조심-2026-부-0309 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상남도 OOO에서 OOO 제조업을 영위하는 법인으로 제23기(2021.4.1.∼2022.3.31.) 및 제24기(2022.4.1.∼2023.3.31.) 사업연도 중 건물 및 기계장치 등과 관련하여 고압케이블 갱신 공사를 포함한 7건의 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하였고, 공사금액 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)에 대해 이를 수선비로 보아 당기 비용(손금)으로 계상하여 제23기∼제24기 사업연도 법인세를 총 OOO원으로 신고·납부하였다.

<표1> 이 사건 공사 및 법인세 신고 내용

○○○

나. 또한 청구법인은 A(주)로부터 2022년 제2기 ∼ 2023년 제1기 각 부가가치세 과세기간에 경상남도 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)에 소재한 공장건물의 철거용역을 공급가액 총 OOO원에 제공받고(이하 “쟁점철거비”라 하며 그 공사를 “쟁점철거공사”라 한다) 그 부가가치세 OOO원을 공제대상 매입세액으로 하여 2022년 제2기 ∼ 2023년 제1기 부가가치세 환급세액을 총 OOO원으로 신고하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.5.28.∼2025.7.22. 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 쟁점공사비를 자본적지출액으로 보아 「법인세법」 제23조 제4항 및 같은 법 시행령 제31조 제2항에 따라 상각범위액을 재계산하여 손금불산입하고, 쟁점철거비 매입세액에 대해서는 토지 관련 매입세액으로 보아 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호 에 따라 이를 공제 부인하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.10.29., 2025.11.3. 제23기∼제24기 법인세 총 OOO원 및 2022년 제2기∼2023년 제1기 과세기간 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 2025.11.28. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점공사비를 자본적 지출로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점철거비 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 과세한 처분의 당부

③ 가산세 부과 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 손비로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 감가상각비로 계상한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

1. 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액

2. 감가상각자산에 대한 대통령령으로 정하는 자본적 지출에 해당하는 금액

⑤ 제1항에 따라 상각범위액을 초과하여 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 후의 사업연도에 대통령령으로 정하는 방법에 따라 손금에 산입한다.

(2) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것)

제31조(즉시상각의 의제) ② 법 제23조 제4항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자본적 지출”이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구

5. 그 밖에 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것

③ 법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 그 수선비를 해당 사업연도의 손비로 계상한 경우에는 제2항에도 불구하고 자본적 지출에 포함하지 않는다.

1. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 600만원 미만인 경우

2. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우

(3) 법인세법 시행규칙(2022.12.31. 기획재정부령 제954호로 개정되기 전의 것)

제17조(수익적 지출의 범위) 다음 각호의 지출은 영 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 한다.

1. 건물 또는 벽의 도장

2. 파손된 유리나 기와의 대체

3. 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체

4. 자동차 타이어의 대체

5. 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구ㆍ도장 및 유리의 삽입

6. 기타 조업가능한 상태의 유지등 제1호 내지 제5호와 유사한 것

(4) 부가가치세법(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정되기 전의 것)

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

(5) 부가가치세법 시행령(2023.9.26. 대통령령 제33735호로 개정되기 전의 것)

제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

(6) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것)

제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 쟁점공사1(1A동 고압케이블교체공사 : OOO원)

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

○○○

<표14> 쟁점공사6 현장사진

○○○

(사) 쟁점공사7(4B동 무선랜 추가 케이블공사 : OOO원)

쟁점공사7 공사완료보고서 등에 의하면 청구법인은 해당 설비를 4B동으로 이전하면서 설비 점검용 무선랜 감지기 및 케이블을 추가 설치하기 위해 쟁점공사를 시행한 것으로 확인된다.

<표15> 쟁점공사7 현장사진

○○○

(아) 청구법인이 제출한 소액수선비 검토 내용은 아래와 같다.

<표16> 소액수선비 검토표

○○○

(자) 처분청은 쟁점공사와 유사한 공사 등에 대해 청구법인이 자본적지출로 계상한 내역을 아래와 같이 제출하였다.

<표17> 청구법인 자산내역서 중 쟁점공사와 유사항목

○○○

(차) 경상남도 OOO시청 공문(OOO)에 의하면, 경상남도 OOO(쟁점토지)에 소재한 청구법인 소유 공장건물에 대한 해체완료신고는 2023년 4월 및 2023년 5월에 처리된 것이 확인된다.

<표18> 쟁점철거공사 관련 OOO시청 공문

○○○

(카) 조사청이 세무조사 당시 촬영한 사진에 의하면, 쟁점토지는 건물ㆍ구축물 등이 없는 나대지로 확인된다.

(타) OOO시청 공문(회신 메일)에 의하면 쟁점토지에 건물 등 착공 신고는 없는 것으로 확인된다.

(파) 청구법인의 이사회 회의록(일자 : 2023.4.25.)에 의하면, 청구법인은 이사회에 쟁점토지에 소재한 공장건물, 사무실건물, 창고건물 등의 철거를 2023년 5월 중순까지 완료하고 B와 연계하여 쟁점토지를 매각하는 것으로 보고한 것이 확인된다.

<표17> 이사회 회의록(2023.4.25., 청구법인 제1회의실)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 살펴본다.

(가) 「법인세법 시행령」 제31조 제2항 에서 “자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비”로 규정하고 있고, 제3항 제2호에서 “법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우 제2항에도 불구하고 자본적 지출에 포함하지 않는다”고 규정하고 있다. 또한 같은 법 시행규칙 제17조 제3호에서 ‘기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체’를 자본적 지출에 해당하지 않는 경우로 규정하고 있다.

(나) 쟁점공사1에 대해 처분청은 약 21년만에 이루어진 공사로 주요 설비의 교체에 해당하고 단순한 수선에 해당하지 않아 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 쟁점공사1은 공장건물에 전력을 안정적으로 공급하기 위해 케이블을 교체한 공사로 노후화된 전력공급 설비의 교체를 통해 기존 전력공급 기능을 유지하고 공장의 생산활동을 원활하게 하기 위한 공사로 보이고, 전기설비의 구조나 용량의 변경 없이 기존 기능을 유지하기 위한 범위 내에서 이루어진 것으로 보이는 점, 해당 공사금액이 직전 사업연도말 건물 장부가액 대비 1.7% 수준에 불과하여 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 에서 정한 소액수선비 기준에 해당할 여지가 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점공사1에 대해 자본적 지출이라고 단정하기 어려워 보인다.

다만, 처분청은 1A동 건물을 위해 지출된 다른 수선비가 있을 수 있다는 의견을 제시하였으므로, 처분청은 1A동 건물에 대한 다른 수선비를 확인하여 1A동 건물 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 1A동 건물 가액의 100분의 5에 미달하여 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 다음으로, 쟁점공사2에 대해 처분청은 환기설비를 추가로 설치하여 공장건물의 기능 및 가치를 증가시킨 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 쟁점공사2의 금액이 직전 사업연도말 건물 장부가액 대비 5% 미만에 해당하는 수준으로 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 에서 정한 소액수선비 기준에 해당할 여지가 있어 보인다.

다만, 처분청은 2B동 건물을 위해 지출된 다른 수선비가 있을 수 있다는 의견을 제시하였으므로, 처분청은 2B동 건물에 대한 다른 수선비를 확인하여 2B동 건물 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 2B동 건물 가액의 100분의 5에 미달하여 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라) 다음으로 쟁점공사3에 대해 청구법인은 사원들의 건강증진과 금연사업장 운영계획에 따라 흡연부스를 임시로 설치한 것에 불과하다고 주장하나, 쟁점공사3은 공장 외부에 별도의 구조물을 설치한 것으로 기존 자산의 단순한 수선 또는 유지·보수 범위를 벗어나 새로운 자산의 취득으로 보이는 점, 설치 형태 및 이용 실태 등을 미루어 볼 때 쟁점공사3에 따라 설치된 흡연부스는 일정 기간 계속 사용을 전제로 설치된 것으로 단순히 가설물이나 일시적 설비로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점공사3을 자본적 지출에 해당한다고 보아 손금불산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(마) 다음으로 쟁점공사4에 대해 처분청은 해당 로터가 폐가스를 RTO로 배출하는 기능을 수행하는 주요 부품에 해당하고 그 교체주기가 10년에 이르므로 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 쟁점공사4 도급계약서에 따르면 농축장치의 정기교환계획에 따라 공사가 수행된 것으로 이는 RTO 설비의 정상적인 가동을 위하여 노후화된 로터를 교체한 것으로 보이고 부품의 교체주기가 장기간이라는 사정만으로 이를 자본적 지출에 해당한다고 단정하기는 어려워 보이는 점, 「법인세법 시행규칙」 제17조 제3호 에서 기계장치의 소모된 부품 또는 벨트의 대체는 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때 쟁점공사4는 단순한 기능 유지 목적의 부품 교체에 해당할 여지가 있어 보이므로, 처분청은 종전 내부로터의 내용연수와 교체 내부로터의 내용연수가 동일한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(바) 다음으로 쟁점공사5에 대해 처분청은 해당 배관이 공기압축기에 연결되어 공기를 공급하는 기능을 수행하는 주요 부품에 해당하므로 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 쟁점공사5 도급계약서에 의하면 쟁점공사5는 에어배관 및 탱크 노후 및 누식으로 에어 누수가 발생하고 있어 안정적인 공기공급을 유지하기 위해 일부 배관을 교체한 것으로 확인되는바, 이는 기존 설비와 동일한 사양의 배관으로 교체한 것으로 해당 공사로 인하여 설비의 가치가 향상되었거나 내용연수가 연장되었다기 보다는 기존 기능의 유지에 그치는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점공사5를 자본적 지출로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(사) 다음으로 쟁점공사6에 대해 청구법인은 우천 및 직사광선으로부터 자재를 보호하고 하역 작업 편의를 위해 진행한 것으로 자본적 지출이라고 할 수 없다고 주장하나, 쟁점공사6은 지붕이 없는 작업장에 구조물을 새로 설치한 것으로 우천시에도 하역작업이 가능하게 하고 직사광선으로 인한 자재 변질을 방지할 수 있도록 함으로써 작업장의 기능이 실질적으로 향상된 것으로 보이는바, 쟁점공사6은 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하므로 처분청이 이를 손금불산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(아) 다음으로 쟁점공사7에 대해 청구법인은 개별자산별 지출한 금액이 OOO원미만에 해당하는 소액수선비라고 주장하나, 공사완료보고서, 배치도, 현장사진 등에 의하면 쟁점공사7은 기존 설비의 일부를 보수하거나 교체한 것이 아니라 무선랜 감지기 및 케이블을 추가로 설치한 것으로서 이는 새로운 설비를 취득하여 기존 설비에 기능을 확장한 것으로 보이는바, 쟁점공사7은 기존 자산의 수선비가 아니라 새로운 자산의 취득에 따른 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하므로 처분청이 이를 손금불산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점철거비가 사업장 폐쇄에 따른 자산 정리과정에서 발생한 비용으로 과세사업과 관련된 매입세액으로 공제되어야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제3호에 따르면 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 대해서는 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 공장건물 철거 이후 이 사건 심리일까지 나대지 상태로 유지되고 있는 점, 청구법인 이사회 회의록에 의하면 쟁점철거공사는 쟁점토지를 매각하기 위하여 진행된 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점철거비는 쟁점토지의 원활한 양도를 위해 지출된 비용으로 이는 토지 관련 매입세액으로 봄이 타당하다. 따라서 쟁점철거비와 관련된 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 이를 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 이러한 제재를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 2009.4.23. 선고 2007두3107 판결, 같은 뜻임), 이 사건의 경우 청구법인에게 달리 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어려워 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.