조심-2025-중-2011 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.27. 설립되어 OOO에서 주거용 건물 임대업을 영위하는 비상장법인으로, 주식회사 A(이하 “A”라 한다), 주식회사 B(이하 “B”이라 한다) 및 C으로부터 주식회사 D(이하 “D”이라 한다)이 발행한 70회차 전환사채(이하 “이 건 전환사채”라 한다) 합계 47억원을 양수할 수 있는 콜옵션(이하 “이 건 콜옵션”이라 하고, 이 중 A 및 C에 대한 부분을 “쟁점콜옵션”이라 한다)을 부여받기로 하는 내용으로 2020.12.23. A, B 및 C과 콜옵션계약(이하 “이 건 콜옵션계약”이라 한다)을 각 체결하였다.

나. 청구법인은 2022.3.14. 주식회사 E(이하 “E”이라 한다) 및 주식회사 F(이하 “F”라 한다)와, 2022.3.16. 주식회사 G(이하 “G”이라 하고, E 및 F와 합하여 “쟁점승계인들”이라 한다)과 각각 콜옵션 승계계약(이하 “쟁점승계계약”이라 한다)을 체결하여, 청구법인이 이 건 콜옵션계약을 통하여 가지고 있던 옵션권리자로서의 권리와 의무를 쟁점승계인들이 승계하도록 하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.18.부터 2024.9.13.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2020사업연도에 쟁점콜옵션을 취득하였음에도 이에 대한 자산 계상을 누락하고 2022사업연도에 이 건 콜옵션을 특수관계인에 해당하는 F에게 시가에 미달한 가격으로 양도하거나 특수관계인이 아닌 E 및 G에게 정상가액 미만으로 양도하는 등 법인소득을 과소신고한 것으로 보아 처분청에게 관련 과세자료를 통보하였다.

라. 처분청은 조사청의 과세자료 통보에 따라, 2020사업연도의 경우 쟁점콜옵션의 취득 당시 평가액 OOO원을 자산수증이익으로 익금에 산입하여 2025.1.13. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정‧고지하였고, 2022사업연도의 경우 쟁점콜옵션의 취득 당시 평가액(OOO원) 및 B으로부터의 콜옵션 취득가액(OOO백만원)을 합한 OOO원을 손금에 산입함과 함께 청구법인의 이 건 콜옵션 양도에 관한 부당행위계산부인액 OOO원 및 비지정기부금 OOO원을 각 익금에 산입하는 등의 소득금액 조정을 거쳐 과세표준과 산출세액을 각각 △OOO원 및 OOO원으로 하되, 소득금액 조정과 별개로 지급명세서 불성실가산세 OOO원을 가산하여 2025.1.8. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정‧고지하였다.

마. 청구법인은 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분과, 2022사업연도 법인세 관련 소득금액 조정 중 쟁점콜옵션에 대한 자산수증이익 상당액(OOO원)의 손금산입과 부당행위계산부인액(OOO원) 및 비지정기부금(OOO원)의 익금산입에 불복하여 2025.3.28. 심판청구를 제기하였다.