조심-2024-서-4255 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 A 주식회사로부터 의약품 등을 매입하여 병원 등에 공급하는 사업을 영위하는 사업자로 2020년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 특수관계법인 주식회사 B(청구법인의 대표이사 C의 배우자 D이 대표이사로 이하 “쟁점거래처”라 한다) 및 주식회사 E(이하 “E”라 한다)로부터 아래 <표1>과 같이 세금계산서를 수취하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

<표1> 세금계산서 수취 내역

나. AAA지방국세청장(이하 “조사청”이라고 한다)은 2023.11.14.부터 2024.1.18.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2020년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점거래처와 E로부터 재화나 용역을 공급받은 사실 없이 세금계산서를 수취하였다고 보아 해당 기간 쟁점거래처부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다), 주식회사 E로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 가공세금계산서로 확정하여(이 외에도 업무무관비용 계상액 OOO원을 부인하였음) 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.4.18. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 관련 법인세 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 각 경정⋅고지하면서 OOO원이 사외유출된 것으로 보아 청구법인의 대표이사인 C에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표2> 이 사건 부과처분 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.16. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 제공 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2014년 12월 설립된 의료기기 도‧소매업체로, 대표이사 C이 100%의 지분을 소유하고 있고, A㈜로부터 부정맥 치료용 카데터 등 의료용품을 매입하여 대학병원 등에 납품하고 있고, 쟁점거래처는 2020년 3월 설립된 의료기기 도‧소매업체로 D이 2012년부터 운영하던 개인사업자를 2020.3.30. 법인으로 전환하여 설립한 것으로 청구법인 대표이사 C의 배우자인 D이 지분의 48%를 보유하고 있으며, E는 2011년 7월 설립된 기계부품 제조업체로, 청구법인 대표이사 C의 부친 H이 2020년 9월경 지분인수를 통하여 대표이사로 취임한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인에 대한 조사내용은 다음과 같다.

1) 청구법인과 쟁점거래처, E는 사업장 소재지가 동일하고, 조사청이 사업장 방문하여 확인한 결과, 청구법인 소속 직원 이외에 쟁점거래처 및 E의 직원은 근무하고 있지 아니한 것으로 조사되었다.

2) 조사청은 청구법인에게 쟁점거래처와 E로부터 수취한 세금계산서 관련 계약서, 거래명세서, 판매대행 상세내역 등 실거래를 입증할 수 있는 자료의 제출을 요구하였으나 청구법인은 자료를 제출하지 아니하였고, 청구법인의 세무대리인은 위 세금계산서 수취와 관련하여 구체적인 증빙자료가 없다고 답변한 것으로 나타난다.

3) 조사청은 사실관계를 확인하고자 2023.12.11. 청구법인 대표이사 C을 면담하였고, C은 청구법인의 매출이 급격하게 증가하다 보니 세금 부담이 가중되어 이를 줄여보고자 특수관계법인인 쟁점거래처, E로부터 실제 재화나 용역의 공급없이 세금계산서를 수취하였다고 진술하였으나, 이후 세무조사에 따른 예상고지세액이 과도하다며 조사청에 쟁점거래처 대표이사 D이 청구법인의 경리업무 등을 수행한 사실이 있으니 쟁점세금계산서 중 일부를 실거래로 인정해 달라고 요청하였고, 조사청은 이를 받아들이지 아니한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 용역계약이 존재하였음을 입증하기 위하여 판매수수료 약정서 및 판매대행용역 약정서 등을 제출하였고, 쟁점거래처에 대한 용역대가 지급 의무가 발생하였고 이를 지급한 사실 등을 입증하기 위해 2020사업연도∼2023사업연도 청구법인의 외상매입금 명세서를 제출하였는바, 이 건 소득금액변동통지금액 중 쟁점거래처에게 지급한 외상매입금 지급분에 해당하는 금액은 상여처분을 취소하여야 한다는 것이 청구법인의 주장이다.

<청구법인이 제출한 외상매입금명세서 중 일부>

(라) 청구법인은 쟁점거래처의 판매수수료 외 상품매출 등 영업내용을 입증하기 위해 쟁점거래처의 손익계산서 및 계정별 원장을 아래 <표5>와 같이 제출하였고, 쟁점거래처가 청구법인으로부터 수취한 수수료 수취 내역을 아래 <표6>과 같이, 수수료 산정 세부내역 30매를 아래 <표7>과 같이 제출하다. 또한 쟁점거래처 대표이사 D이 청구법인의 고객관계관리, 경리업무 등 용역제공 내용을 입증하기 위해 D이 발송한 전자메일 내역을 제출하였고, 쟁점거래처의 주식등변동상황명세서, 계정과목별 거래처 현황 등의 자료를 제출하였다.

<표5> 쟁점거래처의 손익계산서 및 계정별 원장 중 일부

<표6> 청구법인의 F 관련 매출 내역

<표7> 수수료 산정 세부내역 중 일부

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처로부터 실질적인 용역을 제공받고 그 대가를 판매수수료로 지급하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하나,

과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성․교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정할 수 없는바(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 2006.2.24. 선고 2005두12589 판결 등 참조), 조사 당시 청구법인은 판매수수료 약정서와 수수료 산출내역 등 실제 용역을 제공받은 사실이 확인되는 자료를 제출하지 아니하였고, 대표이사 C이 세금 부담을 경감시킬 목적으로 쟁점세금계산서를 수취한 사실을 인정한 점, 조사청의 현장 확인 결과, 쟁점거래처는 대표이사 D 외 근무 직원이 없고, 사업장에 별도의 근무 공간도 없는 것으로 조사된 점, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처로부터 제공받았다고 주장하는 용역은 그 실체가 불분명하고, 청구법인이 불복과정에서 제출한 판매수수료 약정서와 산출내역서 등의 증빙만으로는 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 당초 조사결과를 뒤집기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

(1) 부가가치세법

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터

제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.