조심-2026-서-1063 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.3.29.부터 2024.4.14.까지 OOO 제조업을 주요사업으로 하는 ㈜A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 공동대표이사로 재직한 자이다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.1.14.∼2025.4.21. 기간 동안 쟁점법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2022년 제2기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점법인이 아래 <표1>과 같이 ㈜B과 ㈜C로부터 자문용역비 등의 명목으로 수취한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 이 거래를 “쟁점거래”라 하며, 쟁점세금계산서의 공급대가 합계액 OOO원을 “쟁점거래금액”이라 한다)는 실제 용역제공 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다는 조사결과를 OO세무서장에게 통보하였고,

이에 OO 세무서장은 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 쟁점거래금액(2022년 제2기 OOO원, 2023년 제1기 OOO원)을 손금불산입하면서 사외유출된 것으로보아, 쟁점세금계산서 공급대가에 대하여 쟁점법인의 대표자인 D과 청구인에게 각 50%씩 대표이사 상여로 소득처분(2022년 OOO원, 2023년 OOO원, 합계 OOO원을 이하 “쟁점소득처분금액”이라 한다)하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 수취내역 및 소득처분 내역

○○○

다. 청구인은 2025.9.1. 쟁점소득처분금액을 소득으로 하여 2022년 및 2023년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였고, 2025.11.5. 청구인은 쟁점법인의 형식상 공동대표이사의 지위에 있었음을 이유로 쟁점소득처분금액을 소득금액에서 제외하여야 한다는 취지로 2022∼2023년 귀속 종합소득세 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2025.12.10. 이를 거부하였다.

<표2> 청구인의 종합소득세 경정청구 내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인은 쟁점법인의 각자 대표이고 쟁점거래에 관여한바 없으므로 쟁점소득처분금액을 청구인의 소득금액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다

(2) 법인세법

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

(4) 상법

제389조(대표이사) ①회사는 이사회의 결의로 회사를 대표할 이사를 선정하여야 한다. 그러나 정관으로 주주총회에서 이를 선정할 것을 정할 수 있다.

② 전항의 경우에는 수인의 대표이사가 공동으로 회사를 대표할 것을 정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점법인의 대표이사 변경 현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점법인의 대표이사 변경이력

○○○

(나) 쟁점법인의 2021.3.29. DART 공시자료에 의하면 2021.3.29. 대표이사를 D에서 D, 청구인을 각자 대표로 변경하였고 사유는 경영 효율성 제고 및 책임경영 강화를 위한 각자 대표이사 체제 구축으로 기재되어 있으며, D은 쟁점법인의 지분 5.99%를 지분을 보유하고 있고 청구인은 쟁점법인의 최대주주인 ㈜F의 최대주주라고 기재되어 있다.

(다) 조사청은 쟁점법인이 2021년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 ㈜G, ㈜B, ㈜C로부터 수취한 세금계산서는 실제 용역제공 없이 수취한 가공세금계산서에 해당하고, H으로부터 수취한 세금계산서는 H이 아닌 제3자로부터 용역을 제공받고 공급자를 H으로 하여 발급한 위장세금계산서에 해당한다는 조사결과를 OO세무서장에게 통보하였고, OO세무서장은 위 세금계산서들의 매입세액을 불공제하여 쟁점법인에게 2021년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.

(라) 쟁점법인은 위 처분에 대하여 2025.7.30. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2025.11.9. 아래 <표5>와 같이 결정하였다.

<표5> 쟁점법인이 제기한 심판청구 결과

○○○

(마) 처분청은 조사 과정에서 I(조사 당시 쟁점법인 대표이사)이 작성한 확인서를 아래 <표6>과 같이 제출하였고, 확인서상 2022년과 2023년은 대표자 재직기간을 안분하여 소득처분하는 것으로 기재되어 있다.

<표6> 2025년 4월 쟁점법인 대표이사 확인서

○○○

(2) 청구인이 쟁점거래에 관여하지 않았다는 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점거래와 관련된 전환사채 재매각과 관련한 이사회 의사록 3건(2022.9.29., 2023.3.31., 2023.4.28.)을 제출하였고, 해당 이사회 의사록을 보면 의장 대표이사는 D이고 청구인이 참석하거나 서명한 사실은 나타나지 아니한다.

<표7> 2022.9.29.자 이사회 의사록(일부발췌)

○○○

(나) 가공거래로 판단된 쟁점거래의 매입처 ㈜B과 ㈜C과의 거래를 위한 품의서와 용역계약서의 내용은 각 아래 <표8>과 같고, 대표이사 D이 품의서를 결재하고, 용역계약을 한 것으로 나타난다.

<표8> ㈜B에 대한 품의서 및 용역계약서(일부 발췌)

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 각 독립된 대표권을 부여받아 단독으로 법률행위를 할 수 있는 쟁점법인의 각자 대표이사로 쟁점거래에 관여한 바 없고, 쟁점거래와 관련한 법리상 귀속자는 사실상 대표자인 D이므로 쟁점소득처분금액을 청구인의 소득금액에서 제외하여야 한다고 주장하나,

「법인세법 시행령」제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있고, 각자 대표의 경우는 대표이사 각자가 단독으로 대표이사의 권한을 행사할 수 있으며, 대내 업무집행과 대외적인 대표권도 각자 행사할 수 있지만, 그 행위는 법인을 대표하는 것이고, 그 행위의 결과는 법인에게 귀속되는바, 쟁점거래의 계약을 각자 대표 D이 단독으로 하였다 하더라도 그 행위의 결과인 가공매입금액에 대한 납세의무는 쟁점법인에게 귀속되는 것이며, 조사청은 쟁점거래금액의 귀속이 불분명하여 쟁점법인의 대표이사 2명에게 안분하여 소득처분을 하였던 점,

청구인은 쟁점법인의 대표자이자 쟁점법인의 최대주주인 ㈜F의 최대주주로서 쟁점법인에 영향력을 행사할 수 있고, 쟁점법인의 부당행위를 방지해야 할 지위에 있었음에도 그 책임과 의무를 성실히 수행하지 아니한 것으로 보이는 점,

청구인이 각자 대표로서 업무범위를 확인할 수 있는 업무협약서나 쟁점법인의 정관 등을 제시하지 못하고 있어 청구인이 쟁점거래에 관여하지 않았다고 볼만한 근거가 없으므로 법인등기부등본상 대표이사 2명에게 쟁점거래금액을 안분하여 소득처분하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.