인 2021.12.10. 쟁점①, ②토지의 소유권이전등기와 쟁점③토지의 가등기가 완료된 점 등에 비추어, 쟁점거래는 서로 밀접한 관련이 있는 거래로서 서로 별개의 거래라 보기 어려우며, 쟁점토지를 2021년, 2022년 2개 연도로 각각 나누어 양도할 객관적‧구체적 사유가 충분히 제시되었다고 보기 어려우므로 쟁점토지들의 양도거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지 또는 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

③ 제1항 제1호 및 제2항 제1호를 적용할 때 토지를 분할(해당 토지의 일부를 양도한 날부터 소급하여 1년 이내에 토지를 분할한 경우를 말한다)하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

(3) 소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(4) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(5) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

<별지2> 쟁점토지 분할·합병 경과

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