겸영사업자 공통매입세액, 어떻게 안분하나요?

결론 — 면세공급가액 비율이 4%로 5% 미만이지만 공통매입세액이 520만원으로 500만원 이상이므로 안분생략 특례가 배제되어 원칙대로 안분해야 하며, 공제 가능한 매입세액은 4,992,000원(불공제 면세관련분 208,000원)입니다.

근거

• •부가가치세법 제40조: 겸영사업자의 매입세액은 실지귀속에 따르되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율 등 대통령령이 정하는 기준으로 안분한다.
• •같은 법 시행령 제81조 제1항(시행 2025-01-01 당시 조문도 동일): 면세사업등 관련 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액), 확정신고 시 정산.
• •같은 영 제81조 제2항 제1호: 면세공급가액이 총공급가액의 5% 미만인 경우의 공통매입세액은 전액 공제되나, 단서에서 "공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외"한다고 명시 — 본 사안의 공통매입세액 520만원 ≥ 500만원이므로 이 특례는 적용되지 않습니다.
• •같은 항 제2호(공통매입세액 5만원 미만)도 해당 없음. 예규가 말하는 '2만원 미만'은 개정 전 기준이므로 현행(5만원 미만)으로 읽습니다.
• •시행규칙 제54조 제2항: 총공급가액 = 해당 과세기간 과세공급가액 + 면세공급가액. 사안의 2억원(= 1억 9,200만 + 800만)이 이에 해당합니다.

계산:

유의

• •5% 미만 특례의 500만원 배제 단서는 절대금액 기준이므로, 공통매입세액이 499만원이었다면 전액(499만원) 공제였습니다. 520만원은 경계를 넘어 안분 대상입니다.
• •예정신고 시 안분했다면 확정신고에서 위 확정 비율로 정산합니다(영 제81조 제1항 단서).
• •도축업(규칙 제54조 제1항), 전기통신사업자·한국철도공사(영 제81조 제3항) 같은 별도 안분기준 대상이 아니라는 전제입니다.
• •추가 확인 필요: ① 520만원이 단일 매입건인지 여러 건의 합계인지 — 500만원 판정은 '해당 과세기간 중의 공통매입세액' 기준으로 판단합니다. ② 면세공급가액에 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 등이 누락되지 않았는지. ③ 실지귀속이 구분 가능한 부분이 섞여 있지 않은지(구분 가능분은 안분 대상이 아님).

관련 쟁점

• •안분 후 과세·면세 공급가액 비율이 변동하면 영 제82조에 따른 공통매입세액 정산 및 제83조 납부·환급세액 재계산 검토.
• •이 공통매입 자산이 감가상각자산(건물 등)인 경우 면세비율 5%p 이상 변동 시 재계산 대상 여부.
• •겸영사업자의 의제매입세액도 규칙 제56조 제4항에 따라 영 제81조를 준용해 안분하는지 여부.