조심-2025-부-3531 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.12.12. 부산광역시 남구 OOO 일원(토지 면적 : 252,367.4㎡)에서 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도정법”이라 한다) 제2조에 따른 정비사업(재개발사업)을 영위하기 위하여 설립되었고, 2017.7.12. 사업시행인가 및 2019.4.3. 관리처분계획인가를 거쳐 4,250세대의 아파트를 신축하는 공사를 진행하고 있다.

나. 청구법인은 2020∼2023사업연도 기간 중 조합원이 부담하여야 할 이주비 대출금에 대한 이자비용 OOO원(이하 “쟁점이주비대출이자”라 한다) 및 보증수수료 OOO원(이하 “쟁점보증수수료”라 하고, 쟁점이주비대출이자와 합하여 “쟁점이주비대출이자등”이라 한다)을 대신 납입하고 각 사업연도에 대한 법인세 신고시 ‘기타’로 소득처분하였다.

다. 처분청은 2025.2.13.∼2025.3.13. 기간 중 청구법인의 2019∼2023사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, <별지1> 기재와 같이 쟁점이주비대출이자등 중 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항 에 따라 수익사업의 사용면적 비율(55.92%)로 안분한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 조합원에게 귀속되었다고 보고 쟁점금액을 청구법인 조합원의 2021년∼2024년 귀속분 배당으로 소득처분하여 2025.5.21. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점이주비대출이자와 쟁점보증수수료 중 수익사업 비율 상당액을 조합원의 배당으로 소득처분한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 아래와 같은 사실관계 등이 나타난다.

(가) 청구법인이 제출한 정비사업의 진행 경과표, 2019.4.1.자 관리처분계획인가 고시문 등에 의하면, 청구법인이 신축 중인 아파트는 총 연면적 717,770.06㎡ 중 조합원분양 면적은 315,354.77㎡로 점유비(면적)는 44.08%이고, 수익사업인 일반분양 면적은 402,415.29㎡로 점유비(면적)는 55.92%이고, 2017.7.12. ‘OOO 주택재개발정비사업’의 사업시행인가를 거쳐, 2019.4.3. 관리처분계획인가를 받은 후에 3차례(2019.5.3., 2021.11.3. 및 2023.2.8.)에 걸쳐 해당 관리처분계획인가가 변경되었으며 2025.6.18. 추가 변경계획이 제출되어 승인검토 중인 것으로 나타난다. 한편 청구법인은 쟁점이주비대출이자등을 ‘정비사업비추산액 및 그에 따른 조합원부담액’에 반영함에 따라 조합원 권리가액의 비례율(조합원의 분담금 산정시 적용된다)이 감소되어서 종국에는 쟁점이주비대출이자등을 지원받은 조합원이 청산금을 추가 납부하거나 환급받을 분배금에서 감액하여야 한다고 주장하면서 2024년 5월 작성된 변경계획안을 제출하였다.

(나) 2021.1.4.자 금융기관의 시행문을 보면 해당 금융기관은 같은 날 청구법인에게 OOO 조합원 이주비대출에 대한 이자예상액의 입금을 청구한 것으로 나타나고, 처분청은 해당 시행문과 청구법인의 조합원별‧일자별 이주비대출이자 납입 내역(엑셀자료) 등을 통하여 쟁점이주비대출이자등의 금액을 확인하였으며, 청구법인의 법인세 신고시 제출된 소득금액조정합계표를 보면 청구법인은 쟁점이주비대출이자등을 손금불산입하면서 기타사외유출로 소득처분한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 제출한 이주비대출협약서를 보면 청구법인이 관리처분계획일(2019.4.3.) 이후인 2019.7.15. 금융기관 2곳과 이주비대출협약을 각 체결하였고, 목적(조합원에게 은행이 가계성 집단주택금융을 대출하는데 필요한 사항을 정한다), 대출대상자(청구법인의 조합원 중 대출적격자), 대출한도(각 조합원 소유의 종전 자산평가액 중 60% 이내의 범위에서 조합원이 신청한 금액), 대출기한(2024.7.31.), 이자 납부방법(청구법인이 이주비이자를 매월 이자납입일에 금융기관에 납부하되 조합원은 연대책임을 진다) 등이 기재되어 있다.

(라) 처분청은 쟁점이주비대출이자등 중 관리처분계획인가 상의 총공급예상면적 중 일반분양 예상면적의 비율(55.92%)만큼인 쟁점금액을 청구법인의 조합원에게 귀속된 배당으로 소득처분하고 청구법인에게 이 건 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인과 처분청은 2025.11.25. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 당초 청구주장 및 이에 대한 답변과 같은 취지로 진술하였고, 청구법인은 추가로 청구법인이 조합원들이 납입할 쟁점이주비대출이자등을 대신 납부한 금액은 정비사업비추산액 및 조합원 권리가액 비례율에 반영하여 해당 비례율이 당초 153.5%에서 138%로 감소하게 되었는데(2025.6.18. 관리처분계획변경안 제출시 감소된 비례율이 반영되었다는 취지로 보인다), 이를 통해 청산시 조합원이 추가 부담하는 청산금(1인당 환급받을 분배액이 OOO원만큼 감액된다)과 이와 다르게 청산시 조합원이 쟁점이주비대출이자등을 직접 납부하는 방법의 납부액(1인당 OOO원으로 추정된다) 간에 1.5%p 정도밖에 차이가 나지 않음을 감안하면 처분청이 청구법인의 쟁점이주비대출이자등 대납시점에 조합원에 대한 배당의 소득처분을 하지 않고 청산시 조합원별 실제 귀속금액을 확인하여 그 소득처분을 하여야 한다는 취지로 진술하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 조합원들을 대신하여 대출이자 등의 지급기일에 쟁점이주비대출이자등을 대납하였으나 청구법인이 그 상당액만큼 정비사업비추산액에 반영하여 조합원 권리가액 비례율이 감소되고 이에 따라 조합원이 청산금을 추가 납입하게 되는 등 조합원이 쟁점이주비대출이자등을 자기부담하게 되는바 쟁점이주비대출이자등은 청구법인의 조합원에 대한 출자금의 반환에 해당하므로 ‘기타’로 소득처분하여야 하고, 설령 ‘배당’으로 소득처분하여야 한다 하더라도 청구법인의 대납 시점에 그 전부를 조합원의 배당으로 소득처분할 수 없고 청산시의 조합원이 위와 같이 자기부담하지 않은 금액에 대해서만 소득처분하여야 하며, 그럼에도 처분청이 이 건 과세처분시 청구법인의 청산시 조합원이 실제 분양받은 조합원아파트의 면적이 아니라 그 분양예정면적을 기준으로 쟁점이주비대출이자등 중 수익사업분만큼 이 건 소득처분을 한 것은 위법‧부당하다고 주장한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조 에 따른 수정신고

제113조(구분경리) ①비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자 산‧부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

⑧제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 법 제24조에 따라 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금 또는 같은 조 제3항제1호에 따른 기부금의 손금산입한도액을 초과하여 익금에 산입한 금액

나. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조 에 따라 익금에 산입한 금액

다. 법 제27조의2 제3항(같은 항 제2호에 따른 금액에 한정한다) 및 제4항에 따라 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입 한 이자‧할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

사. 「조세특례제한법」 제138조 의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아. 제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

제156조(구분경리) ①법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

(6) 소득세법(2024.12.31. 법률 제20615호로 일부개정되기 전의 것)

제17조(배당소득) ①배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

2의2. 「법인세법」 제5조 제2항 에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산(이하 "법인과세 신탁재산"이라 한다)으로부터 받는 배당금 또는 분배금

3. 의제배당(擬制配當)

4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익

6. 외국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

7. 「국제조세조정에 관한 법률」 제27조 에 따라 배당받은 것으로 간주된 금액

8. 제43조에 따른 공동사업에서 발생한 소득금액 중 같은 조 제1항에 따른 출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액

9. 제1호, 제2호, 제2호의2 및 제3호부터 제7호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것

10. 제1호, 제2호, 제2호의2 및 제3호부터 제9호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 소득을 발생시키는 거래 또는 행위와 파생상품이 대통령령으로 정하는 바에 따라 결합된 경우 해당 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익

(7) 소득세법 시행령

제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 무기명주식의 이익이나 배당

그 지급을 받은 날

2. 잉여금의 처분에 의한 배당

당해 법인의 잉여금 처분결의일

3의2. 법 제17조 제1항 제8호에 따른 출자공동사업자의 배당

과세기간 종료일

3의3. 법 제17조 제1항 제9호 및 제10호에 따른 배당 또는 분배금

그 지급을 받은 날

4. 법 제17조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 제5호의 의제배당

주식의 소각, 자본의 감소 또는 자본에의 전입을 결정한 날(괄호 생략)이나 퇴사 또는 탈퇴한 날

5. 법 제17조 제2항 제3호ㆍ제4호 및 제6호의 의제배당(각목 생략)

6. 「법인세법」에 의하여 처분된 배당

당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일

7. 집합투자기구로부터의 이익

집합투자기구로부터의 이익을 지급받은 날. 다만, 원본에 전입하는 뜻의 특약이 있는 분배금은 그 특약에 따라 원본에 전입되는 날로 한다.

8. 파생결합증권 또는 파생결합사채로부터의 이익: 그 이익을 지급받은 날. (단서 생략)

9. 조각투자상품으로부터의 이익: 그 이익을 지급받은 날

(8) 도시 및 주거환경정비법

제74조(관리처분계획의 인가 등) ①사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. (단서 생략)

6. 정비사업비의 추산액(괄호 생략) 및 그에 따른 조합원 분담규모 및 분담시기

제89조(청산금 등) ①대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조 제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하 “청산금”이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.

제92조(비용부담의 원칙) ①정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다.

제93조(비용의 조달) ①사업시행자는 토지등소유자로부터 제92조제1항에 따른 비용과 정비사업의 시행과정에서 발생한 수입의 차액을 부과금으로 부과ㆍ징수할 수 있다.

(9) 도시 및 주거환경정비법 시행령

제30조(조합설립인가신청의 방법 등) ①법 제35조 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 토지등소유자의 동의는 국토교통부령으로 정하는 동의서에 동의를 받는 방법에 따른다.

(10) 도시 및 주거환경정비법 시행규칙

제8조(조합의 설립인가 신청 등) ③영 제30조 제1항에서 “국토교통부령으로 정하는 동의서”란 별지 제6호서식의 조합설립 동의서를 말한다.

■ 도시 및 주거환경정비법 시행규칙[별지 제6호서식]

조합설립 동의서

[□재개발사업, □재건축사업]

※ 색상이 어두운 란은 동의자가 적지 않습니다.

(3쪽 중 제1쪽) | 행정기관에서 부여한 | 연번범위 | 연 번 | / | Ⅰ. 동의자 현황 | 인 적 | 사 항 | 성 명 | 생년월일 | 주민등록상 | 주 소 | 전화번호 | (중략) | (3쪽 중 제2쪽) | Ⅱ. 동의 내용

1. 조합설립 및 정비사업 내용

가. 신축건축물의

설계개요 | 대지 면적 | (공부상 면적) | 건축 연면적 | 규 모 | 비 고 | ㎡ | ㎡

나. 공사비 등

정비사업에 | 드는 비용 | 철거비 | 신축비 | 그 밖의 비용 | 합 계

다. 나목에 따른 비용의 분담

1) 조합정관에 따라 경비를 부과·징수하고, 관리처분 시 임시청산하며, 조합청산 시 청산금을 최종 확정합니다.

2) 조합원 소유 자산의 가치를 조합정관이 정하는 바에 따라 산정하여 그 비율에 따라 비용을 부담합니다.

3) 분양대상자별 분담금 추산방법(예시)

분양대상자별 분담금 추산액 =

분양예정인 대지 및 건축물의 추산액 -

(분양대상자 별 종전의 토지 및 건축물의 가격 × 비례율 * )

* 비례율 = (사업완료 후의 대지 및 건축물의 총 수입 - 총사업비) / 종전의 토지 및 건축물의 총 가액

(후략)

(11) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때