조심-2025-서-3155 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.6.25. 개업하여 서울특별시 서초구 OOO 사업장에서 건축가설자재 도·소매업 및 주택임대부동산업 등을 영위하는 법인으로, 2014.12.4. 관할 지방자치단체(서울특별시 서초구청)에 5년 임대주택(민간건설)으로 임대사업자등록(OOO)을 한 후, 서울특별시 송파구 OOO 소재 다세대주택 13개호(201호 외 12개호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 건설하여 2014.12.19. 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 2020.8.18.「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)의 개정으로 단기민간임대주택 제도가 폐지되면서 서울특별시 서초구청장은 2021.2.25. 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 청구법인의 임대사업자 등록을 말소하였고, 청구법인은 2023.5.30. 쟁점임대주택에 대하여 장기일반임대주택(10년)으로 서울특별시 서초구청장에게 다시 임대사업자 등록을 하였다.

다. 처분청은 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합점검 결과, 쟁점주택이 2021년〜2022년 종합부동산세 과세기준일 현재 「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조(합산배제 임대주택) 제1항에서 규정하는 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자가 임대하거나 소유하고 있는 주택’에 해당하지 않는다고 보아 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 후, 2024.12.4. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2021년〜2022년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 경정(결정)·고지하였다.

<표1> 종합부동산세 경정(결정)내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.18. 이의신청을 거쳐 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제15조【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성 실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같 다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것 으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한 다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하 여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

(2) 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

제8조【과세표준】 ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하“1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표 준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나.「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. "민간매입임대주택 ” 이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18.>

제6조【임대사업자 등록의 말소】 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

5. 제43조 제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

6. 제43조 제4항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차 계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경 우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

제43조【임대의무기간 및 양도 등】① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없 다.

부칙 <2020.8.18. 제17482호>

제7조【자동 등록 말소 관련 경과조치】제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과 된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본 다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 (2014.7.16. 대통령령 제25483호 일부개정) 제13조【임대주택의 임대의무기간 등】① 법 제16조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 준공공임대주택으로 등록한 민간건설임대주택 또는 매입임대주택: 준공공임대주택의 임대 개시일부터 10년

2. 그 밖의 임대주택: 임대 개시일부터 5년

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 처분청은 2024년 8월 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합점검 결과, 청구법인이 2014.12.4. 서울특별시 서초구청에 한 임대사업자등록이 2021.2.25. 자동말소 처리되어 쟁점주택이 2021년〜2022년 종합부동산세 과세기준일 현재 종부세법 시행령 제3조 제1항에서 규정하고 있는 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자가 임대하거나 소유하고 있는 주택’에 해당하지 않는다고 보아 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 후, 청구인에게 2021년〜2022년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO 을 경정(결정)·고지하였는바, 그 세부 경정내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 종합부동산세 경정결정 내역

① 2021.6.1. 기준 종합부동산세

○○○

② 2022.6.1. 기준 종합부동산세

○○○

(나) 국세통합전산망 조회자료에 의하여 확인되는 청구법인의 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 과세대상 주택 물건명세는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 과세대상 주택 물건명세

○○○

(다) 쟁점주택 집합건축물대장의 주요 내용은 아래 <표4>와 같은바, 용도와 세대수는 다세대주택 13세대로 되어 있고, 2014.5.15. 허가를 얻어 2014.7.8. 착공된 후 2014.11.20. 사용승인을 받은 것으로 등재되어 있다.

<표4> 쟁점건물 집합건축물대장 주요 내용

○○○

(라) 청구법인이 2014.12.4. 서울특별시 서초구청으로부터 발급받은 임대사업자등록증(OOO)의 주요내용은 아래 <표5>와 같은바, 최초 등록시 임대주택의 종류가 ‘5년임대주택(민간)’으로 기재되었다가 같은 날짜에 임대주택의 종류를 ‘5년 임대주택(민간)(건설)’로 변경(기타 신규신청)된 것으로 나타난다.

<표5> 2014.12.4.자 임대사업자등록증 주요내용

○○○

(마) 또한, 서울특별시 서초구청에서 2021.2.25. 말소처리한 청구법인 임대사업자등록증(OOO) 말소내역에 의하면, 변경내역 항목으로 변경 전 사항은 영업구분(등록영업증)이고, 변경 후 사항은 영업구분(폐업) 전체말소를 통한 폐업처리[자동말소(전부)]이며, 변경사유에는 자동말소(2020.8.18. 민간임대주택법 제6조 제5항 개정)로 되어 있는데, 이는 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법에서 종전 의무임대기간 4년의 단기민간임대주택과 의무임대기간 8년의 장기민간임대주택 중 아파트 부분에 대하여 해당 제도를 폐지하는 한편(제2조 제5호 및 제6호), 기존의 해당 임대주택은 위 법 시행일 전에 임대의무기간이 종료한 날 임대주택의 등록이 말소되도록 규정(제6조 제5항)함에 따른 것으로, 서울특별시 서초구청은 쟁점주택이 민간임대주택법 개정(2020.8.18. 시행)에 따라 이 법 시행일 전에 임대의무기간이 경과된 경우에 해당된다고 보아 자동말소 처리하였다.

(바) 한편, 청구법인이 당초 임대사업자등록증 말소 이후 2023.5.30. 서울특별시 서초구청에 등록한 임대사업자등록증(OOO)에 따르면, 주택종류를 장기일반민간임대주택(10년), 주택구분을 건설(당초에는 매입으로 하였다가 2024.10.11. 정정신고)로 하여 임대사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(사) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점주택은 청구법 인이 2014.12.19. 소유권보존등기를 하였고, 2023.6.19. 민간매입주택으 로 등기(원인일 : 2023.5.30. 민간임대주택등록)를 접수한 것으로 나타난 다.

(아) 민간임대주택과 관련된 민간임대주택법 제34조 제1항 규정의 개정연혁은 아래 <표6>과 같은바, 청구법인의 최초 임대사업자등록 시점인 2014.12.4.에는 매입임대․건설임대 구분없이 임대의무기간이 5년인 것으로 나타난다.

<표6> 민간임대주택법 제34조 제1항 규정 개정연혁 요약

○○○

(자) 청구법인이 2022.9.30.과 2023.9.20. 처분청에 제출한 2022년 및 2023년 임대주택 합산배제 (변동)신고서에 의하면, 쟁점주택 13개호에 대하여 임대구분을 공공건설 및 구 민간건설(2018.4.2. 이전 등록)로 하고, 각 다세대주택 호수에 대한 임차인 명세를 기재하여 종부세법 제3조 제8항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고를 한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 주택임대사업자등록에 대한 등록면허세 납부와 관련된 증빙으로 등록면허세 납부영수증을 제출하였는바, 여기에는 청구법인이 2021.2.1.과 2022.1.27. 서초구청에 등록면허세 OOO원을 각각 납부한 것으로 확인된다(2023.6.12.에도 동일 금액의 등록면허세를 납부하였다).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 합산배제 신고를 인정한 당초 결정을 번복하고 2024.12.5.에야 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 건 종합부동산세 등을 부과한 것은 신의성실의 원칙, 법적안정성, 예측가능성을 위반한 것이고, 청구법인이 서울특별시 서초구청의 일방적인 임대사업자등록 말소 이후에도 임대사업 등록면허세 등을 납부하는 등 실질적으로 계속하여 임대사업을 진행하고 있었음에도 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 부당하다고 주장하나, 이 건에 있어 처분청이 청구법인에게 종합부동산세를 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명이 있었다거나 비과세 관행이 성립될 정도의 정황이 확인되지 않으므로 처분청이 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 점검 결과 기존 결정에 오류가 있음을 발견하고, 이를 바로 잡아 종합부동산세를 경정․고지한 것이 신의성실의 원칙에 위배되었다거나 법적안정성 및 예측가능성에 위배되었다고 보기 어려운 점, 종부세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재「소득세법」또는「법인세법」에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하고(조심 2016부3139, 2016.10.26., 조심 2021서2042, 2021.6.21. 등 참조), 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인바, 쟁점주택은 2021년 및 2022년 종합부동산세 과세기준일 현재 임대주택사업자등록이 말소된 청구법인이 보유 하고 있는 주택으로 법 소정의 합산배제 요건을 갖추었다고 보기 어려운 점, 청구법인의 임대사업자등록이 말소된 것은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제3항 의 법률 규정에 의하여 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 민간임대주택법과 종부세법 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상에서 제외하고 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2 호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.