조심-2025-중-2490 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2022년에 아래 <표1>의 사업장 등을 포함한 6개의 개인사업장을 운영하는 사람으로, 2020년 귀속 종합소득세 신고분부터 ‘OOO’에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제1항에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하고 있다.

<표1> 2022년 귀속 청구인의 사업장별 소득금액

ㅇㅇㅇ

나. 청구인은 2022년 귀속 종합소득세 신고 시 조특법 제143조 제3항에 따라 ‘OOO’에서 발생한 결손금을 다른 사업장(OOO, OOO)의 소득금액에 비례하여 안분한 후, ‘OOO’에서 발생한 소득금액에서 OOO의 결손금을 차감하여 아래 <표2>와 감면소득금액 OOO원에 상응하는 감면세액 OOO원을 신고하였다.

<표2> 감면소득금액 산정내역

ㅇㅇㅇ

다. 이후 청구인은 2024.9.2. 조특법 제143조 제3항에 따라 결손금 안분계산을 적용하여야 하는 “겸영”은 한 사업장 내에서 여러 사업을 영위하는 것만을 의미하고, 각각 다른 사업장을 운영하는 경우에는 “겸영”에 해당하지 아니하므로, 감면대상사업의 소득금액 계산 시 타 사업장의 결손금을 공제하지 않는 것이 타당하다는 이유로, OOO의 결손금을 차감하지 않은 OOO원을 OOO의 감면대상 소득금액으로 재산정하여, 2022년 귀속 종합소득세 OOO 원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 2024.10.29. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.13. 이의신청을 거쳐 2025.5.27. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합소득세 납세의무자의 세액 감면대상사업에서 이익이 발생하였으나 비감면대상사업에서 결손이 발생한 경우 감면세액의 계산방법

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

(가) 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고 및 경정청구의 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 종합소득세 신고 및 경정청구 내용

ㅇㅇㅇ

(나) 청구인의 2023년 귀속 사업소득명세서는 아래 <표5>와 같다.

<다음 쪽 표 삽입을 위한 여백>

<표5> 청구인의 2023년 귀속 사업소득명세서

ㅇㅇㅇ

* 해당 금액에 포함된 감면대상이 아닌 소득금액 OOO원을 제외하면, 감면대상 소득금액은 OOO원임

(다) 청구인의 감면세액 계산내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 청구인의 감면세액 계산내역

ㅇㅇㅇ

1) 산식 = 종합소득 산출세액×감면대상사업의 소득금액÷종합소득금액

2) 남이천창고의 안분한 결손금을 공제한 후의 소득금액

3) 남이천창고의 결손금을 반영하지 않은 소득금액

(라) 조특법 제143조의 연혁을 보면, 당초 구분경리 사업에서 결손금이 발생할 경우 공제방법에 대한 규정이 없다가, 2010.1.1. 조특법 제3항이 신설되면서 “감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.”로 규정하였다.

(마) 위 개정과 관련하여 2010년 조특법 제143조 제3항 신설취지(2009 간추린 개정세법, 기획재정부 발간)는 아래와 같다.

제목 : 구분경리 보완 등(조특법 §143, 조특법 시행령 §136)

1. (1) 개정내용

종 전

개 정

□ 구분경리 사유

① 감면사업과 기타사업

- 감면 제도별로 열거규정

② 소비성서비스업과 기타사업

<신 설>

□ 구분경리 단위 및 결손통산

① 업종(감면비율)별 구분경리

- 포괄규정 방식으로 전환 → 감면사 업 은 원칙적으로 구분경리 함을 명확 화

- 감면사업에서도 감면비율이 2개 이 상인 경우 추가 구분경리함을 명확화

② <좌 동>

③ 구분경리 사업간 결손통산

- 구분경리사업 중 일부 사업에서 결손 이 발생한 경우 다른 사업의 소득금액 비율로 안분하여 통산

2. (2) 개정이유

3. ◦ 감면소득별 감면율이 서로 상이 * 한 경우 감면소득 원천별 추 가 구분 경리 불가피하므로 이를 보완

* 특별세액감면(§7)에서는 감면사업에 따라 5～30%의 단계적 감면율 적용

4. ◦ 일부 사업에서만 결손금이 발생한 경우 결손금통산 방법이 명확하게 규정되어 있지 않아 혼란이 야기됨에 따라 결손금 을 안분하여 통산함을 명확히 함

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

청구인은 조특법 제143조 제1항에 따른 “겸영”은 한 사업장 내에서 감면대상사업과 감면대상이 아닌 사업을 영위하는 경우를 의미하므로, 청구인의 경우 OOO에서 발생한 감면대상사업의 소득금액 계산 시 다른 사업장의 결손금을 공제한 후의 소득금액을 기준으로 감면세액을 계산하는 것은 잘못이라고 주장한다.

살피건대, 조특법 제143조 제1항에서 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있고, 제3항에서 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있는 점, 「소득세법」제59조의5에 따라 계산하는 감면세액은 각 사업장별 감면세액계산으로 계산하는 것이 아니라, 종합소득금액에 상응하는 산출세액을 계산한 후 그 금액에 종합소득금액에서 감면대상사업의 소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하는데, 감면세액 산정의 기초가 되는 산출세액이나 종합소득금액 자체가 결손금 통산 후의 금액인바, 감면대상사업의 소득금액 또한 다른 사업장의 결손금을 통산하여 산정하는 것이 위 세액계산 구조의 체계에 부합한다고 보이는 점 등에 비추어 감면세액을 계산할 때, 감면대상이 아닌 사업장에서 발생한 결손금을 공제한 후의 감면대상소득금액을 기준으로 하는 것이 타당하다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본 법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제2조【정의】② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

제6조【창업중소기업 세액감면】① 대통령령으로 정하는 중소기업 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업과 「중소기업창업 지원법」 제53조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업의 경우 : 100분의 100

나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50

제143조【구분경리】① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.<2010.1.1. 신설>

(2) 조세특례제한법 시행령

제136조【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조 의 규정을 준용하여 계산한다.

(3) 법인세법

제113조【구분경리】⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령

제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제75조【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

(6) 소득세법

제19조【사업소득】② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제59조의5【세액의 감면】① 종합소득금액 중 다음 각 호의 어느 하나의 소득이 있을 때에는 종합소득 산출세액에서 그 세액에 해당 근로소득금액 또는 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 감면한다.

1. 정부 간의 협약에 따라 우리나라에 파견된 외국인이 그 양쪽 또는 한쪽 당사국의 정부로부터 받는 급여

2. 거주자 중 대한민국의 국적을 가지지 아니한 자가 대통령령으로 정하는 선박과 항공기의 외국항행사업으로부터 얻는 소득

② 이 법 외의 법률에 따라 소득세가 감면되는 경우에도 그 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 제1항을 준용하여 계산한 소득세를 감면한다.

제78조【사업장 현황신고】① 사업자(해당 과세기간 중 사업을 폐업 또는 휴업한 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업장의 현황을 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고(이하 "사업장 현황신고"라 한다)하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 사업장 현황신고를 한 것으로 본다.

1. 사업자가 사망하거나 출국함에 따라 제74조가 적용되는 경우

2. 「부가가치세법」 제2조 제3호 에 따른 사업자가 같은 법 제48조ㆍ제49조ㆍ제66조 또는 제67조에 따라 신고한 경우. 다만, 사업자가 「부가가치세법」상 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하여 면세사업 수입금액 등을 신고하는 경우에는 그 면세사업등에 대하여 사업장 현황신고를 한 것으로 본다.

제160조【장부의 비치·기록】⑤ 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 이 법 또는 「조세특례제한법」에 따라 사업장별로 감면을 달리 적용받는 경우에는 사업장별 거래 내용이 구분될 수 있도록 장부에 기록하여야 한다.<개정 2010.12.27.>

(7) 소득세법 시행령

제131조의2【외부세무조정 대상사업자의 범위】① 법 제70조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "외부세무조정 대상사업자"라 한다)를 말한다.

1. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)이 다음 각 목의 업종별 기준수입금액 이상인 사업자. 이 경우 가목부터 다목까지의 규정에 따른 업종을 겸영하거나 사업장이 둘 이상인 사업자의 경우에는 제208조 제7항을 준용하여 계산한 수입금액을 기준수입금액에 따른다.

제133조【성실신고확인서 제출】② 제1항을 적용할 때 같은 항 제1호부터 제3호까지의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 제208조제7항을 준용하여 계산한 수입금액에 따른다.

제143조【추계결정 및 경정】⑥ 제4항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 같은 호 가목부터 다목까지의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 제208조 제7항을 준용하여 계산한 수입금액에 의한다.

제208조【장부의 비치·기록】⑦ 제5항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 동호 가목 내지 다목의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 다음의 산식에 의하여 계산한 수입금액에 의한다.

주업종(수입금액이 가장 큰 업종을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 수입금액 ＋ 주업종 외의 업종의 수입금액 × (주업종에 대한 제5항제2호 각목의 금액 / 주업종 외의 업종에 대한 제5항 제2호 각목의 금액)

(8) 부가가치세법

제61조【간이과세의 적용 범위】① 직전 연도의 공급대가의 합계액이 8천만원부터 8천만원의 130퍼센트에 해당하는 금액까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액에 미달하는 개인사업자는 이 법에서 달리 정하고 있는 경우를 제외하고는 제4장부터 제6장까지의 규정에도 불구하고 이 장의 규정을 적용받는다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자는 간이과세자로 보지 아니한다.

4. 둘 이상의 사업장이 있는 사업자로서 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 금액 이상인 사업자. 다만, 부동산임대업 또는 과세유흥장소에 해당하는 사업장을 둘 이상 경영하고 있는 사업자의 경우 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가(하나의 사업장에서 둘 이상의 사업을 겸영하는 사업자의 경우 부동산임대업 또는 과세유흥장소의 공급대가만을 말한다)의 합계액이 4천800만원 이상인 사업자로 한다.