조심-2025-중-1805 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.11.13. 설립되어 경영 컨설팅 및 공공 관계서비스업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 자회사인 주식회사 A 및 주식회사 B(이하 합하여 “특수관계법인들”이라 한다)의 발행 주식을 보유한 법인이다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 청구법인을 세무조사 대상자로 선정하고, 「국세기본법」제81조의7 제1항에 따라 세무조사 사전통지시 증거 인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 세무조사 사전통지를 생략하여 2024.7.2.부터 2024.9.20.까지 법인통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하였고, 그 결과에 따라 특수관계법인들이 실시한 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)시 기존 주주가 아닌 청구법인이 단독으로 참여하여 시가 대비 저가로 신주를 취득한 것으로 보아야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2024.12.11. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세무조사가 조사대상자 선정의 위법 및 사전통지 생략 등의 절차적 하자가 있는 위법한 조사에 해당하므로 그에 따른 이 건 처분이 위법․부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 특수관계법인들 중 주식회사 A의 경우 코스닥 상장법인으로, 2022.3.25. 청구법인에게 제3자 배정 방식으로 신주 64,135,793주를 1주당 발행가액 OOO원에 발행하는 것으로 유상증자를 실시하기로 결정하고, 2022.4.5. 청구법인이 유상증자 대금 OOO원을 납입하여 발행주식 64,135,793주를 취득한 것으로 확인된다.

(나) 특수관계법인들 중 주식회사 B의 경우 2019.11.18. 기존 주주가 아닌 청구법인에게 제3자 배정 방식으로 신주 250,000주를 1주당 발행가액 OOO원에 발행하는 것으로 유상증자를 실시하기로 결정하고, 2019.12.6. 청구법인이 유상증자 대금 OOO원을 납입하여 B 발행주식 250,000주를 취득하였다.

(다) 조사청은 청구법인이 특수관계법인들이 실시한 쟁점유상증자에 참여한 것이시가 대비 저가로 신주를 취득한 것으로 보아 청구법인을 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 사유에 해당하는 것으로 보아 비정기 세무조사 대상자로 선정하고, 같은 법 제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 사전통지시 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당하는 것으로 보아 세무조사 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시하면서 청구법인에게 세무조사 개시 통지를 교부하였다.

<표> 세무조사 개시통지 공문

○○○

(2) 쟁점세무조사와 관련하여 조사청은 청구법인을 비정기 세무조사 대상으로 선정하고, 쟁점세무조사에 앞서 사전통지를 생략한 것과 관련하여 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) 조사청은 주식회사 A이 실시한 유상증자시 청구법인과 특수관계법인이자 A의 기존 주주인 B이 실권하여 청구법인이 취득한 신주 1주당 발행가액 OOO원의 경우 「상속세 및 증여세법」제39조에 따라 산정한 시가(1주당 가액 OOO원) 대비 저가에 해당한다는 의견으로 관련 시가 산정 자료를 제출하였다.

(나) 조사청은 주식회사 B이 실시한 유상증자시 주식회사 B의 지배주주인 C 및 D 등이 실권하여 청구법인이 2019.12.6. 1주당 발행가액 OOO원에 취득한 B 발행주식의 경우 시가 대비 저가라는 의견으로 주식회사 B의 K-OTC 시장의 가중평균주가(1주당 가액 OOO원) 등 시가 산정 자료를 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 과세관청이 「국세기본법」에 따라 부과처분을 위한 질문조사권이 행해지는 세무조사를 실시할 경우 납세의무자는 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 되고, 과세관청의 세무조사를 실시하기 전에 세무조사 사전통지를 하여 납세자의 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 「국세기본법」제81조의7 제1항은 과세관청이 납세자에게 세무조사를 시작하기 전 세무조사 사전통지를 하도록 규정하고 있는바, 조사청이 쟁점세무조사에 앞서 청구법인에게 세무조사 사전통지를 하지 않은 것으로 확인되고, 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우로서 이 건에 대하여 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다는 점을 적극적으로 입증하지 못한 점, 쟁점유상증자의 경우 상장법인 등인 특수관계법인들이 실시한 것으로서 관련 사실관계를 공시를 통해 외부에 이미 공개하고 있고, 쟁점세무조사에 앞서 사전통지를 실시한다고 하더라도 이와 관련된 자료를 인멸하거나 관련자들이 진술을 담합하여 조사목적을 달성하기 어려운 경우에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 세무조사 사전통지를 생략하고 진행된 쟁점세무조사에 따른 이 건 부과처분은 절차적 하자가 있는 것으로서 위법하다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하거나 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시할 때 다음 각 호의 구분에 따른 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하는 경우 : 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

2. 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시하는 경우 : 조사를 긴급히 개시하여야 하는 사유

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의3(세무조사의 관할 조정) 법 제81조의6제1항 단서에서 “납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

3. 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

4. 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

(3) 조세사무처리규정

제21조(세무조사의 사전 통지) ① 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의7 (세무조사의 통지와 연기신청 등)제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전 통지(별지 제1호 서식)를 작성하여 조사개시 15일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 한다. 다만, 조세범칙조사 또는 「국세기본법」 제81조의7 (세무조사의 통지와 연기신청 등) 제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있다.

1. 거짓 세금계산서ㆍ계산서 수수 또는 무자료거래 등 유통질서 문란행위 및 신용카드 변칙거래로 세금을 탈루하거나 탈루하게 한 혐의가 있는 경우

2. 이중장부ㆍ허위계약ㆍ증빙서류 허위작성 및 변조ㆍ차명계좌 이용, 명의위장 등 부정한 방법으로 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우

3. 현금거래를 누락하는 방법 등을 통해 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우

4. 기업자금을 빼돌려 이를 기업주 등 개인이 착복하였거나 개인 재산증식에 이용한 혐의가 있는 경우

5. 국제거래 및 역외거래를 이용하여 세금을 탈루하였거나 기업자금을 불법으로 해외에 빼돌린 혐의가 있는 경우

6. 사전 통지 시 거래상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우

7. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 경우

② 제1항 단서에 따라 세무조사를 시작한 경우에는 세무조사 시작 시 사전 통지를 하지 않은 사유 등이 기재된 세무조사 개시 통지(별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다.

③ 세무조사 사전 통지 또는 세무조사 개시 통지를 하는 경우에는 󰡐조사사유󰡑 란에 조사대상 선정사유와 법적근거를 기재하고, 부분조사를 실시하는 경우에는 󰡐부분조사 범위󰡑 란에 부분조사 대상 범위를 상세히 기재하여야 하며, 조사대상 과세기간에 대하여 이미 세목별 조사 또는 부분조사를 실시한 경우에는 󰡐조사제외 대상󰡑 란에 조사제외 대상 세목, 과세기간 및 범위 등을 명확히 기재하여 중복조사를 방지하여야 한다.

④ 납세자가 폐업 등 다음 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 제2항에 따른 세무조사 개시 통지의 교부를 생략할 수 있으며, 이러한 경우에는 「국세기본법」 제10조 및 제11조의 규정을 준용하여 세무조사 개시 통지 서류를 송달하여야 한다.

1. 납세자가 세무조사 대상이 된 사업을 폐업한 경우

2. 납세자가 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우

3. 납세자 또는 납세관리인이 세무조사통지서의 수령을 거부하거나 회피하는 경우