조심-2025-서-2609 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립된 후, 2014.7.2. A로부터 OOO 제조사업 부문을 인수하여 OOO 등 OOO 부품을 제조·판매하는 사업을 영위하고 있고, 청구법인의 대표자 B는 2012.6.25.부터 청구법인의 대표이사로 재직하면서 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.1.7. 청구법인에 대한 2021∼2023사업연도 법인통합조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)에 착수하였고, 2025.2.11. 대표자 급여 과다지급 혐의에 한정하여 조사범위를 2019∼2020사업연도까지 확대하였으며, 2019∼2023사업연도에 대한 대표자 급여 과다지급 혐의 중에서, 2019사업연도에 관한 법인세 부과제척기간의 만료일(2025.3.31.)이 임박함에 따라 2019사업연도에 대표이사 B에게 업무기여에 대한 보수로 인정되는 부분을 초과하여 지급한 OOO원(이하 “쟁점보수”라 한다)에 대해 「법인세법 시행령」 제43조 제1항 을 적용하여 손금불산입 처분하는 것으로 판단해 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 처분청은 2025.3.11. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.9. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 세무조사 수시선정 사유가 없음에도 청구법인을 조사대상으로 선정하여 이루어진 세무조사인지 여부

② 세무조사 사전통지를 생략한 채 실시한 세무조사에 해당하는지 여부

③ 조사범위 확대 사유가 없음에도 2019사업연도로 조사대상 기간을 확대했는지 여부

④ 청구법인의 과세전적부심사 청구 기회가 실질적으로 박탈되었는지 여부

⑤ 쟁점보수를 이익처분에 의하여 지급한 상여금으로 볼 수 있는지 및 실제 타 업체들의 대표이사 보수와 비교할 때 쟁점보수가 과다한 것인지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 조사청은 2019.8.29.부터 2019.11.16.까지 청구법인에 대한 2015〜2018사업연도 및 2014년 급여 부분에 대한 기존세무조사를 실시하였고, 그 결과 대표이사 B에게 지급된 급여를 이익처분에 의한 상여금으로 보아 2014〜2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(기존부과처분)하였다.

(나) 청구법인은 기존부과처분에 대하여 불복을 제기하였고, 이에 대해 우리 원의 기각 결정이 있었으며, 법원에서도 모두 기각 판결이 선고되었고, 1심은 2023.11.23., 항소심은 2024.11.28., 상고심 2025.4.3. 각 선고(심리불속행 기각)되었다.

(다) 이 건 세무조사에 대한 조사대상선정검토표의 내용은 아래 <표1>과 같고, 그 내용을 살펴보면 청구법인의 정관, 임원보수규정, 주주총회 서면결의서, 청구법인의 손익계산서, 대표자 급여 내역, 다른 임원의 보수, 유사·동종업체의 대표이사 보수와 비교, 해외현지법인 재무상황 및 부동산등기사항 전부증명서 등을 분석하여 청구법인은 조사대상자로 선정한 것으로 확인된다.

<표1> 조사대상 선정 검토표

○○○

(라) 이 건 세무조사에 착수해 조사청이 예치하여 일시보관한 서류의 목록은 아래 <표2>와 같고, 그 내용을 살펴보면 주주총회 및 이사회 의사록, 2023 관리직 연봉 근로계약서, 취업·인사·사내규정집이 있다.

<표2> 일시보관 서류 목록

○○○

(마) 청구법인의 임원보수규정의 내용은 아래 <표3>과 같고, 2022년 이사회 의사록의 내용은 아래 <표4>와 같으며, 처분청이 제출한 자료에 따르면 이사회 의사록과 대표이사 실제 급여 지급액의 차이는 아래 <표5>와 같다.

<표3> 임원보수규정

○○○

<표4> 2022년 이사회 의사록

○○○

< 표5> 이사회 의사록과 실제 지급 급여액의 차이

○○○

(바) 이 건 세무조사의 조사범위를 확대하기 위하여 처분청이 작성한 조사범위 확대 신청서의 내용은 아래 <표6>과 같고, 그 내용을 살펴보면 이 건 세무조사에 의해 2021∼2023사업연도에 대해서도 기존세무조사와 같이 대표이사 B에 대한 급여 지급 문제가 있음을 확인하고 사실관계가 유사한 2019∼2020사업연도에 대해서도 인건비 관련하여 조사대상 범위를 확대하는 것으로 기재되어 있다.

<표6> 조사범위 확대 신청서

(사) 처분청은 조사청의 세무조사 담당공무원들이 2024.12.4. 청구법인에 대한 세무조사에 착수하기 위하여 출장신청을 하고 청구법인의 사업장 근처에서 조사 착수를 위해 대기 중이었으나, 2024.12.3. 선포되었던 비상계엄의 영향으로 조사착수가 중지되어 착수 직전에 조사를 연기하게 되었다고 주장하며 출장신청 내용(아래 <표7>)과 조사원증을 제출하였다. 제출한 조사원증에는 조사대상을 청구법인으로 하고, 조사기간을 2024.12.4.부터 2025.2.15.까지로 하는 내용이 기재되어 있다.

<표7> 처분청 출장 신청서

○○○

(아) 청구법인은 기존세무조사와는 달리 2019사업연도 임금에 대하여는 연봉계약서가 작성되었다고 주장하며 연봉계약서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 수시선정 사유가 존재하지 않음에도 청구법인을 세무조사 대상으로 선정하여 진행된 이 건 세무조사는 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따르면 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 세무조사 수시선정 사유에 해당하고, 수시세무조사 대상 선정의 적정성은 조사대상선정검토표 등을 종합하여 이를 판단함이 타당한바(대전고등법원 2016.8.11. 선고 2015누13909, 같은 뜻임),

이 건 세무조사에 대한 조사대상선정검토표에는 청구법인의 정관, 임원보수규정, 주주총회 서면결의서, 청구법인의 손익계산서, 대표자 급여 내역, 다른 임원의 보수, 유사·동종업체의 대표이사 보수와 비교, 해외현지법인 재무상황 및 부동산등기사항 전부증명서 등을 분석하여 청구법인을 조사대상자로 선정한 것으로 확인되는 점에 따라 이 건 세무조사 시 청구법인을 세무조사 대상으로 선정한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사 시 사전통지를 하지 않은 위법인 존재한다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의7 제1항의 규정에 의하면 세무조사에 대한 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다고 규정되어 있고, 세무조사를 실시하기에 앞서 사전통지를 할 경우 직원들이 진술을 담합하거나 관련 증빙자료를 인멸할 개연성이 있다면, 사전통지로 인해 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다고 볼 수 있는바(조심 2025중1804, 2025.12.23., 같은 뜻임),

기존세무조사에 대한 소송에서 보수급여 산정 근거가 존재하는지 여부를 근거로 대표이사 급여의 성격을 판단한 점, 이 건 세무조사를 통해 주주총회 및 이사회 의사록, 2023 관리직 연봉 근로계약서, 취업·인사·사내규정집을 예치하였는데, 세무조사 사전통지가 있었다면 보수 산정 기준이 미비된 기존 이사회 의사록이 인멸되거나, 가공의 급여산정 근거가 제작됐을 가능성이 있는 점 등에 비추어 처분청이 사전통지를 생략하고 이 건 세무조사를 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사를 2019∼2020사업연도로 확대한 것은 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 동법 시행령 제63조의10 제2호에 따르면 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우에는 세무조사의 범위를 확대할 수 있는 것이고, 세무조사 진행 중 다른 과세기간에도 동일한 세금탈루 혐의가 있을 것이라고 추정할 수 있는 경우에 조사대상 과세기간의 범위를 확대하는 것은 적법한 것이므로(조심 2019인4106, 2020.12.22., 같은 뜻임),

이 건 세무조사를 통해 2021∼2023사업연도에 대한 대표이사 임금문제가 기존세무조사와 동일하게 발생할 것이 밝혀졌고, 2019∼2020사업연도도 기존세무조사 및 이 건 세무조사대상 과세기간의 사실관계와 차이가 없어 동일하거나 유사한 세금탈후 혐의가 있는 것으로 의심되므로 세무조사 범위를 확대할 수 있는 것으로 보이는 점, 「국세기본법」 제81조의4 제1항 의 규정에 따르면 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 한다고 규정하고 있고, 조사대상 과세기간을 선정하는 기준 및 방법은 국세기본법령에 규정되어 있지 않으므로 조사청이 이 건 세무조사의 조사대상 과세기간을 2019∼2020사업연도가 아닌 2021∼2023사업연도로 한 것에 대하여는 법령 위반이 있다고 볼 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 세무조사 시 조사청이 2021∼2023사업연도를 조사범위로 선정하였다가 2019∼2020사업연도로 조사범위를 확대한 것에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 세무조사 시 2019사업연도 법인세는 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우이므로 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유가 적용된다는 의견이나, 「국세기본법」제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없으며(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결, 같은 뜻임), 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 하는 것인데(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결, 같은 뜻임),

기존세무조사를 통해 대표자 급여 쟁점에 대해서 과세 처분이 이미 이루어졌고, 이에 대한 불복 절차에서 청구법인의 청구를 기각하는 1심 판결이 2023.11.23. 선고되었으므로 처분청이 2심 판결의 결과를 기다리지 않고도 부과제척기간이 임박하기 전에 세무조사를 실시하여 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하고 이 건 처분이 가능했을 것으로 보이는 점, 청구법인은 2024.12.4. 세무조사에 착수할 계획이었으나 부득이한 사유로 인하여 2025년 1월이 되어서야 이 건 세무조사에 착수하였다는 의견이나, 처분청은 2025.1.7. 이 건 세무조사에 착수하여 2025.2.7.에서야 그 기간을 2019사업연도까지 확대하였고, 그로부터 다시 1달이 지난 시점인 2025.3.11.에서야 이 건 과세가 이루어졌는바, 2024.12.4. 세무조사에 착수하였다고 하더라도 이 건 처분을 하면서 청구법인에게 과세전적부심사 기회를 부여할 수 있을 것이라 보기 어려운 점, 조사청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 처분청에 의해 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 과세전적부심사기회를 부여하지 않은 이 건 처분은 위법한 것으로 판단된다.

(마) 쟁점 ④가 인용됨에 따라 쟁점⑤는 별도로 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

(3) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

(4) 법인세법 시행령

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비

제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원 총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정