조심-2025-구-4063 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.7.29. 개업하여 현재 대구광역시 북구에 소재하고 있으며, 의약품 유통업, 전자상거래업, 임대업 등을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2021.5.31. a 주식회사에게 대구광역시 남구 OOO 외 5필지의 토지 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)을 추후 건물을 철거할 것을 전제로 OOO원에 일괄 양도하면서 건물분 매매대금은 OOO원으로 하여 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 보아 매출세금계산서를 미발급하였다.

다. 처분청은 감사원 지적사항에 따라 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 신고내용을 검토한 결과, 토지와 건물의 기준시가에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 안분한 후 쟁점건물의 공급가액을 계산한 가액과 청구법인이 쟁점건물의 공급가액으로 본 가액이 100분의 30 이상 차이가 나므로, 「부가가치세법」제29조 9항 제2호에 따라 부가가치세 과세표준을 재산정해야 하고, 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 단서 조항 및 「부가가치세법 시행령」제64조 제2항 제2호는 쟁점거래 이후에 신설되었으므로 적용될 수 없다고 보아 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 하였다.

라. 이후 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여, 2025.6.20. 청구법인에게 2021년 제1기분 부가가치세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 처분청이 중복 세무조사 금지 원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

③ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점부동산의 매매계약서에 따르면 쟁점부동산 중 쟁점건물은 철거하는 것을 전제로 하여 매매한다는 기재사항이 확인되며, 건물분 매매대금이 OOO원으로 기재된 것이 나타난다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산 매매계약의 연대보증인인 b 주식회사가 작성한 ‘매수 청약 계획안’ 문서를 제출한바, 물건의 표시 부분의 ‘매입 후 계획’ 란에 전체 건물 철거 예정이라고 기재된 점, 제5조(계약수반조건)에 청구법인의 현 부지내 실사(철거견적을 위한 답사) 일정을 요청한 점 등이 나타난다.

(다) 청구법인은 쟁점건물의 (말소)건축물대장을 제출한바, 변동사항에 따르면 2022.9.16. ‘건축물대장말소_해체멸실’로 기재된 점이 나타난다.

(라) 처분청 제출자료에 따르면, 청구법인은 2022.5.6.부터 2022.9.11.까지 2017사업연도부터 2021사업연도까지의 과세기간을 대상으로 법인 통합조사를 받은 것으로 나타나고, 조사 당시 쟁점거래와 관련된 경정 내용은 나타나지 않는다.

(마) 처분청은 2025.4.11. 감사원으로부터 “청구법인의 쟁점거래상 실지 거래가액과 대통령령으로 정한 바에 따른 안분계산 금액 간 차이가 30% 이상인 경우, 건물 양도 후 신고한 부가가치세 과세표준의 적정 여부를 검토하라”는 내용의 감사지적 통보를 받고, 이후 2025.4.14. 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분 이 부당하다고 주장하나, 「부가가치세법」 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 구분한 쟁점부동산 중 건물과 토지의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항 의 개정이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된「부가가치세법」제29조 제9항은 동 법 시행(2022.1.1.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용되는 것이고, 그 부칙 제7조에 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 처분이 중복 세무조사 금지 원칙을 위반한 위법한 세무조사에 따라 이루어진 처분이라는 취지로 주장하나, 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바(조심 2025인3949, 2025.12.12.), 해명자료 제출 안내는 이에 대하여 대답하거나 수인할 의무가 없는 서면확인 절차로서 단순한 사실관계의 확인에 불과한 것으로 보이는 점, 그 밖에 처분청이 청구법인의 사업장에 출장하여 상당 기간 질문을 하거나 장부․서류 등을 검사․조사하여 영업의 자유 등에 큰 영향을 미치는 등의 세무조사를 실시하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다.

(다) 끝으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인바(조심 2018서2410, 2018.11.20. 같은 뜻임), 2022년 실시된 대구지방국세청의 세무조사 당시 이 사건 부과 세목 및 과세기간인 2021년 제1기 부가가치세 신고 내용에 관해 쟁점건물의 공급가액에 대해 견해의 대립 등이 나타났다는 등의 객관적 증거가 없는 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자의 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 점(조심 2023인0499, 2023.4.25. 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 납부지연가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정되기 전의 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

(3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정되기 전의 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(4) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

부칙 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제47조 및 제53조의2 제6항부터 제8항까지의 개정규정은 2022년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

부칙 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(5) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조