조심2025부3133 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.7.18. 「도시 및 주거 환경 정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조 제2항에 따라 설립된 주택재개발정비사업조합으로 부산광역시 부산진구 OOO 일원(50,851.2㎡)를 재개발하는 OOO구역주택재개발정비사업(이하 “쟁점정비사업”이라 한다)을 추진하여 2021.3.30. 아파트 1,113세대(조합원분 340세대, 일반분양분 710세대 및 임대 60세대, 수익사업 분양면적 비율 69.6%)를 준공하고 준공인가를 받았고, 정비사업과 관련하여 중부산세무서장(2017사업연도, 2019년 조사, 이하 “1차 조사”라 한다)과 부산지방국세청장(2019～2020사업연도, 2024년 조사, 이하 “2차 조사”라 한다)이 2차례에 걸친 일반통합조사 결과, 청구법인이 부담한 조합원들의 이주비 관련 대출이자 중 2016․2018년 귀속분 전체에 대하여 조합원에게 귀속된 것으로 보아 배당소득으로 수정신고하였고, 2019～2020년 귀속분도 조합원에게 귀속된 것으로 보아 배당소득으로 신고하였으나, 처분청은 2차 조사결과에 따라 2019년～2020년 귀속 원천(배당소득)세 신고분 중 비수익사업비율 상당금액에 대하여 배당소득에서 제외하여 아래 <표1>과 같이 2019년～2020년 귀속 원천(배당소득)세를 경정감하였다.

<표1> 청구법인의 수정신고 내역 및 경정내역

(단위 : 천원)

○○○

나. 청구법인은 정비사업과 관련하여 청구법인이 2016년 및 2018～2020년 기간 중에 부담한 조합원들의 이주비 관련 대출이자 OOO원(이하 “쟁점이자대납액”이라 한다)는 조합원의 배당소득에 해당하지 않는다고 보아 2016년 및 2018～2020년 귀속 원천(배당소득)세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구법인이 부담한 쟁점이자대납액은조합원의 이익을 위하여 지출한 비용으로 조합원의 배당소득에 해당한다고 보아 2025.7.1. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.14. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점이자대납액이 조합원의 배당소득에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 또는 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 정비사업 추진내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 정비사업 추진내용

○○○

(나) 청구법인의 조합원분양분 및 일반분양분 비율 산정내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인의 조합원 분양분 및 일반분양분 비율 산정내역

(단위 : ㎡, %)

○○○

(다) 청구법인은 쟁점이자대납액에 대하여 아래 <표5>와 같이 회계처리하였고, 청구법인은 수익사업과 비수익사업에 대해 구분경리하지 않고, 손익 인식을 진행기준으로 하였으며, 공정율로 수익인식을 하되, 관련 손금은 분양가 비율로 인식한 것으로 확인된다.

<표5> 청구법인의 회계처리 등

(단위 : 원)

○○○

(라) 청구법인의 쟁점이자대납금에 대한 2016～2020사업연도 법인세와 2016～2020년 귀속 원천(배당소득)세 신고내역은 다음과 같다.

1) 청구법인의 2016～2020사업연도 법인세 신고내역과 세무상 잉여금은 아래 <표6>과 같고, 2016사업연도 한 해에만 결손이 발생하였으며, 이를 제외하고는 모두 소득이 발생한 것으로 나타난다

<표6> 청구법인의 법인세 신고내역

(단위 : 원)

○○○

* 2016～2018사업연도 법인세 신고 시 수익사업과 비수익사업에 대해 구분경리하지 않고, 수익은 공정률에 따라 인식하였으며, 관련 손금은 분양가 비율로 인식하여 관련 법인세 등을 신고․납부하였으며, 특히, 쟁점이자대납액을 부담하고 연도별 쟁점이자대납액 전체에 대하여 수익사업의 손금으로 계상함

** 2019사업연도 법인세 신고 시 2019년 귀속 쟁점이자대납액을 전액 손금불산입하였고, 2020사업연도 법인세 신고 시에는 2020년 귀속 쟁점이자대납액을 전액 손금산입함

2) 2016～2020년 원천(배당소득)세 신고내역은 <표7>과 같다.

<표7> 청구법인의 원천(배당소득)세 (수정)신고 내역

(단위 : 천원)

○○○

* 2016년 7월～2019년 1월 귀속 원천세 신고 시 배당소득 없이 신고하였으나, 1차 조사 결과에 따라 해당 귀속별 쟁점이자대납액 전액을 배당소득으로 수정신고하였고, 2019년 7월 귀속 이후 신고 시부터 수정신고와 동일하게 신고함

(마) 중부산세무서장은 2019.9.26.～10.28. 기간 동안 청구법인의 2017사업연도에 대하여 1차 조사를 실시하였고, 부산지방국세청장은 2024.4.4.～7.24.(조사중지 51일) 기간 동안 청구법인의 2019～2020사업연도에 대하여 2차 조사를 실시한 결과, 그 세부내역은 다음과 같다.

1) 중부산세무서장은 청구법인의 2017사업연도 쟁점이자대납액(OOO원)을 직접 손금불산입하지 않고, 작업진행률을 기준으로 수입금액을 재계산한 후 손금은 공사원가명세서 및 손익계산서에 계상된 이자비용 전체에 대해 공통손금으로 보아 수익사업(일반분양분)과 비수익사업(조합원 분양분) 사용면적 비율에 따라 안분 계산하여 비수익사업비율 해당 금액만 손금불산입하는 것으로 조사결과를 처분청에 통지하였고, 처분청은 조사결과에 따라 2017사업연도 법인세 OOO원 및 2017년 귀속 원천(배당소득)세 OOO원을 경정․고지하였으며, 청구법인은 2019.10.29. 2016․2018년 귀속 원천(배당소득)세 합계 OOO원에 대하여 위 <표7>과 같이 수정신고․납부하였다. 그 이후 청구법인은 2020.1.10. 2019년 1월 귀속 원천(배당소득)세 OOO원을 수정신고․납부하였다.

2) 부산지방국세청장은 청구법인이 연도별로 달리 회계처리함에 따라 2019사업연도에는 2019년 귀속 쟁점이자대납액 중 수익사업비율에 해당하는 금액 OOO원을 법인세 손금산입하고, 비수익사업비율에 해당하는 쟁점이자대납액에 대하여 원천(배당소득)세 OOO원을 환급결의한 것으로 확인되는 반면, 2020사업연도에는 2020년 귀속 쟁점이자대납액 중 비수익사업비율에 해당하는 금액 OOO원을 법인세 손금불산입 처리하고 비수익사업비율에 해당하는 쟁점이자대납액에 대한 원천(배당소득)세 OOO원은 환급결의한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 정비사업과 관련하여 청구법인이 2016년 및 2018～2020년 기간 중에 부담한 쟁점이자대납액 OOO원은 조합원의 배당소득에 해당하지 않는다고 판단하여 2016년 및 2018～2020년 귀속 원천(배당소득)세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인이 부담한 쟁점이자대납액조합원의 이익을 위하여 지출한 비용으로 조합원의 배당소득에 해당한다고 판단하여 2025.7.1. 이를 거부하였다.

<그림> 경정청구거부통지서(예시)

○○○

(사) 청구법인이 2020사업연도에 대한 법인세 신고 시 제출한 재무상태표상 미처분이익잉여금은 OOO원으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(2) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ① 2003년 6월 30일 이전에 「주택건설촉진법」(법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조제1항에 따라 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 「도시 및 주거환경정비법」제38조에 따라 법인으로 등기한 조합(이하 이 조에서 "전환정비사업조합"이라 한다)에 대해서는「법인세법」제3조에도 불구하고 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각「소득세법」제87조 제1항 및 같은 법 제43조 제3항에 따른 공동사업장 및 공동사업자로 보아「소득세법」을 적용한다. 다만, 전환정비사업조합이 「법인세법」 제60조 에 따라 해당 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우 해당 사업연도 이후부터는 그러하지 아니하다.

②「도시 및 주거환경정비법」제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는「법인세법」제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제107조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(4) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1.제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(중략)

3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득(이하 생략)

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3.「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(5) 법인세법 시행령

제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략)

제106조(소득처분) 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당(중략)

2.익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(6) 법인세법 시행규칙

제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조제1항제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1.수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2.수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3.수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

(7) 소득세법

제17조(배당소득) ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1.내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

2의2. 「법인세법」 제5조제2항 에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산(이하 "법인과세 신탁재산"이라 한다)으로부터 받는 배당금 또는 분배금

3. 의제배당(擬制配當)

4.「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

8.제43조에 따른 공동사업에서 발생한 소득금액 중 같은 조 제1항에 따른 출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액

9. 제1호, 제2호, 제2호의2 및 제3호부터 제7호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것

10.제1호, 제2호, 제2호의2 및 제3호부터 제9호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 소득을 발생시키는 거래 또는 행위와 파생상품이 대통령령으로 정하는 바에 따라 결합된 경우 해당 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익

제130조(이자소득 또는 배당소득에 대한 원천징수시기 및 방법) 원천징수의무자가 이자소득 또는 배당소득을 지급할 때에는 그 지급금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다.

(8) 소득세법 시행령

제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 무기명주식의 이익이나 배당

그 지급을 받은 날

2. 잉여금의 처분에 의한 배당

당해 법인의 잉여금 처분결의일

3의3.법 제17조 제1항 제9호 및