조심-2026-부-0917 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.1.13. 설립되어 부동산 개발 및 임대업을 주업으로 하는 법인으로, 2021.2.25. 제주특별자치도 OOO번지 임야 9,393㎡(2020.8.20. 위 동소 OOO번지에서 필지분할된 것으로, 이하 “쟁점①토지”라 하고, 필지분할 전의 것을 “분할전OOO번지”라 한다), 동소 OOO번지 임야 1,214㎡(청구법인의 공유지분 : 11891130분의 3966975, 이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다 ) 를 OOO원에 A에게 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였으나, 2022.5.2. 2021사업연도 법인세 신고 시 신고누락하였다.

나. 처분청은 2024.7.2. 청구법인에게 비사업용토지 양도소득 신고누락에 따른 해명자료 제출을 안내하였고, 청구법인은 이에 따라 2024.11.26. 쟁점토지의 양도대금 OOO원을 익금산입하고, 관련 취득원가 OOO원을 손금산입하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 수정신고하였으나, 무납부하여 2025.1.17. 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 한편 청구법인 의 전 대표이사인 B은 사기 등을 이유로 C, D, E(이하 “쟁점매수인들”이라 한다)을 고소하였고, 2024.4.16. 형사판결에서 쟁점매수인들의 사기죄 등으로 최종 유죄판결이 확정되었으며, 쟁점거래와 관하여 청구법인은 2024.10.15. 제주지방법원에 A 및 쟁점매수인들을 상대로 손해배상(손해배상액 OOO원)을 구하는 민사소송을 접수하였고, 제주지방법원은 2025.8.21. 청구취지를 인용하여 A 및 쟁점매수인들이 청구법인에게 손해배상액 OOO원을 지급하라는 판결(이하 “쟁점민사판결”이라 한다)을 선고하였다.

라. 청구법인은 2025.9.12. 쟁점거래가 무효에 해당한다며 2021사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.11.12.까지 이에 대한 처리결과를 통지하지 아니하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.30. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매매계약이 무효가 되었으므로 법인세를 경정해달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(2) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(3) 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

(4) 민법

제110조(사기, 강박에 의한 의사표시) ① 사기나 강박에 의한 의사표시는 취소할 수 있다.

② 상대방있는 의사표시에 관하여 제삼자가 사기나 강박을 행한 경우에는 상대방이 그 사실을 알았거나 알 수 있었을 경우에 한하여 그 의사표시를 취소할 수 있다.

③ 전2항의 의사표시의 취소는 선의의 제삼자에게 대항하지 못한다.

제141조(취소의 효과) 취소된 법률행위는 처음부터 무효인 것으로 본다. 다만, 제한능력자는 그 행위로 인하여 받은 이익이 현존하는 한도에서 상환(償還)할 책임이 있다.

제146조(취소권의 소멸) 취소권은 추인할 수 있는 날로부터 3년내에 법률행위를 한 날로부터 10년내에 행사하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2021.2.10. 쟁점토지 양도 당시 B이 대표이사였고, B, B의 배우자(F), 그 자녀들이 주주로 구성되어 있었으며, 분할전OOO번지를 공유취득한 주식회사 G 및 주식회사 H은 청구법인의 전 대표이사인 B의 인척이 소유하고 있는 법인으로 확인된다.

(나) 법인 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인의 현 대표이사인 I는 2022.1.12. 청구법인의 사내이사로 취임하였고, 청구법인의 전 대표이사 B, 배우자, 그 자녀들은 2022.1.12. 청구법인의 사내이사 감사직을 사임한 것으로 나타난다.

(다) 등기사항전부증명서에서 확인되는 쟁점토지의 소유권 변동현황은 아래와 같은바, J 외 3은 2016.2.26. 분할전OOO번지(37,182㎡) 및 제주특별자치도 OOO번지를 공유재산으로 취득하였고, 필지분할 및 지분관계를 정리하면서 청구법인 외 2는 2020.11.2. 제주특별자치도 OOO 번지(8,530㎡)를 청구법인의 전 대표이사의 배우자에게 증여하였다.

(라) 쟁점토지의 부동산 등기사항전부증명서에 의하면, A은 2021.2.10. 쟁점토지에 대하여 2021.1.12. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였고, 쟁점토지는 같은 날 A을 채무자로 하여 쟁점토지에 근저당권이 설정되었고, 2022.11.9. 강제경매(2022.11.7.)를 원인으로 소유권이 제3자에게 이전된 것으로 확인된다.

(마) 청구법인의 전 대표이사 B은 2020.6.11. C과 사이에 분할전OOO번지(35,846㎡)를 OOO원에, OOO(1,214㎡, 청구법인․주식회사 G․주식회사 H 공유, 청구법인 공유지분 : 11891130분의 3966975)번지의 토지를 OOO원에 매매하기로 가계약을 체결하였고, 분할전OOO번지는 2020.8.20. 분할후 OOO번지(8,530㎡, F 소유)와 OOO(1,336㎡, 주식회사 K소유), OOO(8,961㎡, 주식회사 H 소유), OOO(8,962㎡, 주식회사 G 소유), OOO(9,393㎡, 청구법인 소유)번지의 4필지로 분할되었다.

(바) 청구법인의 전 대표이사 B은 2020.8.14. C과 사이에 필지분할된 OOO번지의 토지 및 OOO 토지(1,214㎡ 중 청구법인 공유지분 : 11891130분의 3966975)를 합계 OOO원에, 2020.12.3. OOO번지(분할후)를 OOO원에 각 매매하기로 하고, 각 매수인을 A으로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

(사) 청구법인의 전 대표이사인 B은 사기 등을 이유로 쟁점매수인들을 고소하였고, 아래와 같이 쟁점형사판결에서 쟁점매수인들의 유죄가 선고된 것으로 나타난다.

<부산지방법원 2023.9.8. 선고 OOO 외 4(병합) 판결>

○○○

(아) 청구법 인은 2024.10.15. A 및 쟁점매수인들을 상대로 민사소송을 제기하였고, 제주지방법원은 2025.8.21. 청구취지를 인용하여 A 및 쟁점매수인들이 청구법인에게 손해배상액 OOO원을 지급하라는 판결(제주지방법원 2025.8.21. 선고 OOO 판결, 2025.9.13. 확정, 주요 내용은 <별지> 기재)을 선고하였다.

(자) 우리 원은 쟁점거래의 과정에서 청구법인이 2020.11.2. 제주특별자치도 OOO 번지(8,530㎡)를 청구법인의 전 대표이사의 배우자(F)에게 증여한 사건과 관련하여 아래 <표>와 같이 인용결정(조심 2024부2559, 2024.6.12.)을 하였다.

<조심 2024부2559, 2024.6.12., 주요 내용>

○○○

(차) 청구법인은 대표이사 정정 이후 쟁점거래에 대하여 뒤늦게 확인함에 따라 장부상 회계처리가 이루어지지 않았고, 이후 2022사업연도 기말 결산 시점에 토지의 장부가액을 제거하기 위하여 전 대표이사가 배우자에게 증여한 부분 OOO원은 기부금으로 계상 후 손금불산입하였으며, OOO원은 당시 대표이사 미수금(가수금)과 상계 처리하였고, 쟁점토지가 사기로 인해 매매되었음을 인지하고 2023년 초순경 전년도에 제거된 토지의 장부가액 중 기부금 계상금은 전기오류 수정이익으로 계상하여 토지가액을 원상복구하였으며, 미수금과 상계처리했던 OOO원도 원상회복하였는바, 이로 인해 해당 사업연도의 손익에 영향을 미치지 아니하였다는 취지의 답변을 하였다

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매수인들의 재산상태 등 양도대금(외상매출금)을 받을 수 없을지를 판단할 객관적 증빙이 다소 부족해 보이므로 당초 처분은 적법하다는 의견이나,

「민법」제110조 제1항에서 사기나 강박에 의한 의사표시는 취소할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제141조에서 취소된 법률행위는 처음부터 무효인 것으로 본다라고 규정하고 있는바,

청구법인이 쟁점매수인들의 사기에 기인하여 쟁점토지의 소유권을 편취당한 경위가 쟁점형사판결에서 확인되는 점, 쟁점형사판결에 의하면 2020년 6월경 쟁점매수인들과의 거래교섭이 시작되어 당시 청구법인의 대표이사인 B과 C 사이에 구두로 매매 가계약이 체결된 것으로 나타나고, 그 후 필지 분할 및 쟁점토지의 매매 등 일련의 거래가 쟁점매수인들의 기망행위에 의한 것으로 보이는 점, 청구법인이 민사소송에서 쟁점매수인들의 사기로 인하여 쟁점거래를 취소하였으므로 양도대금(외상매출금)을 받을 권리가 있다고 보기 어려운 점, 설령 처분청의 위 의견을 양도대금(외상매출금) 상당의 손해배상채권이 존재하므로 이를 청구법인의 2021사업연도에 인식하여야 한다는 것으로 선해하더라도 세법상 손익의 귀속시기는 권리의무확정주의를 채택하고 있는바, 계약의 취소로 인하여 계약이 소급무효가 될 때에는 원칙적으로 원상회복의무(원물반환)가 발생할 뿐이고, 더불어 손해배상의무가 계약 체결시점에 발생하였다고 할 수 없는 등 2021사업연도에는 청구법인의 손해배상채권이 확정되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 2021사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.