1주택자가 입주권·분양권을 사면 종전주택은 언제까지 팔아야 비과세인가요?

결론 — 1주택 보유 세대가 조합원입주권(소득세법 시행령 §156조의2③) 또는 분양권(§156조의3②)을 추가 취득한 경우, ⓐ 종전주택 취득일부터 1년 이상 지난 후 입주권·분양권을 취득하고, ⓑ 그 입주권·분양권 취득일부터 3년 이내 종전주택을 양도하면, 조정대상지역 여부·전입 여부와 관계없이 종전주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세(§154①)를 적용합니다. 3년을 넘겨 양도해도 곧바로 과세되는 것은 아니고, 신축주택 완공 후 3년 이내 세대전원 이사 + 1년 이상 계속거주를 갖추는 별도 경로(§156조의2④, §156조의3③)로 비과세가 가능합니다.

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근거

1. 근거 조문의 갈래 — 입주권과 분양권은 조문이 다르다

• •조합원입주권: 소득세법 시행령 제156조의2 제3항(3년 이내 양도형) · 제4항(3년 경과 + 이사·거주형)
• •분양권: 소득세법 시행령 제156조의3 제2항(3년 이내 양도형) · 제3항(3년 경과 + 이사·거주형)
• •상위 근거는 소득세법 제89조 제2항 단서 — 주택과 입주권·분양권을 함께 보유하다 주택을 양도하면 원칙적으로 1세대 1주택 비과세(제89조①3호)를 적용하지 않되, "대통령령으로 정하는 경우"는 예외로 둔다.

2. 요건 ⓐ — "종전주택 취득 후 1년 이상 경과 후 취득"

• •분양권: "종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고"(시행령 §156조의3②).
• •입주권: 같은 문언으로 "종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득"(§156조의2③).
• •기산: 종전주택 취득일(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날) ~ 입주권·분양권 취득일. 분양권은 통상 최초 분양계약일(청약당첨 계약일), 승계취득 분양권은 잔금·명의변경일, 승계 조합원입주권은 그 권리 취득일입니다(취득일 판정 기준의 구체적 예규는 근거에서 직접 확인되지 않음).
• •면제 사유: 종전주택이 §154① 제1호(수도권 소재 법인·공공기관의 지방이전 등), 제2호 가목(협의매수·수용), 제3호에 해당하면 이 1년 요건을 적용하지 않습니다(§156조의2③ 후단, §156조의3② 후단).
• •이 1년 요건은 "투기적 단기 갈아타기 배제" 취지로, 일시적 2주택(§155①)의 1년 요건과 동일한 구조입니다.

3. 요건 ⓑ — "취득일부터 3년 이내 종전주택 양도"

• •분양권: "그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함)"(§156조의3②).
• •입주권도 동일하게 "조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내"(§156조의2③).
• •조정대상지역이라도 3년입니다. 일시적 2주택 처분기한이 2023.1.12. 이후 양도분부터 전 지역 3년으로 일원화된 것과 같은 기준이며, 옛 예규들이 말하는 "1년"(2007~2008년) "2년"(부동산거래관리과-152)은 모두 개정 전 기준입니다.
• •예시: 2022.3.10. 종전주택 취득 → 2023.5.20. 분양권 취득(1년 이상 경과 ○) → 2026.5.19.까지 종전주택 양도 시 비과세(12억 초과분 제외).

4. 3년을 넘긴 경우의 구제경로(반드시 함께 검토)

3년 초과 = 무조건 과세가 아닙니다. 아래 두 요건을 모두 갖추면 비과세됩니다.

• •입주권(§156조의2④): ① 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내 세대전원 이사하여 1년 이상 계속 거주, ② 그 주택이 완성되기 전 또는 완성 후 3년 이내 종전주택 양도.
• •분양권(§156조의3③): ① 분양권에 따라 취득하는 주택 완성 후 3년 이내 세대전원 이사 + 1년 이상 계속 거주, ② 그 주택 완성 전 또는 완성 후 3년 이내 종전주택 양도.
• •이 "3년"은 2023.2.28. 개정(대통령령 제33267호) 부칙 제8조에 따라 2023.1.12. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용되고, 그 전 양도분은 종전 규정(2년)에 따릅니다.
• •세대원 일부가 취학·근무상 형편·질병요양 등 부득이한 사유로 이사하지 못한 경우는 이사한 것으로 봅니다(시행규칙 §75조의2①).
• •신축주택 완성 전에 종전주택을 양도해도 위 요건을 갖추면 비과세가 가능하다는 것이 과세관청 회신 취지입니다(2024.4.2. 회신 사례).
• •사후관리: 이사·거주 요건을 사후에 갖추지 못하면 그 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 특례를 적용받지 않았을 경우의 세액을 신고·납부해야 합니다(§156조의2⑬, §156조의3⑩).

5. 종전주택 자체의 기본요건

특례는 "1세대 1주택으로 본다"는 의제일 뿐이므로, 종전주택은 별도로 §154①의 보유 2년(취득 당시 조정대상지역이면 거주 2년) 요건을 충족해야 하고, 양도가액 12억원 초과분은 과세됩니다(소득세법 §89①3호).

6. 절차

분양권 특례는 양도소득세 과세표준 신고기한까지 분양권 소유자 1세대1주택 특례적용신고서에 주택공급계약서 등을 첨부해 관할 세무서장에게 제출해야 합니다(§156조의3⑨).

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유의

• •"승계취득한 입주권"이어야 한다: §156조의2③·④는 종전주택 외에 별도로 입주권을 취득한 경우를 전제합니다. 보유하던 다른 주택이 관리처분계획인가로 입주권으로 전환된 경우는 이 특례가 아니라 §155①(일시적 2주택) 경로로 판단합니다(서면인터넷방문상담4팀-1860, 2007.6.7.; 부동산거래관리과-171, 2010.2.3.; 부동산거래관리과-455, 2010.3.24.).
• •별도세대와 공동취득한 입주권: 1주택 세대가 별도세대와 입주권을 공동 승계취득한 경우에도 요건 충족 시 특례 적용이 인정된 사례(서면-2022-부동산-4207, 2022.10.18.)가 있는 반면, 1주택이 2개 입주권으로 전환된 것을 공동취득한 사안은 특례 부인(서면-2021-법규재산-6393, 2022.5.25.)되었습니다 — 사실관계별로 결론이 갈리므로 개별 확인이 필요합니다.
• •적용 시기 경과규정: 분양권 관련 §156조의3은 2021.1.1. 이후 취득한 분양권부터 적용됩니다(대통령령 제31442호 부칙 제10조). 2020.12.31. 이전 취득 분양권은 주택 수에 산입되지 않아 이 특례 자체가 문제되지 않습니다. 또한 2022.2.15. 시행 전에 입주권·분양권을 취득한 경우의 §156조의2④·§156조의3③ 적용은 종전 규정에 따릅니다(제32420호 부칙 제12조).
• •"완성"의 시점: 사용검사필증 교부일(사용검사 전 사실상 사용·사용승인 시 그 날)로 본다는 해석이 있습니다(기획재정부 재산세제과-647, 2011.8.11. — 다만 개정 전 자료로 라벨된 회신이므로 현행 적용 시 재확인 권고).
• •비과세 미달 시 세부담: 조정대상지역 주택으로서 1주택+입주권·분양권 1개 보유 상태의 주택 양도는 기본세율 + 20%p 중과 대상이 될 수 있습니다(소득세법 §104⑦2호). 다만 시행령 §167조의3의 중과 배제사유(한시배제 포함)의 현행 적용기간은 제공된 조문에서 확인되지 않으므로 양도 시점의 §167조의3 제1항 각 호와 부칙을 직접 확인해야 합니다.
• •추가 확인 필요: ① 입주권·분양권의 정확한 취득일(계약일·명의변경일·잔금일) ② 종전주택의 취득 당시 조정대상지역 여부(거주 2년 요건) ③ 신축주택 완공(사용검사) 예정일 ④ 3년 내 미양도 시 기획재정부령상 부득이한 사유(§156조의3② 괄호) 해당 여부.

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관련 쟁점

1. •종전주택을 3년 내 못 파는 경우 — "완공 후 3년 내 이사·1년 거주" 경로 선택 시 실제 이사 계획의 실현가능성과 사후 추징(2개월 내 신고) 리스크 검토.
2. •상속·혼인·동거봉양으로 주택 또는 입주권·분양권이 더해진 경우의 중첩 특례(§156조의2⑧·⑨, §156조의3④~⑥) 적용 가능성.
3. •종전주택을 양도하지 않고 입주권을 먼저 양도하는 대안 — 소득세법 §89①4호 나목(신규주택 취득일부터 3년 내 입주권 양도, 12억 한도) 비과세와의 유불리 비교.