조심2025서1799 조세심판원 결정

1.처분개요

가. 청구법인은 1991.8.10. 콜센터 관련 소프트웨어 개발을 목적으로 설립된, 컨택센터 운영대행 서비스, 콜센터 운영 컨설팅 업무 등을 영위하고 있는 법인으로, OOO년 코스닥 시장에 상장되었으나 2019사업연도 및 2020사업연도 재무제표에 대하여 감사인이 ‘의견거절’로 감사의견을 제출함에 따라 OOO 상장폐지 되었다.

나. 이 건 심판청구와 관련한 청구법인의 거래를 살펴보면 다음과 같다.

(1) 청구법인은 2019.1.4. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에 컨설팅용역비 OOO원을 계좌로 지급하고, A으로부터 공급가액 OOO원(부가가치세 OOO원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서와 관련된 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 교부받았다.

(2) 청구법인은 2019.1.4. 특수관계인인 B으로부터 주식회사 C(이하 “C”라 한다)이 발행한 주식 20만주(지분율 89.4%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원, 이하 “쟁점주식가액”이라 한다)에 취득(청구법인이 쟁점주식을 취득한 이 거래를 이하 “쟁점거래2”라 한다)하였다.

(3) 청구법인은 2020.2.27. 특수관계인이 아닌 주식회사 D(이하 “D”라 한다)에게 쟁점주식 중 47,394주를 1주당 OOO원(총 OOO원, 이하 “쟁점주식가액”이라 한다)에 양도(청구법인이 쟁점주식 중 47,394주를 D에 양도한 이 거래를 이하 “쟁점거래3”이라 한다)하였다.

다. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.15.부터 2024.5.8.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(조사대상기간 : 2018～2020사업연도)를 실시한 결과 아래와 같이 과세자료를 통보하였다.

(1) 쟁점거래1과 관련하여, ① 청구법인이 A으로부터 컨설팅용역을 제공받은 사실이 없음에도 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세를 경정하고, ② a 및 b이 2018년 12월 실시된 청구법인의 유상증자에 참여하여 청구법인 발행주식을 취득하면서 주금으로 납입한 금액은 쟁점거래1의 컨설팅용역비로 A에 지급된 후 제3자를 거쳐 마지막으로 다시 a 및 b에게 지급되었으므로, a 및 b에게 최종 귀속된 쟁점세금계산서에 따른 금액을 a 및 b의 기타소득으로 소득처분한 후 이에 대한 2020년 귀속 종합소득세(원천징수분)를 경정할 것

(2) 쟁점거래2와 관련하여, 청구법인이 특수관계인인 B으로부터 쟁점주식을 시가보다 고가에 취득하였으므로, 「법인세법」 제52조 (부당행위계산의 부인)를 적용하여 시가와 쟁점주식가액의 차액(OOO원)을 익금불산입(△유보)하면서 동 금액을 손금불산입(기타사외유출)하여 2019사업연도 법인세를 경정할 것

(3) 쟁점거래3과 관련하여, 쟁점주식에 대하여 2019사업연도에 익금불산입한 금액 중 D에 양도한 주식에 상당하는 금액에 대하여 △유보를 추인(익금산입․손금불산입)하여 2020사업연도 법인세를 경정하고, 쟁점거래3에 따른 증권거래세 신고를 하지 않았으므로 2020년 1월 증권거래세를 결정할 것

라. 조사청이 위와 같이 과세자료를 통보하자, 이에 처분청은 청구법인에게 <별지1>과 같이 부가가치세, 법인세, 종합소득세 및 증권거래세를 경정(결정)․고지하고 소득금액변동통지를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 <별지1>과 같이 이의신청을 거쳐 2025.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래1과 관련하여 청구법인은 A으로부터 바이오사업관련 컨설팅용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하였으며, a 및 b에게 용역비를 지급하여 거래를 위장한 사실이 없으므로 이 부분에 대한 이 건 처분은 위법․부당하다.

(가) 청구법인은 2019.1.3. A과 컨설팅용역계약을 체결하고 다음날(2019.1.4.) 부가가치세를 포함한 용역비(OOO원)를 지급하였고, A은 2010.3.2. 설립된 실체가 있는 정상법인으로 쟁점거래1을 허위거래로 볼 아무런 근거가 없으며, 이는 쟁점거래1이 이루어졌던 당시 청구법인의 대표이사인 c(현재 퇴직) 등이 일관된 진술로 인정하고 있는 사실이다.

(나) 청구법인은 위와 같이 쟁점거래1이 허위거래가 아니어서, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 것이라는 인식조차 하지 않았는데, 처분청은 A이 청구법인으로부터 용역비를 지급받은 후 이를 a와 b에게 바로 지급하였고, a와 b이 2018.12.27. 각 OOO원씩 청구법인의 유상증자에 참여한 사실과 A이 a와 b에게 용역비를 그대로 지급한 후 소득세를 원천징수하여 신고․납부하지 않은 점을 이유로 쟁점거래1을 허위거래로 판단한 것으로 보인다.

그러나 청구법인은 쟁점거래1 당시 사업다각화를 위해 신성장동력이 될 사업분야로 진출을 고민하던 중으로, 전문가의 조력이 필수적인 상황에서 A으로부터 OOO의 명망 높은 기관으로부터 거액의 투자를 받은 신약개발회사를 소개받았고, 아래 <표1>과 같이 이 회사의 보유기술의 가치가 최소 OOO원에서 최대 OOO원에 이르러 A에 컨설팅용역비를 지급한 것으로, 용역을 수행한 후 6년이 경과한 시점에서 구체적인 컨설팅보고자료를 보관하고 있지 않다는 이유로 조사청이 쟁점거래1을 허위거래라고 단정하는 것은 통상 사업소개나 컨설팅이 구두로 이루어지는 경우가 많은 현실에 비추어 잘못된 판단이라고 할 것이다.

<표1> 신약개발회사 보유기술 가치평가 내역

○○○

(다) 한편 청구법인은 A과 용역계약을 체결하고 용역비를 A에 지급하였을 뿐이어서, A이 그 대금을 a와 b에게 지급한 사실을 알 수도 없고, 설령 알았더라도 이에 관여할 수도 없었으므로 이에 대하여 소득세를 원천징수하여야 하는 의무도 없다고 할 것이다.

그리고 청구법인은 용역비를 A에 지급하는 것과 a와 b에게 용역비를 지급하고 소득세를 원천징수하여 납부하는 것에 아무런 차이가 없어서, a 및 b에게 용역비를 지급한 거래를 A과의 거래로 위장할 아무런 이유도 없음에도 불구하고, A과 계약을 허위로 보고 쟁점거래1을 부인하기 위해서는 청구법인이 A이나 a 등과 통모하여 거래를 하였다는 점을 처분청이 입증하였어야 함에도 단순한 정황만으로 처분청은 쟁점거래1의 실체를 부인한 잘못을 하였다.

(라) 설령 A이 정상적인 사업자로 판단되지 않더라도 실제 거래가 이루어진 이상 쟁점세금계산서를 섣불리 사실과 다른 세금계산서로 판단할 수 없는 것이다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

1) 청구법인은 쟁점거래2는 회사의 신성장동력을 갖추기 위해 유망한 신약개발회사인 C에 투자한 것으로, 이 과정에서 외부기관을 통해 쟁점주식의 가치를 객관적으로 평가하여 거래금액을 결정하였으므로 쟁점거래2는 경제적 합리성을 갖추었다고 주장한다.

2) 경제적 합리성의 유무는 ‘거래당시’를 기준으로 판단하되(대법원 1989.6.13. 선고 88누5273 판결 참조), 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단해야 한다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 참조).

3)검찰의 공소장에서 밝히고 있듯이 청구법인은 바이오사업에 진출할 의사나 능력도 없었던 상황에서, 청구법인 발행주식의 주가를 부양하여 관리종목 지정을 회피하려는 목적으로 고가로 쟁점주식을 취득하였다.

청구법인은 쟁점주식을 취득한 사실 외에 E에 직접 투자하거나 바이오사업 관련 조직설립, 연구시설투자 등 바이오사업을 진행하기 위한 어떠한 행위도 하지 않았던 한편, B은 쟁점주식을 양도하고 수취한 양도대금 OOO원을 2018.12.27. 청구법인의 유상증자에 주금으로 납입(OOO원)하거나 다른 법인(J, K)을 거쳐 청구법인에 우회대여(OOO원)하는 등 청구법인에 대한 사주(e)의 지배력을 강화하는데 사용하였다.

4) 한편, 청구법인은 쟁점주식을 취득한 2019년 감사보고서에 쟁점주식 장부가액 OOO원을 손상차손으로 인식하였는데, 이는 청구법인이 취득단계부터 쟁점주식의 가치가 쟁점주식가액에 미치지 못하고 있음을 인지하고 있었다는 증거이다.

5)이상과 같이 쟁점주식 취득거래는 청구법인의 주가조작 및 관리종목 지정 회피, 청구법인에 대한 지배력 강화 등을 위하여 e 등 전(前)경영진의 주도로 가치없는 쟁점주식을 고가에 취득한 것이므로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래에 해당한다.

(나)청구법인이 제시한 외부기관의 평가액은 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못하므로 세법상 시가로 볼 수 없다.

1)청구법인은 국내외 4개 평가기관을 통해 E가 보유한 평가대상기술의 가치를 적정하게 평가하였다고 주장한다.

2)시가로 인정되려면 그 거래가 일반적이고 정상적이어야 하고 그 기준시점의 구체적인 상황에 따라 평가된 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것이어야 하며, 자산의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못한 경우에는 비록 제3자 사이의 거래가격이라도 시가로 볼 수 없다(대법원 2008.7.24. 선고 2008두3197판결, 대법원 2005.6.23. 선고 2005두3066 판결 참조)

3)4개의 평가기관 중에서 G만 쟁점주식의 가치를 평가하였는데, G의 평가보고서에는 C가 이 사건 신약물질의 권리 50%를 평가기준일 현재 보유하고 있다는 가정 하에 주식가치를 계산하였으나, ① C는 이 사건 투자계약을 조건부 계약으로 인식하고 있었는데 쟁점거래1의 계약일에 C가 지급한 투자금은 약정금액의 10%(OOO유로)에 불과하여 C가 신약물질의 권리를 온전히 보유하고 있었다고 볼 수 없고, ② 약정기한까지 투자금 납부를 못하여 2020.7.31. C와 E 사이에 신약물질 권리를 20%로 변경하는 합의서가 작성된 점을 볼 때 신약물질 권리에 대한 지분은 2019.1.4. 쟁점주식의 취득 후 상당한 기간이 경과한 2020.7.31.에 확정된 것으로 보이며, ③ 쟁점거래1 계약 이후 C 또는 청구법인이 부담해야 할 약정투자금 90%(OOO유로)에 대한 고려 없이 평가한 주식가치는 근본적으로 미지급된 약정투자금액 만큼 주식가치를 과다하게 산정할 수밖에 없는 점을 볼 때, G의 평가금액은 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없다.

(다) 청구법인이특수관계인이 아닌 D와의 쟁점주식 중 일부를 양도한 쟁점거래3의 거래금액은 쟁점주식에 대한 매매사례가액이 될 수 없다.

1)청구법인은 쟁점거래3의 주식거래금액이 쟁점거래2에서 쟁점주식의 매매사례가액에 해당하므로 상증세법상 보충적 평가방법에 우선하여 이를 쟁점주식의 시가로 적용해야 한다고 주장한다.

2) 「법인세법 시행령」 제88조 제2항 은 그 행위 당시를 기준으로 부당행위계산의 부인 규정을 적용할지에 대하여 판단하도록 규정하고 있으며, ‘그 행위 당시’란 주요 거래조건을 확정하고 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 매매계약일을 의미하므로, 부당행위계산의 부인 대상의 기준이 되는 시가도 부당행위계산의 부인을 적용할지 여부에 대한 판단시기와 동일해야 한다.

3) 따라서 쟁점거래2의 계약일(2018.12.26.)로부터 약 1년 2개월 경과한 2020.2.27. D와 체결한 주식양도계약에 따른 쟁점거래3의 거래가액은 부당행위계산의 부인을 적용할 ‘그 행위 당시’의 가격에 해당하지 않으므로 ‘시가’로 볼 수 없다.

4) 한편, 부당행위계산의 부인 규정에서 시가란 불특정다수인과의 계속적 거래 또는 제3자 사이의 일반적인 거래가격을 의미하고, 매매사례가액이 시가로 인정되려면 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원 2008.12.24. 선고, 2008두16445 판결, 대법원 2012.4.26.선고 2010두26988 판결 참조).

D와의 쟁점거래3은 청구법인 사주 e 등이 2019년 청구법인의 회계감사에 대하여 회계감사인의 의견거절을 막는 한편, D의 주가조작에 제공한 자금을 회수하기 위하여 주식거래의 외관을 갖춘 것이므로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 제3자 사이의 일반적인 거래가격이 될 수 없다.

(라) 현금흐름할인법에 따른 평가는 세법에서 허용하는 시가에 해당하지 않고, 상증세법에 따른 보충적 평가방법으로 계산한 조사청 평가액이 쟁점주식의 시가에 해당한다.

1)청구법인은 G 등 4개 평가기관의 평가대상기술에 대한 가치평가를 근거로 쟁점주식의 취득가액을 결정하였으므로 쟁점주식가액(OOO원)은 적정가액이라고 주장한다.

2) 「법인세법 시행령」 제89조 는 비상장주식에 대해서는 특수관계인이 아닌 자들 사이의 정상적인 거래가액을 시가로 하되, 그 시가가 불분명한 경우에는 상증세법상 보충적 평가액을 시가로 사용하도록 규정하고 있는 한편, 상증세법 시행령 제54조 제6항은 평가심의위원회 심의를 거쳐 현금흐름할인법에 의한 평가액이 시가에 해당하는지에 대하여 심의를 요청할 수 있지만, 이는 상증세법 상의 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지 범위안의 가액인 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다.

3)G의 평가대상기술에 대한 평가액은 현금흐름할인법을 적용한 것으로, 쟁점주식에 대한 상증세법상 보충적 평가액의 130%를 초과하는 금액으로서 평가심의위원회 심의를 통해 시가로 인정될 수 있는 범위에 포함되지 않는 금액이고, F 등 3개 외부기관의 평가액은 쟁점주식이 아닌 E가 개발 중인 신약물질을 평가대상으로 하고 있어 쟁점주식에 대한 시가로 볼 수 없다.

(3) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가답변은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 A은 실체가 있는 법인이라고 주장하나, 2019.1.3. 작성된 쟁점거래1에 대한 계약서에는 용역수행기간을 2019.12.31.까지로 하고 그 기간 완료와 동시에 최종보고서를 제출한다고 되어 있음에도 최종보고서를 제출한 사실이 없었고, 용역의 진행과 무관하게 쟁점거래1에 대한 용역계약을 체결한 다음날(2019.1.4.) 쟁점세금계산서를 발행하고 용역대금이 입금된 것은 매우 이례적이어서 이는 쟁점거래1에 대한 계약이 사실상 자금을 유용하기 위해 형식적으로 체결한 것에 불과함을 나타낸다.

(나) 청구법인은 위와 같이 쟁점거래1이 자금을 유용하기 위한 형식적 거래에 불과한 점이 입증되어도, 자신의 주장을 입증할 어떠한 증거도 제출하지 않았고, 조사청의 세무조사 당시 청구법인의 대표이사인 f은 쟁점거래1과 관련하여 A으로부터 어떠한 용역도 받지 못했다는 확인서를 제출하였다.

(다) 청구법인은 사업다각화를 위해 쟁점주식을 취득하였으므로 쟁점거래2는 경제적 합리성을 갖춘 거래라고 주장하나, 경제적 합리성 판단의 고려요소인 거래 당시의 특수한 사정으로는 당해 거래가 당사자 간의 합리적 경제의사에 따라 자발적으로 행하여진 것인지, 정부의 정책지침이나 행정지도 또는 관계회사의 압력, 거래처와의 관계 등에 의해 타율적으로 행하여진 것인지 여부, 당해 거래가 당해 거래 자체로서 직접 달성하고자 하는 경제적 목적 외에 다른 외부적 목적을 가지고 있는지 여부 등을 고려하여야 하는데(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조), B은 주식 양도대금 OOO원 중에서 대부분을 수령 즉시 청구법인 유상증자에 주금납입 대금으로 사용(OOO원)하거나 청구법인에 대여금 형태로 입금(OOO원)하여 대부분 청구법인에 반환하였고, 청구법인이 바이오사업을 위해 투자한 금액은 아래 <표3>과 같이 2019년부터 2020년까지 E에 지급한 투자금 OOO유로 중 C에 대여한 OOO 유로가 유일하며 그 외 바이오사업 진출을 위해 어떠한 투자활동도 하지 않았다.

<표3> E에 투자한 금액

(단위 : 원)

○○○

그리고당시 청구법인의 임직원이나 회계감사인의 진술에 따르면, 쟁점주식을 거래한 것은 청구법인이 관리종목에 선정되지 않기 위하여 자본금(OOO원)을 충당하려는 목적의 거래였고, 그 결과 사주 e의 청구법인 지배력만 강화되었다.

(라) 청구법인은 쟁점거래2와 관련하여 4개 외부평가기관의 평가액은 쟁점주식의 객관적 교환가치라고 주장하나, 위 평가기관 평가액은 2018.12.26. 계약체결 당시 C가 신약물질 지분 50%를 확보한다는 가정에 근거한 것으로, 쟁점주식의 매매 시에는 C가 신약물질의 지분을 제대로 확보하지 못하였고 청구법인이 투자약정금의 90%를 부담할 것으로 예상되는 상황임에도, 쟁점주식 가액을 신약물질의 50%를 이미 확보하였다는 가정에 따라 평가한 것은 합리적인 경제인이 선택할 만한 객관적인 교환가치에 해당하지 않는다.

(마) 청구법인은 조사청이 증거로 이용한 검찰의 공소장 및 신문조서, 진술조서 등에 대하여 그 증거력을 가지고 있지 아니하다고 주장하나, 다수 판례에서 과세관청은 검찰 수사자료 등으로 그 신고 내용에 대한 오류나 탈루 혐의가 있음이 인정되는 경우 그