조심-2025-서-3504 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 서울특별시 OOO에서 의약품 도매업을 영위하고 있는 법인으로, 2014년 제2기부터 2016년 제2기까지 ㈜A(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 공급가액을 “쟁점매입액”이라 한다)를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

나. OOO세무서장은 쟁점매입처에 대한 조사결과, 쟁점매입처가 실물거래 없이 청구법인에게 쟁점매입세금계산서를 발급한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취한 행위를 「국세기본법」제26조의2 제2항의 부정행위로 보아 10년의 국세부과 제척기간을 적용하여, 2023.3.15. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 처분내용

○○○

다. 청구법인은 쟁점매입세금계산서상 매입물품을 ㈜B(이하 “쟁점매출처”라 한다)에 OOO원에 매출한 것으로 가공매출을 계상하고 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 공급가액을 “쟁점매출액”이라 한다)를 발급하였으므로, 쟁점매입액과 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하여야 하고, 이에 따라 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니하였으므로 대표자에 대한 상여처분이 부당하다고 주장하며 2023.11.16. 심판청구를 제기한 결과, 2025.2.12. 우리 원은 처분청으로 하여금 쟁점매출처에 대한 가공매출 여부와 쟁점매입세금계산서상 매입대금의 사외유출 여부를 재조사하도록 결정(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)하였으나, 처분청은 재조사 결과 당초 처분이 정당하다고 보아 2025.5.12. 청구법인에게 원처분을 유지하는 취지의 결정을 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.8. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세금계산서상 매입물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로 쟁점매입액에서 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하고 소득처분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流 出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다 .

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 내용 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에게 위 <표1>과 같이 법인세 등을 각 경정·고지하였고, 청구법인은 쟁점물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로, 이를 상계한 차액에 대하여만 법인세를 과세하여야 하고, 그에 따라 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니하였으므로 대표자에 대한 상여처분이 부당하다고 주장하며 2023.11.16. 심판청구를 제기한 결과, 2025.2.12. 우리 원은 처분청으로 하여금 쟁점매출처에 대한 가공매출 여부 및 쟁점매입세금계산서상 매입대금의 사외유출 여부를 재조사하도록 결정(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)하 였으나, 처분청은 재조사 결과 당초 처분이 정당하다고 보아 2025.5.12. 청구법인에게 원처분을 유지하는 취지의 결정을 통지하였다.

<조심 2023서OOO, 2025.2.12. 결정문 발췌>

○○○

(2) 양측은 우리 원이 재조사 결정을 한 당초 심판청구서상 기재된 사실관계를 동일하게 제출하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

(가) <표8> 쟁점가공세금계산서 공급가액

○○○

(나) <표9> 법인세 경정·고지 내용

○○○

(다) 쟁점매입처 대표자에 대하여 2018년 10월경 수원지방검찰청이 작성한 「피의자 신문조서」 사본 중, 청구법인과의 쟁점가공거래와 관련된 부분을 발췌하면 아래와 같다.

<쟁점매입처 대표자의 피의자 신문조서>

○○○

(라) 청구법인의 쟁점매입처에 대한 외상매입금 원장 내용은 아래 <표10>과 같으며, 처분청은 청구법인이 해당 외상매입금의 변제와 관련하여 대표이사 가수금 또는 가지급금으로 계상한 사실을 확인하였다.

<표10> 청구법인의 쟁점매입처 외상매입금 원장 내용

○○○

(마) 처분청이 확인한 쟁점매입대금 결제 관련한 금융거래 내용은 아래와 같다.

○○○

(3) 그 외 청구법인이 제출한 자료한 자료는 아래와 같다.

(가) <표11> 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서 내용

○○○

(나) 청구법인의 쟁점매출처에 대한 거래처 원장에는 가공매출 관련 매출대금을 외상매출금으로 계상하였고, 현재까지 회수하지 아니한 것으로 나타난다.

<그림3> 외상매출금 계정별원장

○○○

(다) 쟁점매입처 매입원장과 쟁점매출처 매출원장 일부를 발췌하면 아래와 같다.

<그림4> 쟁점매입처 매입원장

○○○

<그림5> 쟁점매출처 매출원장

○○○

(4) 처분청은 재조사 과정에서 청구법인에게 쟁점매출처 관련 자료를 요청하였고, 이에 따라 청구법인으로부터 2014∼2017사업연도의 전산전표, 쟁점매입처 매입원장, 쟁점매출처 매출현황 및 쟁점매출처와의 통화 녹음 파일 등을 제출받았다.

처분청은 제출된 자료를 검토한 결과, 청구법인이 제출한 매출원장상 거래 수량을 확인할 수 없고 공급가액 또한 서로 일치하지 아니하며, 쟁점물품이 위 <표5>와 같이 쟁점매출처 외에도 다수의 다른 매출처에 매출된 것으로 계상되어 있는 점 등을 확인하였다는 의견이다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세금계산서상 매입물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로, 쟁점매입액에서 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하고 소득처분하여야 한다고 주장하나,

우리 원은 청구법인이 2023.11.6. 제기한 심판청구(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)에서 처분청으로 하여금 쟁점매입세금계산서상의 가공매입액에 상응하는 쟁점매출처로의 가공매출이 있었는지 여부 및 쟁점매입세금계산서상 매입대금이 사외로 유출되었는지 여부를 재조사하라는 결정을 하였는데, 처분청의 재조사 과정에서 청구법인이 제시한 쟁점매출처의 매출원장(<그림5>)을 보면, 거래수량을 확인하기 어렵고, 청구법인이 당초 제출한 쟁점물품의 매출원장(<표4>)과도 거래일자 및 공급가액이 일치하지 아니하는 점, 쟁점매입액과 쟁점매출액의 거래시점이 1년 이상 차이가 나는 반면, 쟁점물품을 2016년 재고자산으로 보유하였다가 2017사업연도에 쟁점매출처에 판매한 것으로 처리하였다는 자료도 확인하기 어려운 점, 나아가 청구법인은 당초 쟁점물품이 일반 적인 청구법인의 매입 물품과 달리 의약외품으로서, 쟁점매입처로부터 매입하여 쟁점매출처로 매출하였다고 주장하였으나, 재조사 과정에서 쟁점물품이 쟁점매출처 외에도 다수의 다른 매출처에 매출된 사실이 확인(<표5>)되는바, 다른 거래처에 대한 매출이 가공이라는 사실이 확인되지 않은 이상, 쟁점매출처에 대한 매출만을 가공매출이라고 단정하기 어렵고, 쟁점매입처 외 다른 매입처를 통해 쟁점물품을 구입한 내역이 없다는 사실도 확인하기 어려운 점, 당초 우리 원의 재조사 취지는 쟁점매입액과 쟁점매출액이 서로 대응·상계되어 실질적으로 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니한 경우에는 사외유출을 전제로 한 상여처분을 할 수 없다는 것이나, 위와 같이 쟁점매출액이 쟁점매입액과 대응된다고 보기 어려우므로 이를 상계한 차액에 대해 소득처분하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .