조심-2025-인-4260 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.1.15. 인천광역시 동구 OOO에서 철강 도‧소매업을 영위하고 있고, 2022년 제1기‧제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 C(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 각 OOO원 및 OOO원 합계 2건 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”, 관련한 거래를 “쟁점매입거래”라 한다)를 수취한 후, 관련한 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

나. 부천세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 각 쟁점매입처 및 쟁점매출처에 대한 세목별 조사를 실시한 결과, <별지1> 기재와 같이 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 각 공급대가만을 주고받은 자금회전거래 방식으로 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 처분청 등에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점매입세금계산서에 관한 해명안내 요청 및 검토 등을 거쳐, 2025.7.3. 청구법인에게 부가가치세 2022년 제1기분 OOO원 및 2022년 제2기분 OOO원과 2022사업연도 법인세 OOO원을 각 경정‧고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.8. 이의신청을 거쳐 2025.10.17. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적으로) 처분청이 가공거래로 본 쟁점매입거래에 대응하는 쟁점매출처와의 거래도 가공거래로 보아 관련한 매출세금계산서에 기재된 공급가액을 감액하여 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 조사청의 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과 등에 따른 과세자료 등으로 확인한 쟁점매입거래의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2018.1.15. 개업하여 철강제 도‧소매업을 영위하고 있고, 청구법인의 발행주식 전부를 소유한 청구법인의 대표이사 임용기는 2001∼2017년 기간 중 2곳의 법인에서 같거나 유사한 업종에서 근무하다가, 2018년 청구법인을 설립하였다.

(나) 쟁점매입처는 2016.7.8.∼2024.12.31. 기간 중 경기도 부천시에서 철강제 도‧소매업을 영위하였고, 그 대표이사 D 20년 이상 동종 업계의 경력을 보유하고 있다.

(다) 청구법인은 자기책임으로 철강재의 실물을 보관 또는 가공하는 물적시설 없이 철강재를 유통하는 법인으로, 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점매입처로부터 아래 <표2> 기재와 같이 각 과세기간별로 2매의 매입세금계산서를 수취하였는데, 처분청은 아래 (라)∼(바) 기재와 같은 조사청의 조사결과 등에 따라 2022년 제2기분에 수취한 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 매입세금계산서로 보았다.

<표2> 2022년 중 쟁점매입처와 청구법인 간의 세금계산서 수수 내역

○○○

(라) 조사청은 아래 <표3> 기재와 같이 청구법인 등으로부터 쟁점매입거래 등을 포함한 2022.4.19.∼2023.1.19. 기간의 금융거래증빙을 제출받아 이를 검토한 결과, 아래 <표4> 기재와 같이 일부 거래(㉠∼㉧ 기재의 것)가 쟁점매입처에 입금된 후 ‘쟁점매입처-A법인(자료상으로 확정되었다)-B법인-쟁점매출처-쟁점매입처’를 거치는 ‘자금회전거래’ 방식으로 다시 쟁점매입처로 입금되었음을 확인하였고, 처분청은 해당 자금거래를 쟁점매입거래와 관련한 것으로 보았다. 한편 조사청은 쟁점매입처에 대한 조세범칙조사 결과 청구법인 등 5개 거래처와의 거래분을 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 수수한 것으로 보아 수사기관에 「조세범처벌절차법」에 따른 고발을 하였다.

<표3> 2022.4.19.∼2023.1.19. 쟁점매입거래 등 청구법인의 출금 내역

○○○

<표4> 쟁점매입거래와 관련한 자금회전거래

① 쟁점매출처 중 주식회사 A와 관련한 것

○○○

② 쟁점매입처 중 주식회사 B과 관련한 것

○○○

(마) 쟁점매입처는 쟁점매입거래 등 5건의 매출이 정상거래라는 취지로 이의신청을 거쳐 심판청구(조심 OOO)를 제기하였으나, 우리 원은 2024.10.14. 거래대금이 자금회전거래의 방식으로 쟁점매입처로 반환되었고 쟁점매입처가 실물의 보관, 운반 등에 관한 증빙자료를 제시하지 못하였으며, 거래상대방이 쟁점매입처가 거래를 개시한 때에 이미 사업장이 존재하지 않거나 쟁점매입처와의 거래사실을 알지 못한다고 답변하는 등 쟁점매입처를 선의의 거래당사자로 볼 수 없다는 등의 이유로 기각 결정을 하였고, 이후 조사청은 처분청 등에 관련한 과세자료를 파생하였다.

(바) 처분청은 2025.2.18. 청구법인에게 ‘과세자료 해명안내문’을 송부하였고, 청구법인은 쟁점매입거래가 정상거래라고 주장하면서 관련한 증빙자료[위 (라) 기재와 같은 금융거래 내역과 이에 대응한 쟁점매입거래 외에 실제 매입거래 내역, 거래처원장 등]를, 아래 <표5> 기재와 같이 쟁점매출처와의 거래가 정상거래라고 주장하면서 아래 <표6> 기재의 증빙자료(입금증, 세금계산서, 사업자등록증, 법인등기부등본, 법인‧대표이사 인감증명서 및 신분증 등의 각 사본 등)를 제출하였으며, 처분청은 쟁점매입거래와 관련한 금융거래 내역이 확인되나 실제 거래사실을 입증할 객관적‧구체적인 증빙자료(철강재 등 재화의 운송에 관한 증빙, 재화의 사양, 가격 등의 확인이 가능한 발주서 등)가 제출되지 않았다는 등의 이유로 실물거래 없는 것으로, 쟁점매출처와의 거래는 실물거래가 있는 정상거래로 보았다.

<표5> 쟁점매출처와의 거래내역

① 쟁점매입와 관련한 쟁점매출처와의 거래

○○○

<표6> 쟁점매출처와의 거래 관련 청구법인이 제출한 증빙자료

증빙자료명

쟁점매입거래에 대응되는 쟁점매출처

A㈜ | B㈜ | 판매계약서(위탁판매) | 1부 | 매출세금계산서 | 1부 | 매입대금 입금내역

(처분청이 제시한 내역과 같음)

발주서 | 8부 | 11부 | 매출거래처원장 | 1부 | 1부 | 납품확인서 | 1부 | 2부 | 인수증/송장 | 8부 | 5부 | 매출대금회수증빙 | 내용증명 | 내용증명, 보증보험증권 | 실사업자 확인자료 | 대표이사 명함‧신분증 | 사업자등록증, | 법인‧대표이사 각 인감증명서

(사) 처분청은 쟁점매입거래는 실물거래 없는 가공거래로, 쟁점매출처와의 거래는 정상거래로 보는 등 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구법인과 처분청은 2026.3.17. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 청구주장 및 이에 관한 답변과 같은 취지로 진술하였고, 청구법인은 ‘쟁점매입거래 및 쟁점매출처와의 거래 당시 재화의 운송이 실제로 이루어졌는지 여부를 운송차량 등을 통하여 확인하였는지’를 묻는 질문에 대하여 그 확인을 하지 않았고 통상 재화의 최종 소비자가 해당 재화를 받았다는 취지의 문자를 받는 방법으로 재화의 운송 여부를 확인하였다는 취지로 진술하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 먼저 매출처를 확정하고 그 수주한 물량의 공급이 가능한 매입처를 찾아 거래를 진행하는 철강 유통업계의 특성에 따라 쟁점매입거래 및 쟁점매출처와의 거래를 하였을 뿐, 쟁점매입처가 가공으로 쟁점매입거래를 한 사실을 알지 못한 데에 과실이 없으므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장한다.

그러나 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서상의 명의위장 사실을 알지 못하였고 그 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 또는 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 그 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 하며(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등, 같은 뜻임), 과세관청에 의하여 세금계산서에 기재된 재화 등이 실제로 공급된 사실 없이 허위로 해당 세금계산서가 수수되었음이 상당한 정도로 증명된 경우로서 납세자가 그 재화 등의 공급자가 따로 있음을 증명하지 못하는 이른바 ‘가공거래’의 경우에는 ‘선의의 거래당사자’에 관한 위 법리가 적용될 여지가 없다 할 것인바, 조사청의 조사 결과 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화가 실제로 공급된 사실 없이 허위로 해당 세금계산서가 수수된 것으로 확인되었고 쟁점매입처가 쟁점매입거래의 대상인 재화의 공급자가 따로 있음을 입증하지 못한 점(이러한 사실관계 등에 비추어 우리 원은 2024.10.14. 쟁점매입처가 제기한 ‘조심 OOO’의 심판청구에 대하여 ‘쟁점매입거래가 실물을 동반한 거래이고 설령 이처럼 볼 수 없더라도 쟁점매입처 자신을 선의의 거래당사자로 보아야 한다’는 쟁점매입처의 청구주장을 이유 없다고 보아 기각하였다), 달리 청구법인이 이에 대한 반증을 제시하거나 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화의 공급자가 따로 있어서 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 만한 사정에 대하여 구체적‧객관적으로 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 조사청의 쟁점매입거래 및 청구법인과 쟁점매출처 간의 거래에 관한 과세자료, 처분청의 해명안내에 따른 청구법인의 소명 등에 대한 검토 당시 쟁점매입거래에 대응한 쟁점매출처와의 거래가 정상거래임을 주장하면서 관련한 자료를 제출하였으면서, 이 건 심판청구시에는 해당 매출거래가 가공거래이어서 위 <표1> 기재의 관련한 부가가치세 매출과세표준과 매출세액(이에 대응하는 법인세 수입금액 포함)을 감액하여야 한다고 당초 주장을 번복한 것을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 조사청은 <별지1> 기재와 같이 ‘청구법인과 쟁점매입처와의 자금거래’와 더불어 ‘청구법인과 쟁점매출처와의 자금거래’도 실물거래 없이 세금계산서만을 수수하면서 해당 세금계산서에 적힌 공급가액만을 수수한 이른바 ‘자금회전거래’로 본 점, 쟁점①에서 쟁점매입거래를 실물거래 없는 가공거래로 본 점 등에 비추어 <별지1> 기재의 ‘청구법인과 쟁점매출처와의 자금거래’가 쟁점매입거래, 즉 청구법인과 쟁점매입처 간에 쟁점매입세금계산서를 수수한 것에 대응된다면 쟁점매입거래와 동일하게 청구법인과 쟁점매출처 간에 세금계산서를 수수한 것도 실물거래 없이 수수한 것으로 봄이 타당한 면이 있으나, 다만 처분청이 <별지1> 기재의 ‘청구법인과 쟁점매출처 간의 자금거래’가 위 <표1> 기재의 ‘2022.6.30. 및 2022.8.31. 청구법인과 쟁점매출처 간에 각 수수한 세금계산서’의 공급가액과 대응되는지 여부 등을 확인하지 않은 것으로 보이므로, 처분청이 그 대응관계를 확인하는 등 해당 세금계산서가 청구인이 주된 사업을 영위하는 과정에서 실지거래 없이 수수된 것인지를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 쟁점매입거래와 관련한 회전거래 도해

* 빨간색 선 : 예비적 청구 관련 매출처 / 화살표 : 세금계산서 발급‧자금흐름

ㅇ 2022년 제1기 | ○○○ | ㅇ 2022년 제2기 | ○○○ | <별지2> 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. (단서 생략)

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

※ 부가가치세법 기본통칙

57-103…1(명의 위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정) 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 해당 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 「조세범처벌법」에 따른 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다.

(3) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.