조심-2025-서-1617 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위하는 청구외 A 유한책임회사(비상장법인으로, 이하 “이 건 법인”이라 한다)의 직원으로, 2018.5.23. 이 건 법인으로부터 발행주식 5,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원(이하 “행사가액”이라 한다)에 취득할 수 있는 주식매수선택권을 부여받은 후, 2021.5.23. 이를 행사하여 쟁점주식을 취득하였다.

나. 한편, 미국 나스닥 상장사인 B(이하 “B”이라 한다)의 국내 자회사인 C 주식회사(이하 “쟁점인수회사”라 한다)가 이 건 법인의 발행주식 14,758,500주(72,550주에 대한 주식매수선택권 미행사분 포함)를 인수하는 대가로 2021.6.17. 이 건 법인의 주주들에게 USD OOO을 지급하였고, 이에 따라 청구인은 이 건 법인의 발행주식 20,000주(쟁점주식 포함)에 대한 대가로 OOO원(1주당 OOO원으로, 이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)을 수령하였다.

다. 청구인은 주식매수선택권의 행사로 취득한 쟁점주식의 시가를 쟁점매매사례가액(1주당 OOO원)으로 보아 행사가액(주당 OOO원)과의 차이 OOO원을 주식매수선택권 행사이익으로 산정하여 2021년 귀속 근로소득에 포함한 후, 「조세특례제한법」 제16조의3 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례를 적용하여 2022.5.19. 2021년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

라. 청구인은 2024.9.30. 주식매수선택권 행사이익의 산정시 적용한 쟁점매매사례가액은 이 건 법인의 경영권 프리미엄이 포함된 거래가액으로 쟁점주식의 시가에 해당하지 아니하고, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따른 평가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보아 주식매수선택권 행사이익을 산정하여야 한다는 사유 등으로 2021∼2023년 귀속 종합소득세 등 합계 OOO원(아래 <표1> 기재)을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.12.17. 이를 거부하였다.

<표1> 경정청구세액

ㅇㅇㅇ

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식의 주식매수선택권 행사이익 산정시 적용한 쟁점매매사례가액은 경영권 프리미엄이 포함된 가액이어서 시가에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

6. 사업자나 법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 그 사업자나 법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 포함한다)의 사업장에 종사하는 임원등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공하거나 구입할 수 있도록 지원함으로써 해당 임원등이 얻는 이익

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 "총급여액"이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다.

③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

(3) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

(4) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(제63조 제2항에 해당하는 주식등은 제외한다)의 경우 : 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

2. 「가상자산 이용자 보호 등에 관한 법률」 제2조 제1호 에 따른 가상자산의 경우 : 제65조 제2항에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(5) 상속세 및 증여세법 시행령

제2조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제10호에서 "본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제1호 부터 제5호까지의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "친족"이라 한다) 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 본인이 개인인 경우 : 본인이 직접 또는 본인과 제1호에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업[해당 기업의 임원( 「법인세법 시행령」 제40조 제1항 에 따른 임원을 말한다. 이하 같다)과 퇴직 후 3년(해당 기업이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 에 따른 공시대상기업집단에 소속된 경우는 5년)이 지나지 않은 사람(이하 "퇴직임원"이라 한다)을 포함한다]

나. 본인이 법인인 경우 : 본인이 속한 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원과 퇴직임원을 포함한다)과 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 자 및 그와 제1호에 해당하는 관계에 있는 자

4. 본인, 제1호부터 제3호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제3호까지의 자가 공동으로 재산을 출연하여 설립하거나 이사의 과반수를 차지하는 비영리법인

5. 제3호에 해당하는 기업의 임원 또는 퇴직임원이 이사장인 비영리법인

6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

7. 본인, 제1호부터 제6호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제6호까지의 자가 공동으로 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

8. 본인, 제1호부터 제7호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제7호까지의 자가 공동으로 재산을 출연하여 설립하거나 이사의 과반수를 차지하는 비영리법인

② 제1항 제2호에서 "사용인"이란 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말한다.

③ 제1항 제2호 및 제39조 제1항 제5호에서 "출자에 의하여 지배하고 있는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 제1항 제6호에 해당하는 법인

2. 제1항 제7호에 해당하는 법인

3. 제1항 제1호부터 제7호까지에 해당하는 자가 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 이 건 법인과 B 간 체결한 주식매매계약서(SHARE PURCHASE AGREEMENT)를 살펴보면, ARTICLE 2.3에서 쟁점인수회사는 이 건 법인의 100% 지분의 거래가격을 USD OOO로 정한 것으로 나타나고, ARTICLE 2.7(c)에서는 지분율 0.5% 이하인 매도자들(소액주주)은 양도대가를 100% 현금으로 수취할 수 있도록 하였으며, ARTICLE 3.3에서는 최종 조정 현금의 구성요소가 마감조정된 현금의 구성요소보다 크다면 그 차이금액을 각 지분비율별로 양도인에게 지급하기로 하였다.

ㅇㅇㅇ

(나) 쟁점인수회사는 이 건 법인의 발행주식 전부를 인수하는 대가로 USD OOO와 정산액 USD OOO을 지급하였고, 청구인은 총매매대금(USD OOO)을 이 건 법인의 총 발행주식 수 14,758,500주에 가득요건이 충족되었으나 행사되지 않은 주식매수선택권 72,550주를 가산한 주식 수로 나누어 1주당 양도가액을 산정하였으며, 거래종결일(2021.6.17.) 현재 매매기준율(1,117.70)로 환산하여 쟁점매매사례가액을 산정하였다.

<표2> 쟁점매매사례가액 산정 내역

ㅇㅇㅇ

(다) 청구인은 2021.8.25. 쟁점주식을 포함하여 이 건 법인의 주식 20,000주의 양도가액을 OOO원(주당 OOO원, 쟁점매매사례가액)으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 이 건 법인의 2021사업연도 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구인은 2021.6.17. 이 건 법인의 주식 20,000주(쟁점주식 포함)를 쟁점인수회사에 양도하였고, 쟁점인수회사는 이 건 법인의 발행주식 100%를 취득한 것으로 나타난다.

<표3> 이 건 법인의 2021사업연도 주식등변동상황명세서 중 일부

ㅇㅇㅇ

(마) 이 건 법인의 2021사업연도 법인세 신고서를 살펴보면, 이 건 법인은 아래 <표4>와 같이 청구인을 포함한 16인의 임직원이 2행사한 90,950주의 시가를 OOO원으로 평가한 후, 이에 대한 주식매수선택권의 행사이익을 약 OOO원으로 산정하고 이를 주식보상비용(행사차익)으로 손금산입한 것으로 나타난다.

<표4> 이 건 법인의 법인세 신고시 주식보상비용(행사차익) 산정내역

ㅇㅇㅇ

(바) 처분청이 제출한 주식매매계약서를 살펴보면, 쟁점주식의 주식매수선택권 행사일로부터 3일 전인 2021.5.20. 외국인 주주는 이 건 법인의 발행주식 150주를 1주당 OOO원에 양도(아래 <표5> 기재)한 것으로 나타난다.

<표5> 처분청 제시 매매사례

ㅇㅇㅇ

(사) 이 건 법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 이 건 법인의 대표이사 C은 2023.10.1. 사임하였고, 그 외 이사들은 2021.6.17. 전원 사임하였으며, B의 외국인 이사 2인이 신규 선임되었다.

(아) 처분청은 쟁점법인의 대표이사 C의 경영권이 보장되었다는 의견으로, 2021.2.10.자 한국경제신문기사를 제출하였다.

<처분청이 제출한 언론 기사>

ㅇㅇㅇ

(자) 상증세법상 평가방법에 따라 이 건 법인의 발행주식의 평가액을 1주당 OOO원으로 산정한 근거는 제출되지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매매사례가액은 경영권과 함께 양도되는 경우의 가액이므로 경영권이 없는 주식만을 양도하는 경우의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제89조 제1항 은 ‘시가’에 대하여, ‘당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 규정하고 있는바,

쟁점매매사례가액은 평가기간 내 매매사례가액으로, 이 건 법인의 주주들이 제3자인 쟁점인수회사와 이 건 법인의 발행주식을 거래한 가격에 해당하고, 해당 거래에는 이 건 법인의 최대주주 뿐만 아니라 소액주주들의 양도거래도 포함되어 있으며, 청구인의 주장과 같이 쟁점매매사례가액에 경영권이 포함되었다면 최대주주가 양도한 이 건 법인의 주식 1주당 가격과 소액주주들이 양도한 1주당 가격의 차이가 커야 할 것으로 보이나, 모두 쟁점매매사례가액과 비슷한 가격에 양도된 점(조심 2025서1123, 2026.3.31., 같은 뜻임),

이 건 법인과 B 간 체결한 주식매매계약서 등에서 경영권 프리미엄에 대한 별도의 평가내역 등이 확인되지 않고, 청구인도 쟁점매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있다는 사실을 입증할 만한 객관적·구체적인 자료를 제출하지 못한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.