조심-2026-전-0658 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.4.26. 충청남도 00시 OOO 토지 4,159.1㎡를 증여로 취득하고, 2018.4.23. 동소에 합병된 토지 2,777㎡(취득한 토지 합계 6,936.1㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매매로 취득하였으며, 2022.7.6. 쟁점토지상에 각 연면적 1,802.9㎡의 축사용 건물 주1동과 주2동(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하고, 2023.9.7. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후, 2023.12.27. 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액 OOO원으로 적용하여 처분청에 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 국세청장의 2025년 종합감사 지적에 따라 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 신고 내용의 적정 여부를 검토한 결과, 청구인이 쟁점부동산에 대하여 2022.7.14. 근저당을 설정하면서 ㈜OOO감정평가법인이 2022.7.11.을 가격산정기준일로 하여 2022.7.12. 작성한 감정평가서상 쟁점건물의 감정가액 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 취득가액으로 보아, 2025.9.15. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.23. 이의신청을 거쳐 2025.12.9. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점감정가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조【양도자산의 필요경비】⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2【추계결정 및 경정】③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(3) 감정평가에 관한 규칙

제2조【정의】이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “시장가치”란 감정평가의 대상이 되는 토지등(이하 “대상물건”이라 한다)이 통상적인 시장에서 충분한 기간 동안 거래를 위하여 공개된 후 그 대상물건의 내용에 정통한 당사자 사이에 신중하고 자발적인 거래가 있을 경우 성립될 가능성이 가장 높다고 인정되는 대상물건의 가액(價額)을 말한다.

2. “기준시점”이란 대상물건의 감정평가액을 결정하는 기준이 되는 날짜를 말한다.

3. “기준가치”란 감정평가의 기준이 되는 가치를 말한다.

5. “원가법”이란 대상물건의 재조달원가에 감가수정(減價修正)을 하여 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말한다.

제5조【시장가치기준 원칙】① 대상물건에 대한 감정평가액은 시장가치를 기준으로 결정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액 및 경정내역은 아래 <표2>와 같고, 청구인은 당초 환산취득가액을 쟁점건물의 취득가액으로 적용하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

<표2> 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역

○○○

(2) 처분청이 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세를 경정·고지한 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 2023년 귀속 양도소득세 경정·고지 내역

○○○

(3) 쟁점토지의 2021～2025년 공시지가는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점토지의 2021～2025년 공시지가

○○○

(4) 청구인이 제출한 감정평가서(쟁점감정가액, 비교감정가액, 소급감정가액)에서 나타나는 쟁점건물의 정보는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점건물의 기본 정보

○○○

(5) 처분청이 제출한 쟁점건물 신축일(2022.7.6.) 전후 3개월 간 충청남도 00시 OOO에서 거래된 축사의 매매사례가액은 아래 <표6>과 같고, 쟁점건물과 동일성, 유사성이 있는 매매사례가액은 확인되지 아니한다.

<표6> 쟁점건물 신축일 전후 3개월 간 인근 매매사례가액

○○○

(6) 쟁점부동산에 대하여 작성된 3개 감정평가서(쟁점감정가액, 비교감정가액, 소급감정가액의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점감정가액 감정평가서는 OOO농업협동조합장이 청구인의 대출 관련 담보(근저당설정)용으로 ㈜OOO감정평가법인에 의뢰하여 2022.7.11.을 가격산정기준일로 하여 2022.7.12. 작성된 것으로 나타나고, 기준가치를 시장가치로 하고 쟁점건물에 대해서는 재조달원가에 감가수정을 하는 원가법으로 감정평가한 것으로 나타나며, 주요 내용은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 쟁점감정가액 감정평가서 주요 내용

○○○

(나) 비교감정가액 감정평가서는 쟁점부동산 양도 후 OOO농업협동조합장이 양수인의 대출 관련 담보용으로 ㈜감정평가법인OOO지사에 의뢰하여 2023.8.31.을 가격산정기준일로 하여 2023.9.4. 작성된 것으로 나타나고, 제출된 감정평가서는 아래 <표8>과 같다.

<표8> 비교감정가액 감정평가서

○○○

(다) 소급감정가액 감정평가서는 청구인이 쟁점감정가액의 신뢰성이 떨어지는 것으로 보아 ㈜OOO감정평가법인 대전충청지사에 의뢰하여 2022.7.31.을 가격산정기준일로 하여 2025.9.18. 작성된 것으로 나타나고, 그 주요 내용은 아래 <표9>와 같으며, 쟁점건물의 감정평가방법은 쟁점감정가액과 동일하게 원가법을 적용하였으나 쟁점감정가액이 쟁점건물의 재조달원가를 OOO원/㎡으로 적용한 것과 달리 소급감정가액은 OOO원/㎡으로 적용한 것으로 나타난다.

<표9> 소급감정가액 감정평가서

○○○

(7) 청구인은 쟁점부동산에서 17㎞ 떨어진 충청남도 00시 OOO에 소재한 축사의 감정평가서를 제시하면서 ‘일반철골구조, 칼라강판지붕’은 쟁점건물의 ‘강파이프구조, 조립식강판지붕’보다 낮은 가치로 평가되는데도 쟁점감정가액보다 더 높은 가치로 평가되었다고 주장하였고, 해당 감정평가서는 쟁점감정가액과 같이 “윈치커텐”은 (건물)감정평가요항표의 “벽체”에 반영되어 있고, 부대설비 중 “급배수설비”란에 체크된 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점감정가액이 쟁점건물의 일부 항목에 대한 평가를 누락하는 등 시가보다 현저하게 낮은 가액으로 평가되었으므로 이를 취득가액으로 적용할 수 없고 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나,

쟁점감정가액은 OOO축산농협에서 쟁점건물의 근저당 설정을 위해 감정을 의뢰하여, ㈜OOO감정평가법인 충청지사에서 쟁점건물 취득일(2022.7.6.)로부터 3개월 이내인 2022.7.11.을 가격산정기준일로 하여 2022.7.12. 감정평가서를 작성한 가액으로서 쟁점건물의 취득가액으로 적용할 수 있다고 보이는 점, 청구인이 비교감정가액·소급감정가액에는 평가에 반영되어 있으나 쟁점감정가액에서는 누락되었다고 주장하는 윈치커튼, 환풍기, 급수시설 등은 쟁점감정가액 평가서의 감정평가요항표상 건물구조 항목 또는 부대설비란에 기재되어 있어 평가항목에서 누락되었다고 단정하기 어려운 점, 청구인은 쟁점건물을 취득하고 약 1년 2개월 후에 양도하였는데, 보유기간이 비교적 길지 않음에도 불구하고 쟁점건물 취득에 대한 실지거래가액을 제시하지 아니한 점, 쟁점감정가액이 비교감정가액이나 소급감정가액에 비하여 낮다는 이유만으로 취득 당시 쟁점건물의 감정가액인 쟁점감정가액을 부인하고 환산취득가액을 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.