조심-2026-서-0026 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.3.16. 설립되어 서울특별시 서초구 OOO에서 전자부품 제조업을 영위하는 법인으로, 가상현실 시뮬레이터 기기를 연구․개발하여 대학교 및 기업체에 공급하거나 방위산업체에 관련 기자재를 납품하고 있다.

나. 서울금천경찰서장은 2023.12.28. OOO 납품사건과 관련된 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 사건을 수사하는 과정에서 청구법인의 대표이사 C, 경영기획실장 A, 기장 세무사 B(이하 “C 등 2인”이라 한다)의 가공세금계산서 발행 및 수취 등 「조세범처벌법」 위반 혐의를 확인하여 처분청에 「조세범처벌절차법」 제4조 에 따른 고발을 의뢰하였다.

다. 처분청은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 청구법인의 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지 부가가치세 세목별 조사(조세범칙조사 전환, 이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여 청구법인이 주식회사 D 외 7개 업체로부터 재화의 공급 없이 발행 및 수취한 가공세금계산서와 관련된 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지한 후 해당 가공세금계산서 중 2020사업연도 중 수취한 사실과 다른 세금계산서 7매(공급가액 합계 OOO원)와 00세무서장이 청구법인의 거래처인 주식회사 E에 대하여 세무조사를 실시한 결과 주식회사 E가 청구법인에게 발급한 세금계산서 2매(공급가액 합계 OOO원)를 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 통보한 과세자료에 따라 아래 <표1> 기재의 세금계산서와 관련된 손금(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 불산입하여 2025.8.18. 및 2025.8.20. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고, 쟁점금액을 대표자인 C에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 이 건 부과처분 관련 가공 세금계산서

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.6. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

위법한 압수·수색에 근거한 세무조사가 위법하므로 그에 따른 이 건 처분도 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 서울금천경찰서장은 C 등 2인을 사기 사건의 피의자로 인지하여 아래 <표2>와 같이 압수수색영장을 발부받아 쟁점압수수색을 실시하였고, 2023.12.28. OOO OOO 시뮬레이터 납품사건과 관련된 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 사건을 수사하는 과정에서 C 등 2인의 가공세금계산서 발행 및 수취 행위 등 「조세범처벌법」 위반 혐의를 확인하여 처분청에 「조세범처벌절차법」 제4조 에 따른 고발을 의뢰를 한 것으로 확인된다.

<표2> 쟁점압수수색 영장

○○○

(나) C은 서울금천경찰서장의 쟁점압수수색절차 진행에 대하여 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 준항고장을 제출하였고, 이에 대하여 서울중앙지방법원은 2025.2.19. 쟁점압수수색이 위법하므로 이를 취소한다는 취지의 인용결정(서울중앙지방법원 OOO, 2024.2.19.)을 하였으며, 서울금천경찰서장은 서울중앙지방법원의 결정에 대하여 재항고를 제기하여 현재 대법원 계류 중(대법원 OOO인 것으로 확인된다.

<표3> 서울중앙지방법원 결정문

○○○

(다) 청구법인은 2023.6.22. 제기한 준항고 사건의 결정이 있을 때까지 쟁점세무조사를 중지해 달라하는 취지로 2024.5.29. 집행정지 신청을 하였으나, 법원은 청구법인에게 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있다거나 예방차원에서 처분의 효력을 정지하여야 할 이유가 없다는 사유로 기각결정(2024아11827)을 한 것으로 확인된다.

(라) 처분청은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 쟁점세무조사를 실시한 결과 청구법인이 ㈜D 외 7개 업체로부터 재화의 공급 없이 아래 <표5>와 같이 공급가액 합계

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 위법한 세무조사인 쟁점세무조사에 기인한 이 건 처분 또한 위법하다고 주장하나, 서울금천경찰서장이 2023.12.28. C 등 2인에 대하여 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」 위반(횡령) 혐의 등 사건을 수사하는 과정에서 청구법인의 가공세금계산서 발행 및 수취 등 「조세범 처벌법」 위반 혐의를 확인한 후 처분청에 「조세범처벌절차법」 제4조 에 따른 고발을 의뢰한 것에 불과하고, 서울금천경찰서장의 수사건과 별개로 처분청 및 강남세무서장이 실시한 세무조사에 따라 이 건 처분의 근거자료를 확보하였는바, 이 건 처분이 서울금천경찰서장의 위법하게 수집한 증거만을 기초로 한 것으로 보기 어려우며, 설령 서울금천경찰서장이 수집한 증거가 위법하다 하더라도 그것만으로 이 건 처분이 위법하게 되는 것은 아닌 점(조심 OOO, 2025.11.24., 같은 뜻임), 서울중앙지방법원이 2023.6.22. 쟁점압수수색에 대한 준항고 사건(서울중앙지방법원 OOO, 2025.2.19.)에 대하여 인용결정하였으나, 서울금천경찰서장은 이에 재항고하여 대법원에 계류중(대법원 OOO)이므로, 준항고 사건의 인용결정만으로 서울금천경찰서장의 쟁점압수수색이 위법한 것으로 확정되었다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장을 받아들이기는 어려우므로, 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하고, 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.

⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자

2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자

(2) 조세범 처벌법

제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서(전자계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

3. 「부가가치세법」에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매출처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위

2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 계산서를 발급받은 행위

3. 「부가가치세법」에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매입처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위

3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

제17조(고발) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.

1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우

2. 제15조 제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우

3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우

4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우

② 지방국세청장 또는 세무서장은 제15조 제1항에 따라 통고처분을 받은 자가 통고서를 송달받은 날부터 15일 이내에 통고대로 이행하지 아니한 경우에는 고발하여야 한다. 다만, 15일이 지났더라도 고발되기 전에 통고대로 이행하였을 때에는 그러하지 아니하다.