조심-2025-서-0432 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.5.26. 서울특별시 영등포구 OOO에서 “OOO 영등포점”이라는 상호로 피부과(일반의원)를 개업하여 운영하는 자로, 주식회사 A, B 주식회사, 주식회사 C 등의 PG사들(이하 앞선 3개 업체를 각각 “㈜A”, “B㈜”, “㈜C”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG사”라 한다)과 결제대행계약을 체결하여 결제대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 결제대행수수료를 지급하였고, 주식회사 D, 주식회사 E, 주식회사 F, 주식회사 G 등의 PG대행사들(이하 앞선 4개 업체를 각각 “㈜D”, “㈜E”, “㈜F”, “㈜G”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG대행사”라 한다)과 H 주식회사(이하 “H㈜”라 한다)로부터 광고대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 광고대행수수료를 지급하는 한편, 인터넷원격교육업체인 주식회사 I(이하 “㈜I”라 한다)로부터 어학교육용역 명목의 매입계산서를 수취하고 대금을 지급하였다.

나. OO지방국세청장 및 OO지방국세청장(이하 “조사청들”이라 한다)은 청구인에 대한 종합소득세 세무조사(2024.7.9.∼2024.9.12.) 및 관련 업체들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점PG대행사, H㈜ 및 ㈜I가 청구인의 가족들, 청구인의 배우자 a가 대표이사로 있는 주식회사 J(이하 “㈜J”이라 하고, 청구인의 가족과 합하여 “쟁점특수관계인”이라 한다)에게 수수료 중 상당액을 포인트 지급, 사업소득 지급, 별도 세금계산서 발급 등의 방법으로 사실상 청구인에게 금원을 페이백하였다고 보아, 페이백된 금액을 필요경비에 불산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 한편, 청구인이 부정행위를 하였다고 보아 부정과소신고가산세(40%) 및 10년의 장기부과제척기간을 적용하는 내용의 과세자료를 처분청들에게 파생하였다. 이에 처분청들은 아래 <표1>과 같이 청구인에게 2017년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2018․2020∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원 및 2018년 귀속 지방소득세 OOO원을 각 경정․고지하였다(각 처분의 세부내역은 <별지1> 참조).

<표1> 이 건 과세처분 내용

(단위 : 원)

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.12., 2024.9.13. 및 2024.12.17. 심판청구를 각 제기하였다.