조심-2025-인-3865 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 경기도 파주시 OOO에서 가구제조업을 주업종으로 영위하는 법인으로 경기도 파주시 OOO에 소재하는 목장용지 등 8필지 토지 7,213㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2020.7.17. 청구법인의 전시장 및 연구시설 신축을 위한 단일 개발계획으로 OOO원에 일괄 매입하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지 중에 3필지 1,700㎡(경기도 파주시 OOO)에 있는 주택 및 축사 865㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 2020.7.17. 철거공사를 착공하여 2020.8.25. 건축물 멸실신고를 완료한 후에 쟁점토지 중 6필지 7,199㎡(경기도 파주시 OOO)를 대상으로 건축허가를 완료하였는데, 청구법인은 전시장 및 연구시설을 신축하지 아니하고 2023.8.4. 쟁점토지를 OOO원에 일괄 양도하였다.

다. 인천지방국세청장은 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 양도한 쟁점토지 8필지 중에 쟁점건축물에 대하여 철거ㆍ멸실이 이루어진 3필지를 제외한 나머지 5필지(경기도 파주시 OOO로 이하 “쟁점연접토지”라 한다)는 비사업용 토지에 해당한다고 보아 업무무관 부동산에 따른 지급이자 등 관련 비용을 손금불산입하였고, 양도차익 OOO원에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 포함하여 2025.6.9. 청구법인에 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인은 쟁점토지가 실질적으로 단일 사업용 부지이므로 쟁점토지 전체 필지가 비사업용 토지 및 업무와 관련이 없는 부동산에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 전시장 및 연구시설 신축을 위한 개발계획으로 2020.7.17. 쟁점토지를 일괄 매입하였고, 건축물설계용역계약서에 의하면, 2020.3.23. 쟁점토지 8필지 중 6필지 대지면적 7,198㎡에 OOO복합시설 건축물의 설계용역 계약을 체결한 것으로 나타나며, 계약상대방인 건축사사무소로부터 건축설계를 품목으로 하여 작성일자 2020.3.24. 공급가액 OOO원, 작성일자 2020.5.21. 공급가액 OOO원, 작성일자 2020.9.10., 공급가액 OOO원의 세금계산서 3부를 발행받은 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 아래 <표1>과 같이 쟁점토지 8필지 중에 3필지(경기도 파주시 OOO)에 있는 쟁점건축물에 대하여 2020.7.17. 철거공사를 착공하였으며 이와 관련하여 철거업체로부터 철거 및 폐기물처리를 품목으로 하여 작성일자 2020.7.17. 공급가액 OOO원, 작성일자 2020.8.19. 공급가액 OOO원의 세금계산서 2부를 발행받은 것으로 확인되고, 2020.8.25. 건축물 멸실신고를 완료한 것으로 나타난다.

<표1> 쟁점토지 중 3필지OOO 현황

(다) 청구법인은 쟁점건축물을 철거 및 멸실 완료한 후에 2020.8.12. 경기도 파주시장으로부터 쟁점토지 중에서 6필지 7,199㎡(경기도 파주시 OOO)를 대상으로 건축물명을 OOO 전시장으로, 주용도를 생활시설-휴게음식점 교육연구시설-연구소로, 대지면적 7,199㎡, 연면적 3,475.95㎡, 건축면적 1,292.56㎡로 하여 건축허가를 받았으나, 실제로 착공하거나 신축하지는 아니한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 전시장 및 연구시설을 신축하지 아니하고 2023.8.4. 쟁점토지를 OOO원에 일괄 양도하였는데, 청구법인의 전시장 및 연구시설 신축을 위한 단일 개발계획으로 2020.7.17. 쟁점토지를 일괄 매입하였으나, 당초 계획과는 달리 착공하거나 신축하지 아니하고 2023.8.4. 이를 양도한 이유에 대하여 청구법인 측의 대리인은 경기도 파주시에 군부대가 다수 있어 신축 및 개발 진행이 더뎠으며 자금 압박 등으로 인하여 시작하지 못하고 쟁점토지를 양도하게 되었다고 주장하였다.

(마) 처분청은 청구법인이 양도한 쟁점토지 8필지 중에 쟁점건축물을 대상으로 철거ㆍ멸실이 이루어진 3필지를 제외한 나머지 쟁점연접토지는 비사업용 토지에 해당한다고 보았고, 업무무관 부동산에 따른 지급이자 등 관련 비용을 손금불산입하였으며, 아래 <표2>와 같이 양도차익 OOO원에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 포함하여 2025.6.9. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

<표2> 청구법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 내역

(단위 : 원, %)

(2) 쟁점토지 8필지 중에 처분청이 사업용 토지에 해당하는 것으로 본 3필지(경기도 파주시 OOO)와 쟁점연접토지 5필지(경기도 파주시 OOO)의 위성지도는 아래와 같다.

<아래 사진 삽입을 위한 여백>

<3필지 2020.4.2.자 위성지도(2020.7.17. 매입 후, 철거ㆍ멸실 전)>

<3필지 2023.5.13.자 위성지도(2020년 철거ㆍ멸실 후)>

<쟁점연접토지 5필지 2020.4.2.자 위성지도(2020.7.17. 매입 전)>

(3) 쟁점토지 8필지(경기도 파주시 OOO)의 2023.7.10.자 지적도는 아래와 같다.

<쟁점토지 8필지 지적도(2023.7.10.자)>

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 전시장 및 연구시설 신축을 위한 단일 개발계획으로 일괄 매입한 쟁점토지 8필지가 실질적으로 단일 사업용 부지이므로 쟁점건축물의 철거ㆍ멸실이 이루어진 3필지뿐 아니라, 쟁점연접토지까지 전부를 업무와 관련이 있는 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하나,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

⑦ 제1항 제1호의 규정에 의한 인도한 날의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례) ⑥ 제68조는 법 제55조의2 제1항에 따른 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제4항에 따른 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 같은 조 제2항에도 불구하고 같은 조 제1항 제3호에 따른다.

제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ⑤ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 연접하여 있는 다수 필지의 토지가 하나의 용도에 일괄하여 사용되고 그 총면적이 비사업용 토지 해당여부의 판정기준이 되는 면적(이하 이 항에서 “기준면적”이라 한다)을 초과하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 해당 호의 각 목의 순위에 따른 토지의 전부 또는 일부를 기준면적 초과부분으로 본다.

1. 토지 위에 건축물 및 시설물이 없는 경우

가. 취득시기가 늦은 토지

나. 취득시기가 동일한 경우에는 법인이 선택하는 토지

2. 토지 위에 건축물 또는 시설물이 있는 경우

가. 건축물의 바닥면적 또는 시설물의 수평투영면적을 제외한 토지 중 취득시기가 늦은 토지

나. 취득시기가 동일한 경우에는 법인이 선택하는 토지

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(4) 법인세법 시행규칙

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년( 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "법인의 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우

④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 삭제

2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

나. 「문화재보호법」에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산(지정된 기간에 한한다)

다. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·면허 등을 신청한 법인이 「건축법」 제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한정한다)

라. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 당해사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 착공이 제한된 토지(착공이 제한된 기간에 한한다)

16. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 경우에는 당해건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 5년이 경과되지 아니한 토지

⑥ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 부동산의 취득시기는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정을 준용하되, 동조 제1항 제3호의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 취득의 경우에는 당해 부동산을 사용 또는 수익할 수 있는 날로 한다.

⑧ 제1항의 규정에 의한 부동산의 유예기간을 적용함에 있어서 제5항 제2호 각목의 사유가 발생한 경우 그 기간계산은 다음 각호에 의한다.

1. 제5항 제2호 가목 또는 나목의 규정에 해당하는 경우에는 각각 해당 법령에 의한 사용의 금지·제한이 해제된 날 또는 「문화재보호법」에 의한 보호구역지정이 해제된 날부터 기산할 것

2. 제5항 제2호 다목 또는 라목의 규정에 해당하는 경우에는 건축허가 또는 착공이 제한된 기간을 가산한 기간을 유예기간으로 할 것

⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.

1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산 : 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간

2. 영 제49조 제1항 제1호 나목에 해당하는 부동산 : 취득일(제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년