조심-2025-중-3675 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002년 설립되어 건강기능식품의 개발, 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 2019사업연도 기간 동안 여섯 차례에 걸쳐 각각 지분율 100%인 미국 소재 해외자회사 OOO(이하 “미국자회사”라 한다)와 호주 소재 해외자회사 OOO(이하 “호주자회사”라 하고, “미국자회사”와 “호주자회사”를 통틀어 “쟁점자회사들”이라 한다)에 대한 유상증자에 참여하여 주금납입상계방식으로 쟁점자회사들에 대한 외화대부채권을 출자로 전환하고 쟁점자회사들의 신주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)하면서,

취득한 쟁점자회사들 신주의 취득가액을 취득 당시의 시가(1주당 OOO원, 보충적 평가액)가 아닌 쟁점자회사들 대부채권의 장부가액(미국 자회사 주식 1주당 USD OOO 총 20,500,000주, 호주자회사 주식 1주당 AU D OOO 총 10,000,000주)으로 처리하고, 외화환산에 따른 차액만을 외환차익 또는 외환차손으로 계상하였다.

나. 청구법인은 2020.3.26. 별도의 세무조정 없이 2019사 업연도 법인세 과세표준 OOO원 및 세액 OOO원을 신고·납부하였고, 2025.3.31. 처분청에게 쟁점주식의 시가와 쟁점출자 전환으로 소멸된 쟁 점자회사들에 대한 대부채권 가액의 차액인 OOO원 (이하 “쟁점 출자전환손실”이라 한다)을 2019사업연도 세무상 손금에 산입하여 법 인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2025.6.16. “쟁점출자전환은 액면발행으로서 「법인세법」상 ‘자본거래’에 해당하여 ‘출자전환손실(손금)’이 발생할 여지가 없고, 현지법인의 자본잠식, 순손익 및 순자산 등 재무상황의 추이만으로는 쟁점주식의 보충적 평가액을 장부가액보다 적게 평가할 만한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려움”이라는 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.21. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점출자전환을 하면서 신주를 액면가액으로 인수함에 따라 발생한 취득주식의 액면가액과 시가와의 차액을 출자전환일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하여야한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리에 자료에 따르면 다음과 같이 사실관계가 확인된다.

(가) 쟁점자회사들의 2018사업연도부터 5년간(2018~2022사업연도) 기말 재무상태표는 아래 <표2>, 매출액 등 증감 추이는 <표3>과 같으며, 두 법인 모두 자본총계가 음수인 해가 존재하고, 2018~2022 사업연도에 순손실이 발생했음이 확인된다.

<표 삽입을 위한 여백>

<표2> 쟁점자회사들의 기말 재무상태표

(단위 : 백만원)

<표3> 쟁점자회사들의 매출액 등

(나) 청구법인의 미국자회사에 대한 2019사업연도 출자전환 내역은 아래 <표4>, 출자전환 손실은 <표5>와 같으며, 호주자회사에 대한 2019 사업연도 출자전환 내역은 아래 <표6>, 출자전환으로 인한 손실은 <표7>과 같다.

<표4> 청구법인의 미국자회사에 대한 출자전환 내역

<표5> 청구법인의 미국자회사 출자전환으로 인한 손실

<표 삽입을 위한 여백>

<표6> 청구법인의 호주자회사에 대한 출자전환 내역

<표7> 청구법인의 호주자회사 출자전환으로 인한 손실

(다) 2018~2022사업연도 청구법인의 쟁점자회사들에 대한 대여금 출자전환 내역은 아래의 <표8>과 같다.

<표8> 청구법인의 쟁점자회사들에 대한 대여금 출자전환 내역

(라) 중부지방국세청장은 2023.9.14.부터 2023.12.6.까지 청구법인에 세무조사를 실시하고 쟁점출자전환과 동일한 취지의 2018사업연도 출 자전환에 대해 구 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제3호 본문의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2024.3.4. 청구법인의 2018사업연도 소득에 OOO원을 익금산입하는 내용의 소득금액변동통지를 하였으나, 우리 원은 청구법인의 위 출자전환의 경제적 합리성을 인정하여 소득금액변동통지 취소 결정(조심 2024중2603, 2024.11.14.)을 하였다 .

(마) 쟁점자회사들 모두 OOO 등 타 금융기관과 차입약정시 지급불능(파산), 자본잠식(부채가액이 자산가액을 초과) 및 차입자 또는 보증인의 모든 채무와 관련하여 지급 유예가 선언되는 경우 등의 상황이 발생하면, 추가 대출이 중단되고 차입금 및 관련이자를 즉시상환하여야 하는 내용의 계약을 체결한 사실이 확인된다.

(바) 청구법인 및 쟁점자회사들이 「법인세법 시행령」제15조 제1항 각 호에 해당하지 않는다는 사실 에 대한 별도의 다툼은 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 사건에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점출자전환이 액면발행 형태로 이루어져 취득가액은 액 면가액이고, 자본거래에 해당된다는 점, 쟁점자회사들이 휴업·폐업 또는 청산 등 절차에 있다고 보기 어려워 보충적 평가방법으로 평가한 쟁점주식의 가치가 대여금의 장부가액에 미치지 못할 ‘정당한 사유’가 없는 점, 쟁점출자전환의 통상성을 인정하기 어렵다는 점 등에 비추어 쟁점출자전환손실이 손금 산입 대상이 될 수 없다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 채무의 출자전환을 통하여 쟁점자회사들에 대한 채권을 소멸시키는 대신 쟁점자회사들의 신주를 취득하는 것으로서, 채권의 소멸과 신주의 취득은 서로 대가관계에 있다고 보아야 하는바, 채무의 출자전환은 하나의 거래를 구성하는 것이므로, 그 전후를 비교하여 청구법인의 순자산의 증감이 있었는지 따져 과세하는 것이 타당(대법원 2024.5.31.선고 2024두34818 판결 참조)하므로 쟁점출자전환은 자본거래가 아닌 손익거래에 해당된다고 볼 수 있는 점,

처분청 의견과 같이 쟁점주식의 보충적 시가평가 시 ‘정당한 사유’를 고려하더도, 이는 쟁점주식의 시가가 청구법인이 기존에 보유한 대여금의 장부가액보다 낮은 경우가 아닌, 쟁점주식의 시가가 보충적 시가평가의 기준이 된 쟁점자회사들이 보유한 자산의 장부가액보다 낮은 경우 고려하여야 하는 것이 상증세법 시행령 제55조 제1항의 취지로 보이는 점,

처분청이 제시 한 수원지방법원 2023.2.16. 선고 2021구합73059 판결(대법원 2024.9.13. 선고 2024두42123 판결로 확정) 사건의 경우 해당 사건 원고가 취득한 주식의 시가는 OOO원이었으며, 해당 법원은 “선순위 채권자들의 재무구조 개선 요구 및 미이행시 해당 사건 원고에게 지급보증채무 이행을 요구하였을 것이라는 점을 인정할 증거가 없다”고 판결했으나, 쟁점주식의 시가는 OOO원이 아닌 주당 OOO원(미국자회사 주식) 및 OOO원(호주자회사주식)이었고, 쟁점자회사들과 OOO 등 타금융기관의 계약서상 자본잠식 등 사유에 따른 즉시상환의무가 규정되어 있는바[위 사실관계 (마) 참조], 쟁점자회사들의 자본잠식으로 인한 차 입금 및 관련이자 즉시상환의무 위험과 이에 따른 청구법인의 지급보증의무이 행의 위험이 현실화되었다고 볼 수 있는 점,

쟁점자회사들은 「법인세법 시행령」 제15조 제1항 각 호에 해당하지 않으므로 쟁점주식의 취득가액은 「법인세법」제 41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4의2에 따라 액면가액이 아닌 취득 당시의 시가이며, 향후 쟁점주식의 처분시 가치상승에 따른 양도차익이 발생할 경우 이를 익금산입하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점출자전환에 따라 청구법인에게 발생한 쟁점출자전환손실은 손금으로 인정하는 것이 타당한 점,

그 외 쟁점출자전환의 경제적 합리성을 달리 부정할만한 정황이 보 이지 않고, 청구법인의 손금산입을 인정하지 않을 사유가 분명하지 않은 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점출자전환손실을 손금으로 산입하여 2019사업연도 법인세 경정청구를 제기한 것에 대한 처분청의 이 건 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법 (2018.12.31. 법률 제16096호로 개정)

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감 소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 “대손금”(貸損金)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

⑤ 대손금의 범위와 처리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제24조(기부금의 손금불산입) ① 이 조에서 “기부금”이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

제25조(접대비의 손금불산입) ① 이 조에서 “접대비”란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정)

제15조(주식발행액면초과액 등) ① 법 제17조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 채무를 출자로 전 환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채 무를 출자전환하는 경우로서 해당 주식등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하여 발행된 금액

2. 「기업구조조정 촉진법」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업 이 채무를 출자전환하는 경우로서 해당 주식등의 시가(시가가 액 면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액

3. 해당 법인에 대하여 채권을 보유하고 있는 「금융실명거래 및 비 밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 금융회사등과 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 법인이 채무를 출자로 전환하는 경우로서 해당 주식등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액

4. 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제10조 에 따른 사업재편계획승인을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우로서 해당 주식등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액을 말한다)를 초과하는 금액

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 「어음법」에 따른 소멸시효가 완성된 어음

3. 「수표법」에 따른 소멸시효가 완성된 수표

4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

5의2. 「서민의 금융생활 지원에 관한 법률」에 따른 채무조정을 받아 같은 법 제75조의 신용회복지원협약에 따라 면책으로 확정된 채권

6. 「민사집행법」 제102조 에 따라 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의