조심-2026-부-0943 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 수출입업, 창고보관업 등을 영위하고 있고, 아래와 같은 자기주식 거래, 양도자인 주주의 납부세액 대납에 따른 대여금의 계상, 이에 관한 과세처분 및 불복(심판청구 및 행정소송) 등을 하였다.

(1) 청구법인은 2007.4.27. 주주인 A‧B‧C‧D(이하 “쟁점주주들”라 한다)으로부터 쟁점주주들이 보유한 청구법인의 발행주식 합계 OOO주를 양수하였고, 쟁점주주들은 청구법인으로부터 받은 대가에 대하여 양도소득세 신고를 하였다.

(2) OO세무서장은 2012.5.8. 위 (1) 기재의 주식거래 대금을 배당소득으로 보아 쟁점주주들이 납부한 양도소득세를 환급하고 청구법인에게 원천징수분 배당소득세를 부과하였는데, 청구법인은 청구인들로부터 그 상당액을 원천징수하지 않고 납부한 후 청구인들에 대한 대여금(이하 “쟁점대여금”이라 한다)으로 회계처리하였다.

(3) 청구법인은 2014.7.31. 위 (1) 기재의 주식거래 대금 반환에 관하여 쟁점주주들을 상대로 제기한 소송과 관련하여 쟁점주주들에게 더 이상의 청구를 하지 않는다는 내용의 확약서(이하 “쟁점확약서”라 한다)를 작성하여 쟁점주주들에게 교부하였다.

(4) 청구법인은 2016.9.13. 쟁점주주들을 상대로 쟁점대여금의 반환을 구하는 ‘대여금의 소’를 제기하였으나, 법원은 쟁점확약서를 근거로 청구법인의 소를 각하하는 판결(이하 “쟁점외판결”이라 한다)을 하였고, 청구법인은 2018사업업도 중 쟁점외판결을 근거로 쟁점대여금을 대손금으로 계상(대손처리)하였다.

(5) 처분청은 2022.6.13.∼2022.7.2. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2018사업연도 중 쟁점대여금을 대손처리한 것을 ‘특수관계인에 대한 업무무관 가지급금’으로 보아 손금불산입하고, 청구법인에게 관련한 법인세 등을 경정‧고지하면서, 2022.10.12. 2019년 귀속 쟁점대여금 상당액 및 2018년 귀속 관련한 인정이자 상당액을 쟁점주주들에 대한 기타소득으로 각 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지(이하 “쟁점소득금액변동통지”라 한다)를 하였으며, 청구법인이 이에 대한 법인세(원천징수분)를 납부하지 않자 2024.3.4. 및 2024.4.17. <별지1> 기재와 같이 청구법인에게 2017‧2018사업연도 원천징수분 법인세(2018‧2019년 귀속 기타소득세) OOO원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)을 결정‧고지하였다.

(6) 청구법인은 위 (5) 기재의 법인세 부과처분 및 쟁점소득금액변동통지에 불복하여 2023.5.8. 심판청구(조심 OOO이고, 이하 이하 해당 사건의 결정을 “쟁점선행결정1”이라 한다)를 제기하였고, 우리 원은 2024.1.31. 청구법인이 2018사업연도 중 쟁점대여금을 회계상 대손처리한 것이 쟁점주주들의 기타소득에 해당하고, 「소득세법 시행령」 제192조 에 따르면 「법인세법」에 따라 세무서장 등이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분되는 기타소득 등은 법인소득금액을 경정하는 세무서장 등이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지하여야 한다고 규정하고 있는 점 등을 이유로 청구주장을 기각하는 결정을 하였으며, 청구법인은 이에 관련한 행정소송(부산지방법원 2025.4.10. 선고 OOO 판결의 소송이고, 이하 해당 판결을 “쟁점판결”라 한다)을 제기하였고, 법원은 제소기간 경과 등을 이유로 쟁점소득금액변동통지에 관한 청구법인의 소 부분을 각하하였다.

(7) 한편 쟁점주주들의 관할 세무서장들은 쟁점소득금액변동통지에 따라 쟁점대여금 및 관련한 인정이자 상당액을 기타소득인 ‘채무면제이익’으로 하여 2024.3.7.∼2025.3.14. 쟁점주주들에게 <별지2> 기재와 같이 2018‧2019년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정‧고지하였고, 쟁점주주들은 이에 불복하여 2024.8.1.∼2025.3.5. 이에 대한 심판청구(각 사건번호는 <별지2> 기재와 같고, 이하 각 사건의 결정을 “쟁점선행결정2”라 한다)를 각 제기하였으며, 우리 원은 2025.8.28.∼2025.10.16. 채무면제의 요건은 「민법」 제506조 에서 채권자가 채무자에게 채무를 면제하는 의사를 표시한 때에 채권이 소멸한다고 규정하고 있는바, 쟁점주주들이 청구법인에 대하여 부담하는 쟁점대여금을 면제받은 시점은 청구법인과 쟁점주주들 간에 쟁점확약서를 작성한 2014.7.31.이라고 보는 것이 타당한 점 등을 이유로 위 종합소득세 부과처분의 귀속연도가 잘못되었다는 쟁점주주들의 청구주장을 인용하였다.

나. 청구법인은 2025.10.10. 및 2025.12.24. 쟁점선행결정2를 근거로 쟁점대여금을 면제한 시점을 2014년으로 보아야 하고 이 경우 쟁점소득금액변동통지에 기한 청구법인의 원천징수의무가 「국세기본법」 제26조의2 에 따른 국세부과제척기간의 경과로 소멸되었다는 이유로 쟁점원천징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 청구법인은 처분청으로부터 이 건 경정청구에 대한 통지를 받지 못하자 「국세기본법」 제45조의2 제3항 단서에 따라 이 건 경정청구일로부터 2개월이 경과한 2025.12.31. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 부적법한 청구인지 여부

② 원천납세의무자의 채무면제이익 귀속시기에 관한 선행심판결정2에 따라 원천납세의무자에 대한 종합소득세의 부과 취소 후 국세부과제척기간 경과로 원천납세의무가 소멸되었으므로, 그 지급자인 청구법인의 원천징수의무도 소멸한 것으로 보아 기납부한 원천징수분 법인세를 환급해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지3> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2007.4.27. 쟁점주주들로부터 자기주식을 양수하였고, 수영세무서장은 쟁점주식의 양도를 주식의 소각이나 자본감소로 인한 의제배당에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 2007사업연도 원천징수분 법인세(배당소득)를 부과하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구 및 행정소송을 제기하였으나 최종 기각되었고, 청구법인은 위 원천징수세액을 쟁점주주들로부터 원천징수하지 않고 납부한 후, 이를 쟁점주주들에 대한 단기대여금(쟁점대여금)으로 회계처리하였다.

(나) 청구법인은 2014.7.31. 아래 <표1> 기재와 같은 쟁점확약서를 작성하여 쟁점주주들에게 교부하였다.

<표1> 쟁점확약서의 주요 내용

○○○

(다) 청구법인은 2016.9.13. 쟁점주주들을 상대로 대여금의 소를 제기하였으나, 아래 <표2>‧<표3> 기재와 같은 쟁점외판결로 각하되었다.

<표2> 대전지방법원 2017.11.29. 선고 OOO 판결

○○○

<표3> 대전고등법원 2018.4.26. 선고 OOO 판결(확정)

○○○

(라) 청구법인은 쟁점외판결을 근거로 아래 <표4>과 같이 쟁점대여금을 대손금으로 계상하였다.

<표4> 청구법인의 2018사업연도 대손금 조정 내역

○○○

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법 ｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 쟁점소득금액변동통지 및 관련한 원천세 부과 내역

○○○

<별지2> 쟁점주주들에 대한 종합소득세 부과처분 내역

○○○

<별지3> 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제26조(납부의무의 소멸) 국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다.

1. 납부ㆍ충당되거나 부과가 취소된 때

2. 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때

3. 제27조에 따라 국세징수권의 소멸시효가 완성된 때

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

⑤ 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자” 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조 , 제164조의2 및 「법인세법」 제120조 , 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자( 「소득세법」 제1조의2 제1항 제2호 에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조 제3호 에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)”로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다.

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 생략)

⑤ 이 장의 규정에 따른 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분에 대해서는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 없다. (단서 생략)

제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 「행정심판법」의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 「행정심판법」 제15조 , 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다.

(2) 행정심판법

제51조(행정심판 재청구의 금지) 심판청구에 대한 재결이 있으면 그 재결 및 같은 처분 또는 부작위에 대하여 다시 행정심판을 청구할 수 없다.

(3) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 일부개정되기 전의 것)

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(괄호 생략)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

(4) 국세기본법 시행령

제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세( 「종합부동산세법」 제16조제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. (후단 생략)

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날

※ 국세기본법 기본통칙

26의2-0…2(국세부과의 제척기간과 원천징수의무) 「법인세법」에 의하여 처분되는 상여는 「소득세법」 제135조 제4항 및 동법 시행령 제192조 제1항에 따라 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 법인의 원천징수의무가 성립하나 그 소득금액의 귀속사업연도 소득에 대한 국세부과의 제척기간이 만료되면 원천징수의무도 소멸한다.

(5) 소득세법

제131조(이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례) ② 「법인세법」 제67조 에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 : 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우 : 그 신고일 또는 수정신고일

제145조의2(기타소득 원천징수시기에 대한 특례) 「법인세법」 제67조 에 따라 처분되는 기타소득에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조 제2항을 준용한다.

(6) 소득세법 시행령(2025.12.30. 대통령령 제35947호로 일부개정되기 전의 것)

제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지) ① 「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분( 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제49조 에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다. 다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야 한다.