조심-2025-서-1909 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1966.11.3. 설립된 주권상장법인으로, 2014.10.6.까지 환경엔지니어링 산업을 영위하기 위하여 설립된 A 주식회사(이하 “쟁점피합병법인”이라 한다)의 발행주식 전부(지분 100%, 이하 “쟁점포합주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하였고,

이후 쟁점피합병법인이 영업손실의 누적 등으로 자본잠식됨에 따라 회계상 쟁점포합주식의 평가액을 OOO원으로 하여 인식한 손상차손 누계액(OOO원)을 세무조정시 손금불산입(유보)하였다.

나. 청구법인은 2017.4.1. 쟁점포합주식에 대해 신주를 교부하지 아니하는 무증자 방식에 의하여 1:0의 합병비율에 따라 쟁점피합병법인을 흡수합병한 후 2017사업연도 법인세 신고시 쟁점포합주식의 평가액(회계상 OOO원, 세무상 OOO원)에 대한 유보잔액을 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타)하여 소득금액에 영향이 없도록 양편조정하는 방식으로 세무조정하였고,

쟁점피합병법인과의 합병을 「법인세법」 제44조 제3항 에 따른 적격합병으로 보아 쟁점피합병법인의 세무상 유보잔액(OOO원) 과 이월결손금 누계액( △OOO원)을 승계하였다.

다. 청구법인은 2023.3.31. 합병등기일이 속하는 사업연도에 쟁점포합주식의 취득가액(OOO원, 이하 “쟁점포합주식가액”이라 한다)을 손금산입해 야 한다면서 2017사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.10. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.3. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

완전자회사와의 무증자합병으로 인해 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식이 소각된 경우, 해당 주식의 취득가액을 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

5. 합병차익 : 「상법」 제174조 에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액. 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액

2. 주식할인발행차금 : 「상법」 제417조 에 따라 액면미달의 가액으로 신주를 발행하는 경우 그 미달하는 금액과 신주발행비의 합계액

제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 해당 주식등의 발행법인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 부도가 발생한 경우

나. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 경우

다. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우

라. 파산한 경우

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정 : 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정 : 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

(3) 상법

제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.

1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항

3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

6. 합병을 할 날

7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

제527조의3(소규모합병) ① 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다. 다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 경우에 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 기재하여야 한다.

③ 제1항의 경우에 존속하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 소멸하는 회사의 상호 및 본점의 소재지, 합병을 할 날, 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다.

④ 합병후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 제3항의 규정에 의한 공고 또는 통지를 한 날부터 2주내에 회사에 대하여 서면으로 제1항의 합병에 반대하는 의사를 통지한 때에는 제1항 본문의 규정에 의한 합병을 할 수 없다.

⑤ 제1항 본문의 경우에는 제522조의3의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 1997.2.11. 일본법인 주식회사 B와 공동으로 출자하여 쟁점피합병법인을 설립한 후 쟁점피합병법인의 발행주식 420,000주를 OOO원에 취득하였고, 2004.12.23. 쟁점피합병법인의 유상증자시 발행주식 800,000주를 OOO원에 취득하였으며, 2014.10.6. 주식회사 B로부터 쟁점피합병법인의 주식 280,000주를 OOO원에 취득하였고, 이후 합병등기일까지 피합병법인의 발행주식 전부를 소유하였다.

<표1> 쟁점피합병법인의 발행주식 취득내역

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(나) 청구법인은 쟁점피합병법인의 주식가액을 일반기업회계기준에 따라 2010사업연도까지 지분법투자주식 계정으로 회계처리하였으나, 2011사업연도 이후 한국채택국제회계기준(K-IFRS)의 도입으로 공정가치(OOO원)로 평가하여 종속기업투자 계정으로 인식하였고, 2013.12.31. 이후 OOO원으로 평가감하였으며, 법인세 신고시 쟁점포합주식 관련 평가손익 누계액을 부인하여 유보로 세무조정하였다.

<표2> 청구법인의 쟁점포합주식 관련 유보 내역

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(다) 청구법인은 2017.2.16. 쟁점피합병법인과의 무증자합병(합병비율 1:0)에 관한 주요사항보고서를 아래 <표3>과 같이 공시하였다.

<표3> 주요사항보고서(2017.2.16.자) 중 일부

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(라) 청구법인은 2017.4.1.을 합병기일로 하여 2017.4.5. 합병등기한 후 같은 날 합병등종료보고서를 아래 <표4>와 같이 공시하였다.

<표4> 합병등종료보고서(2017.4.5.) 중 합병 전후의 요약재무정보

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(마) 청구법인이 쟁점피합병법인과의 합병에 관하여 세무조정한 내역을 요약하면 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점피합병법인 합병 관련 세무조정내역 요약

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(바) 청구법인은 2017.4.1. 쟁점피합병법인을 무증자방식으로 흡수합병한 후 쟁점피합병법인의 순자산 장부가액 OOO원을 청구법인의 장부가액으로 승계하는 방식으로 회계처리하였다.

<표6> 쟁점피합병법인과의 합병회계처리 요약

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<청구법인이 제시한 합병 회계처리 내역>

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(사) 청구법인은 2017사업연도 법인세 세무조정시 쟁점피합병법인과의 합병을 「법인세법」 제44조 제3항 에 따른 적격합병에 해당하는 것으로 보아 쟁점피합병법인의 유보 잔액과 이월결손금 잔액을 승계하였고, 합병 전 인식한 쟁점포합주식의 평가손익 관련 유보잔액을 양편조정하였다.

<표7> 쟁점피합병법인과의 합병시 세무상 회계처리 요약

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<표8> 청구법인의 2017사업연도 소득금액조정합계표 중 일부

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(아) 쟁점피합병법인의 합병의제사업연도(2017.1.1.∼2017.4.5.)에 대한 법인세 신고서 중 자본금과적립금조정명세서(갑)을 살펴보면, 사업연도말 기준 유보잔액은 OOO원, 이월결손금 누계액은 OOO원으로 확인된다.

<표9> 쟁점피합병법인 합병의제사업연도 자본금과적립금조정명세서(갑)

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(자) 청구법인의 2017사업연도 법인세 신고서에서 쟁점피합병법인의 기말 유보잔액과 이월결손금 누계액은 청구법인에 승계된 것으로 나타난다.

<표10> 합병법인의 2017사업연도 자본금과적립금 조정명세서(갑) 중

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(차) 청구법인은 2023.3.31. 자본잠식상태인 쟁점피합병법인을 무증자방식으로 합병한 것은 합병신주를 교부하지 않고 쟁점포합주식을 소각한 것이어서 자본거래가 아닌 손익거래에 해당하여 합병등기일이 속하는 사업연도에 쟁점포합주식가액을 손금산입하여야 하고,

쟁점 외로 미환류소득을 재계산하여야 한다는 취지로 2017∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원(아래 <표11> 기재)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.10. 2018사업연도 법인세 OOO원을 감액경정한 후 나머지는 거부통지하였다.

<표11> 청구법인의 경정청구 내역

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 완전자회사인 피합병법인과의 무증자합병으로 인해 소멸된 쟁점포합주식가액(OOO원)을 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금산입하여야 한다고 주장하나,

합병법인이 합병 전 보유한 피합병법인의 주식에 대해 신주(자기주식)를 할당하고 이를 소각하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지는 자본거래로 봄이 상당하고, 청구법인이 완전자회사인 쟁점피합병법인을 흡수합병하면서 쟁점포합주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않은 것은 결국 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 그 실질이 다르지 아니한 점, 이는 쟁점피합병법인이 자본잠식상태에 이르러 신주를 교부하지 아니한 경우라 하더라도 달리 보기는 어려운 점(조심 2024부4501, 2026.3.4., 같은 뜻임),

적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 것은 피합병법인의 자산을 시가로 평가하는 경우 발생하는 과세를 이연하기 위한 것이지, 이를 합병 당시 피합병법인의 자산을 장부가액으로 평가한다는 내용으로 볼 수는 없고, 이에 따라 쟁점피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식가액에 미치지 못한다 하더라도 이로 인해 청구법인이 보유한 쟁점포합주식에 대한 손익 실현의 계기가 되는 거래가 있었다고 보기는 어려운 점(OOO),

「법인세법」 제19조 제1항 에서 손금을 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 규정하고 있는바, 이 건 합병으로 인하여 합병당사법인을 기준으로 순자산이 외부로 유출되어 감소된 사정은 없어 보이는 점,

또한, 청구법인은 이 건 합병이 적격합병에 해당하여 쟁점피합병법인의 이월결손금 OOO원을 승계받았음에도, 이에 더하여 투자금 성격인 쟁점포합주식가액(OOO원)을 추가로 손금 산입하게 되면 사실상 이중공제의 효과가 있어 부당한 결과에 이르는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.