조심-2025-구-3775 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 a(이하 “쟁점회사”라 한다)에서 근무하면서 세 차례에 걸쳐 주식매수선택권(이하 “쟁점주식매수선택권” 이라 한다)을 부여받았고(아래 <표1> 참조), 2022.11.7. 이를 모두 행 사하였다.

<표1> 청구인이 부여받은 쟁점주식매수선택권 내역

나. 청구인은 쟁점주식매수선택권의 시가를 주당 OOO원으로 보고, 행사한 2,497주에 대한 이익을 OOO원으로 하여 2022년 귀속 종합소득세를 신고하였다가, 2025.2.21. 당초 시가평가를 과다하게 책 정하였음을 이유로 종합소득세 OOO원 환급을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.8.11. 당초 신고가 적정하다는 이 유로 경정 거부 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.2. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 주식매수선택권 행사이익 산정 시 시가는 전자공시시스템 공시자료 등 공식적인 자료를 활용하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리 자료에 따르면 다음과 같이 사실관계가 확인된다.

(가) 쟁점평가보고서는 2022. 9. 30. 기준 쟁점회사 주식의 1주당 평가액 OOO원을 아래 <표2>와 같은 방법으로 산정하였다.

<표 삽입을 위한 여백>

<표2> 쟁점평가보고서의 1주당 주식가치 평가액 도출 방법

(단위 : 원)

(나) 청구인은 2022.12.31.을 기준으로 공시된 재무상태표 및 손익계산서를 활용하여 쟁점회사 주식의 1주당 평가액을 아래 <표3>과 같이 OOO원으로 산정하였다.

<표3> 청구인의 1주당 주식가치 평가액 도출 방법

(단위 : 원)

(다) 2022.12.31. 기준 쟁점회사의 전자공시자료에 따르면 자산총계 OOO원, 부채총계 OOO원으로 쟁점평가보고서와 비교했을 때 자산총계(재무상태표상 금액 기준 OOO원)에는 큰 차이가 없으나 부채총계(재무상태표상 금액 기준 OOO원) 에서 크게 차이가 나며, 전자공시자료엔 파생상품부채(OOO원) 와 전환상환우선주부채(OOO원)가 포함되어 있음이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 사건에 대하여 살펴본다.

청구인은 쟁점주식매수선택권의 행사 이익을 산정할 때, 그 시가는 공식적인 자료이며 기말자료인 전자공시시스템상 재무상태표 등을 활용하여 산정하여야 한다고 주장한다.

그러나, 청구인이 제시하는 시가의 경우 공시자료에 제시된 재무상태표에 따른 자산과 부채만을 적용하여 산정한 금액으로, 파생상품과 전환상환우선주 등이 부채에 포함되어 있는 점 등에 비추어 상증세법상 적정하게 평가된 금액으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 2021.12.31. 기준 자료의 경우 쟁점주식매수선택권 행사일(2022.11.7.)과 약 10개월 이상의 시간적 간격이 있는 반면, 회사의 재무상황 등이 동일하다고 인정할 만한 정황이 달리 보이지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

비록 처분청이 제시한 시가 또한 2022.9.30. 기준의 쟁점평가보고서 자료를 근거로 하여, 쟁점주식매수선택권 행사일인 2022.11.7.과 약 40여일의 차이가 발생하나, 평가기준일 현재 자산 및 부채를 정확히 확인할 수 있는 자료가 없는 경우에는 평가기준일과 다른 시점의 가결산 재무상태표 또는 직전 사업연도 말 기준 재무상태표상의 자산과 부채를 기초로 하되 평가기준일까지의 증감 사항 및 평가 차액 등을 반영하여 순자산가액을 계산하는 것이 위법하다고 할 수 없는 점(서울행정법원 2024.1.12. 선고 2023구합50806 판결 참조),

그 외 처분청이 제시한 자료는 쟁점주식매수선택권 청구일과 가장 근접한 시기를 기준으로 한 것으로, 달리 오류가 있다고 보이지 아니하는 점, 청구인은 처분청이 제시한 시가보다 더 적합한 시가를 제시하지 못하는 점에 비추어, 쟁점주식매수선택권 시가를 주당 OOO원으로 산정한 당초 신고가 적정하다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 상법

제340조의2(주식매수선택권) ① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 “주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

(2) 소득세법

제20조(근로소득) ③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대 통령령으로 정한다.

제24조(총수입금의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 소득세법 시행령

제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제5항 에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

제51조(총수입금액의 계산) ⑤ 법 제24조 제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자로부터 그 제조ㆍ생산 또는 판매하는 물품을 인도받은 때에는 그 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자의 판매가액

2. 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자가 아닌 자로부터 물품을 인도 받은 때에는 시가

3. 법인으로부터 이익배당으로 받은 주식은 그 액면가액

4. 주식의 발행법인으로부터 신주인수권을 받은 때(주주로서 받은 경우를 제외한다)에는 신주인수권에 의하여 납입한 날의 신주가액에서 당해신주의 발행가액을 공제한 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가

(4) 소득세법 시행규칙

제22조의2(시가의 계산) 영 제51조 제5항 제5호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조 를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(5) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(6) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(7) 상속세 및 증여세법

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(8) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인( 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.