조심-2025-서-1176 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.8.29. 서울특별시 동대문구 OOO소재 근린생활시설 6층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 보유하던 중, 2011년 6월경 3층부터 6층까지 4개 층을 도시형 생활주택으로 용도 변경하는 공사를 실시하여 2012.5.18. 사용승인을 받은 후 현재까지 주택임대사업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2012.10.4. 쟁점건물 4층에서 6층까지 71개 호실(이하 “쟁점①임대주택”이라 한다)을 매입임대주택으로 하여 서울특별시 동대문구청에 주택임대사업자를 등록OOO하였고, 2013.7.13. 위 주택임대사업자 등록번호에 쟁점건물 3층의 29개 호실(이하 “쟁점②임대주택”이라 하고, 쟁점①임대주택과 합하여 “쟁점임대주택”이라 한다)을 매입임대주택으로 추가 등록하였다.

한편, 2020.8.18.「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 개정으로 아파트에 대한 장기일반 민간임대주택 제도가 폐지됨에 따라 서울특별시 동대문구청장은 2020.10.13. 도시형 생활주택인 쟁점주택을 아파트로 보아 주택 임대사업자등록을 자동말소(이하 “쟁점말소처분”이라 한다)하였다.

다. 처분청은 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검을 실시한 결과, 2021‧2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점임대주택이 「종합부동산세법 시행령」(이하 법률은 “종부세법”, 시행령은 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항에 따라 민간임대주택법 제2조 제2호 내지 제3호에 따른 민간임대주택으로 등록되지 아니하여 종합부동산세 합산배제 대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 2024.12.9. 청구법인에게 2021․ 2022년 귀속 종합부동산 합계 OOO원(농어촌특별세 OOO 원 포함)을 각각 경정․고지하였다.

<표1> 2021․2022년 귀속 종합부동산 부과처분 내역

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적) 2020.8.8. 개정된 민간임대주택법에 따라 쟁점임대주택(도시형 생활주택)을 자동 말소한 처분이 당연무효이므로 주택임대업이 계속 유지된 것으로 보아 종합부동산세 합산배제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적) 말소 이후 쟁점임대주택의 (건설)임대주택사업자 재등록의 처음 신청일(2020.9.10.)에 건설임대 내지 매입임대주택 사업자로 재등록된 것으로 보아 종합부동산세 합산배제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점임대주택에 대한 기본사항은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2003.8.29. 쟁점건물을 신축하여 현재까지 소유하고 있고, 2011‧2012년경 건물의 3〜6층(100개 호실) 용도를 아래 <표2>와 같이 도시형 생활주택(100개 호실)으로 변경하였다.

<표2> 쟁점건물의 용도 변경 전․후 내역

(나) 쟁점건물에 대한 사용검사 신청서 등에 의하면, 쟁점건물의 4〜6층은 2011.6.1. 도시형 생활주택(원룸형)으로 용도 변경하는 사업계획승인을 받아 2012.7.15. 사용검사를 받았고, 3층은 2012.11.22. 도시형 생활주택(원룸형)으로 용도 변경하는 사업계획을 승인받아 2013. 6.28. 사용검사를 받은 것으로 나타난다.

(다) 쟁점임대주택과 관련한 민간임대주택법상 임대사업자 등록 및 말소내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점임대주택의 임대사업자 등록‧말소 내역

(2) 이 건 종합부동산세 부과처분 경위 및 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점임대주택은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 임대의무기간(8년)이 종료되어 2020.10.13. 자동 말소되었고, 이후 아파트가 아닌 ‘도시형 생활주택’을 이유로 하여 2022.7.7. 및 2023.6.2. 건설․매입임대주택으로 등록되었다.

(나) 청구법인의 쟁점임대주택에 대하여 당초 2021‧2022년 귀속 종합부동산세가 합산배제 되었으나, 처분청은 합산배제 적정여부 등에 점검을 실시한 결과, 청구법인이 2021‧2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 주택임대사업자 등록이 말소된 상태에서 쟁점임대주택을 임대하고 있는 것을 확인한 후 종합부동산세 합산배제를 부인하여, 청구법인에게 2021․2022년 귀속 종합부동산세를 부과하였다.

(3) 청구법인은 쟁점임대주택의 주택유형을 ‘건설임대주택’으로 표기하여 2020.9.10., 2021.3.19., 2021.10.15. 서울특별시 동대문구청장에게 주택임대사업자 등록을 신청하였다고 주장하며, 사업자등록신청서 사본과 법인 인감 사용대장 등을 제출하였다.

(가) 청구법인은 2020.9.10. 서울특별시 동대문구청장에게 쟁점임대주택을 실질에 맞게 ‘민간건설임대주택’으로 변경‧등록하여 달라고 임대사업자 등록을 신청하였으나, 서울특별시 동대문구청장은 이를 반려하였다.

(나) 서울특별시 동대문구청장은 2020.10.13. 쟁점임대주택을 아파트로 보아 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법에 따라 자동말소하면서, 청구법인에게는 별도의 통지를 하지 아니하였다.

(다) 이후 청구법인은 2021.3.19. 서울특별시 동대문구청장에게 쟁점임대주택을 ‘민간건설임대주택’ 등록을 신청하였으나, 서울특별시 동대문구청장은 이를 반려하였다.

(라) 청구법인은 2021.10.5. 민간건설임대주택의 주택임대사업자 등록을 재차 신청하자, 서울특별시 동대문구청장은 2022.7.7. 비로소 청구법인의 신청내용을 일부 받아들여, 쟁점②임대주택은 ‘민간건설임대주택’으로 등록 수리하고, 쟁점①임대주택은 신청일부터 1년여가 지난 2023.6.2. ‘민간매입임대주택’으로 등록 수리하였다.

(4) 청구법인은 쟁점말소처분과 이후 쟁점임대주택에 대한 민간건설임대주택 등록이 되지 아니한 데 대하여 다음과 같이 행정소송을 진행하고 있다.

(가) 청구법인은 위 사업자등록신청에 대하여 서울특별시 동대문구청장이 쟁점①임대주택의 주택유형을 ‘매입임대주택’으로 변경하여 등록한 것에 대해 2023.8.22. 국민권익위원회에 주택유형을 ‘건설임대주택’으로 변경하여 달라는 내용의 고충민원을 제기하였고, 국민권익위원회는 2023.12.18. 주택유형을 ‘건설임대’로 변경할 것을 의견 표명하였다.

(나) 국민권익위원회의 의결서(2023.12.18.)에 따르면, 청구법인은 쟁점임대주택을 건설하고 현재까지 소유권 변동 없이 소유하고 있는 점, 쟁점①임대주택을 분양하고자 분양신청 하거나 실제 분양한 사실이 없이, 최초 사용검사 당시부터 임대차계약을 체결하여 현재까지 임대하고 있는 점, 쟁점①임대주택은 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간매입임대주택으로 보기 어려운 점 등을 종합하여 쟁점①임대주택의 임대주택유형을 민간건설임대주택으로 변경하는 것이 바람직하다고 판단하였다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주 택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

3. 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대하는 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 임대사업자가 임대주택법, 민간임대주택법 제3장에 따른 임대사업자 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 한 경우에는 해당 연도의 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임 대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[ 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있을 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

7. 건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것

나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있을 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항 에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

제10조(추징액 등) ① 법 제17조 제5항 제1호에 따라 추징해야 하는 경감받은 세액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

1. 합산배제 임대주택 또는 가정어린이집용 주택(이하 “합산배제 임대주택등”이라 한다)으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택으로 보고 계산한 세액

2. 합산배제 임대주택등으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 주택으로 보고 계산한 세액

② 법 제17조 제5항 제1호에 따라 추징해야 하는 이자상당가산액은 제1항에 따라 계산한 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 합산배제 임대주택등으로 신고한 매 과세연도(제3조 제9항 단서 및 제4조 제5항 단서에 따라 신고하지 않은 과세연도를 포함한다)의 납부기한 다음 날부터 법 제17조 제5항 제1호에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 1일당 10만분의 22

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하지 않는다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제1항 제11호 또는 같은 조 제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(4) 민간임대주택에 관한 특별법

(가) 2020.8.18. 법률 제1482호로 일부 개정된 것

제1조(목적) 이 법은 민간임대주택의 건설ㆍ공급 및 관리와 민간 주택임대사업자 육성 등에 관한 사항을 정함으로써 민간임대주택의 공급을 촉진하고 국민의 주거생활을 안정시키는 것을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제 15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

2. 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우

3. 제5조 제1항에 따라 등록한 날부터 1개월이 지나기 전 또는 제43조의 임대의무기간이 지난 후 등록 말소를 신청하는 경우

② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 등록을 말소하는 경우 청문을 하여야 한다. 다만, 제1항 제3호, 제5호 및 제6호의 경우는 제외한다.

③ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 등록을 말소하면 해당 임대사업자의 명칭과 말소 사유 등 필요한 사항을 공고하여야 한다.

④ 임대사업자가 제1항 제3호에 따라 등록말소를 신청하