조심-2025-부-3951 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 부산광역시 OO구 OOO소재 토지 1,907㎡와 상가건물 1,038.69㎡(이를 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2011년과 2015년에 각 분할 취득하여 부동산임대사업에 사용하다가 2021.11.30. 아파트분양 시행사인 (주)a(이하 “매수법인”이라 한다)에 OOO원에 일괄 양도하였고, 2022.1.28. 토지 양도가액 OOO원, 건물 양도가액 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으며, 2022.3.31. 부동산임대업은 폐업하였다.

나. 부산지방국세청장은 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고내용을 분석한바, 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 토지 및 건물로 구분하지 아니하고 양도금액 전체를 토지금액으로 신고한 부분에 대하여 舊「부가가치세법」(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항에 해당한다고 판단하여, 같은 법 시행령 제64조에 따라 전체 양도금액을 매매계약일 현재의 토지 및 건물 기준시가로 안분계산하여 토지 OOO원, 건물 OOO원(부가가치세 제외)으로 양도가액을 재계산하여 처분청에 제세결정통보하였으며, 처분청은 2024.9.10. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 2025.6.11. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 추가로 경정·고지하였다.

다. 청구인은 처분청의 부가가치세 처분에 불복하여 2025.9.4. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 실지거래가액으로 구분한 쟁점부동산 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30/100이상 차이가 있는 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인의 쟁점부동산 소재지 사업장 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구인 사업장 현황

(나) 청구인의 쟁점부동산 소재지 부동산임대업에 대한 2022년 부가가치세 신고현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 2020년 제2기∼2020년 제2기 부가가치세 신고내역 (단위 : 백만원)

(다) 청구인의 2020년 제2기∼2021년 제2기 부동산임대공급가액명세서상 임대수입금액은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점부동산 임대수입금액 명세 (단위 : ㎡, 원)

(라) 쟁점부동산의 안분계산내역은 아래 <표4>와 같고, 청구인이 신고한 건물의 양도가액은 OOO원으로 기준시가로 안분계산한 양도가액의 차이가 100분의 30 이상인 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점부동산의 안분계산내역 (단위 : 원, ㎡)

(마) 쟁점부동산의 양도소득세 신고 및 경정청구 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 경정내용 (단위 : 백만원)

(바) 청구인이 2020년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 표준재무상태표상 건물의 금액은 OOO원으로 확인된다.

< 2020년 귀속 종합소득세 신고서상 표준재무상태표>

(사) 청구인은 2024.9.10. 처분청이 토지·건물 안분계산한 금액으로 추가고지한 2021년 귀속 양도소득세에 대해서는 불복청구를 하지 않은 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인은 쟁점부동산을 매매하는 계약서를 2021.3.15. 작성하면서, 매매 부동산의 표시에는 토지와 건물을 기재하였고, 제2조 매매대금 및 지급방법에 건축물, 정착물은 철거대상이므로 매매대금은 영원OOO으로 하였으며, 매매대금은 OOO원으로 한 사실이 아래와 같이 확인된다.

<쟁점부동산 매매계약서>

(나) 2022.1.28. 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대해 아래와 같이 양도소득세 신고한 것으로 나타나고, 양도가액은 토지로만 구분하여 OOO원으로 신고하였고, 취득가액은 토지와 건물의 가액을 합하여 OOO원으로, 토지에서 발생한 OOO원을 기타 필요경비로 하여 신고한 것이 확인되며, 쟁점부동산 매각과 관련하여 2021년 제2기 부가가치세는 신고·납부하지 아니하였다.

<청구인의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 내용>

(다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 확인한바, 쟁점부동산은 2015.9.30. 청구인에게 소유권 이전되었고, 2021.11.19. 매수법인에 매도된 후, 2022.7.18. 멸실된 것으로 확인된다.

<쟁점부동산 등기사항전부증명서>

(3) 「부가가치세법」 제29조 제9항 의 개정 연혁은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 「부가가치세법」 제29조 (과세표준) 제9항 개정 연혁

(4) 「부가가치세법 시행령」 제64조 의 개정 연혁은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 「부가가치세법 시행령」제64조 개정 내용

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 매수법인이 아파트 건설목적으로 취득한 쟁점부동산 중 건물은 40년 이상 경과한 노후건물로서 철거예정으로 경제적 가치가 없다고 보아 매매계약서상 건물가액을 OOO원으로 하여 매매계약한 것이며, 2022.2.15. 개정된 「부가가치세법 시행령」 개정 취득 등에 따라 철거예정건물의 실거래가액을 OOO원으로 인정하여야 한다고 주장하나,

「부가가치세법」 제29조 제9항 의 개정연혁을 보면, 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위하여 2018.12.31. 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호 를 신설하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하였으며, 2021.12.8. 같은 호 단서 신설 후 2022.2.15. 같은 법 시행령 제64조 제2항을 신설하여 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 실지공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 2021.12.8. 개정된 같은 법 부칙 제7조에서 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전 규정을 따른다고 규정하고 있다.

청구인은 2021.3.15. 매수법인과 쟁점부동산을 OOO원에 일괄 양도하는 매매계약서를 작성하고 2021.11.30. 소유권이전한 것으로 나타나고 있어 2021.12.8. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호 단서 조문을 적용하기 어려운 점, 청구인과 매수법인이 작성한 매매계약서에 쟁점부동산을 양도하면서 건물가액을 OOO원으로 하여 토지가액만을 계상하였다 하더라도 2021.12.8. 개정되기 전의 「부가가치세법」 제29조 에 따라 토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 나타나는 점, 청구인의 종합소득세의 2020년말 표준재무상태표상 쟁점부동산 중 건물가액이 OOO원으로 확인되고, 쟁점부동산 양도 직전까지 건물을 임대하면서 그 수익 또한 연간 OOO원을 초과한 것으로 나타나고 있어 매수법인이 다른 목적으로 멸실 예정인 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 건물의 가치가 없었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산의 기준시가를 기준으로 건물과 토지가액을 안분계산하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

제60조(가산세) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트

부칙 <제16101호, 2018.12.31.>

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(2) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

부칙 <제18577호, 2021.12.8>

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다.

제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분하는 경우

2. 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

(5) 국세기본법

제21조(납세의무의 성립시기) ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다

4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.