조심-2025-구-1532 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.6.10. 대구광역시 중구 OOO에서 자동차정비업을 주업종으로 하여 개업한 B(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 운영한 개인사업자이다.

나. 쟁점사업장 소재지 일대가 공동주택건축사업의 시행지역에 포함됨에 따라 청구인은 2018.8.31. 사업시행자인 주식회사 A(이하 “쟁점시행사”라 한다)과 쟁점사업장에 대한 시설과 영업권 등 일체의 권리를 쟁점시행사에 양도하고 그 대가로 OOO원(부가가치세 OOO원 포함, 이하 “쟁점양도금액”이라 한다)을 쟁점시행사로부터 지급받는 내용의 ‘영업권리 및 시설비 양도계약서’(이하 “쟁점양도계약서”라 하고, 그 내용이 되는 계약을 “쟁점양도계약”이라 한다)를 작성하였다.

다. 청구인은 쟁점양도금액은 영업권 양도에 대한 대가로서 「소득세법」 제21조 제1항 제7호 에 따라 기타소득에 해당한다고 보아, 쟁점양도금액의 공급가액(부가가치세를 제외한 OOO원)에서 영업권 양도에 대한 기타소득의 법정필요경비(수입금액의 60%)를 공제한 OOO원을 기타소득으로 하여 2020.6.19. 2019년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.

라. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.5.7.부터 2024.8.16.까지 청구인에 대한 종합소득세 부분조사를 실시한 결과, 쟁점양도금액은 쟁점사업장의 폐지․이전에 대한 영업손실보상으로 이는 기타소득이 아닌 사업소득에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2024.10.4. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.19. 이의신청을 거쳐 2025.2.28. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점양도금액은 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부

② 철거된 쟁점사업장 기계장치의 잔존가치를 필요경비로 인정해야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점양도금액이 사업소득이라면, 조특법 제7조에 따른 중소기업특별세액감면 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부

④ 쟁점양도금액은 2018년 귀속 소득이라는 청구주장의 당부

⑤ 청구인이 주식회사 A으로부터 거래징수한 부가가치세액은 청구인의 소득이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업내역 등을 살펴보면 다음과 같다.

(가) 쟁점사업장을 포함하여 국세청 전산시스템에 의하여 확인되는 청구인의 사업내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구인의 사업내역

○○○

(나) 청구인은 2014.7.1. 자동차종합수리업을 영위하는 쟁점사업장을 개업한 후 2020.1.31. 이를 폐업하였는데, 청구인이 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 신청할 때 신고한 쟁점사업장 건물의 임대차 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 사업자등록 시 신고된 쟁점사업장 건물 임대차 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(다) 이 건과 관련하여 처분청은 아래 <표3>과 같이 청구인의 2019년 귀속 종합소득세를 경정하였는데, 쟁점양도금액에 대한 기타소득의 필요경비(OOO원)를 부인하고, 쟁점세액(OOO원)을 수입금액에 가산한 것으로 나타난다.

<표3> 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 경정내역

(단위 : 원)

○○○

(2) 청구인과 쟁점시행사가 2018.8.31. 작성한 쟁점양도계약서의 내용을 살펴보면, 아래와 같이 제1조(양수 대상의 표시)에 영업허가권을 포함한 영업권리비와 이전 가능한 시설을 제외한 시설비(건축시설물 포함)를 내용으로 하여 양수대금을 OOO원(부가가치세 별도)으로 기재하였으나, 영업권리비와 시설비를 구분하여 양수대금을 기재하지는 않았다.

<쟁점양도계약서>

○○○

(3) 쟁점시행사가 청구인에게 쟁점양도금액을 지급한 내역, 세금계산서발행 및 세무신고 내역 등을 살펴보면 다음과 같다.

(가) 쟁점시행사가 쟁점양도금액으로 청구인에게 지급한 금액은 쟁점양도금액(부가가치세 포함)에서 기타소득(영업권)에 대한 원천징수세액 OOO원을 제외한 OOO원으로 그 금융거래내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점양도금액 지급내역

(단위 : 원)

○○○

(나) 청구인은 2019.7.12.를 작성일자로 하여 쟁점사업장의 양도에 대한 전자세금계산서를 아래와 같이 발급하였다. 세금계산서는 품목을 “영업관리비”로 하여 공급가액 OOO원, 부가가치세액 OOO원으로 발급되었다.

<쟁점사업장 양도에 대한 전자세금계산서>

○○○

(다) 쟁점시행사가 청구인에게 지급한 쟁점양도금액에 대한 기타소득 지급명세서의 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점양도금액에 대한 기타소득 지급명세서

(단위 : 원)

○○○

(4) 청구인과 쟁점사업장의 매출, 매입 및 소득내역 등을 살펴보면 다음과 같다.

(가) 쟁점사업장의 부가가치세 매출 및 매입과표 내역은 아래<표5>와 같이, 쟁점양도금액을 제외하면 2019년까지 과세기간 평균 OOO원 정도의 매출(공급가액)이 발생하는 것으로 나타난다.

<표5> 쟁점사업장의 부가가치세 매출 및 매입과표 내역

(단위 : 원)

○○○

(나) 청구인이 쟁점사업장 및 쟁점양도금액에 대한 소득신고내용은 아래 <표6>과 같고, 쟁점양도금액을 제외하면 청구인은 2019년까지 기간 동안 쟁점사업장에서 평균 수입금액 OOO원, 소득금액 OOO원이 발생하였던 것으로 나타난다.

<표6> 청구인의 소득신고 내역

(단위 : 천원)

○○○

(5) 조사청의 세무조사 당시, 쟁점시행사는 쟁점양도금액의 지급경위와 관련하여 아래와 같이 확인서를 제출하였고, 쟁점시행사는 “영업권리비 및 시설비 금액 산정과 관련한 구체적인 기준과 산정관련 근거 서류는 없으며, 빠른 사업진행을 위해서 임차인이 요구하는 금액을 지급하였습니다”라고 확인서에 기재한 것으로 나타난다.

○○○

(6) 청구인은 아래와 같이 영업권리비를 산정하였다는 내용의 추가소명자료를 조사청에 제출하였다.

○○○

(7) 대구광역시 중구청장의 쟁점사업장에 대한 자동차종합정비업등록거부처분에 대한 소송의 판결문(대구고등법원 2013.12.13. 선고 OOO 판결)에 따르면, 해당 소송의 원고는 청구인이 아닌 당초 쟁점사업장 건물 임대인(a)의 아들 c로 나타나고, 법원은 아래와 같이 쟁점사업장에 대한 자동차정비공장을 운영하는 것이 관계법령에 따른 용도에 위반되지 않는다고 보아 대구광역시 중구청장의 자동차종합정비업등록 거부처분을 취소하는 원고 승소 판결을 하였고 이 판결은 확정되었다.

○○○

(8) 쟁점사업장의 연도별 유형자산(차량운반구 제외) 신고내용을 살펴보면, 아래 <표7>과 같이 2019년에 전년보다 기계장치 및 건설용장비가 약 OOO원 감소한 것으로 나타난다.

<표7> 쟁점사업장의 유형자산(차량운반구 제외) 신고내용

(단위 : 원)

○○○

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(마) 쟁점⑤와 관련하여, 청구인은 쟁점양도금액이 영업손실보상이라면 쟁점세액은 부당이득이 되어 쟁점시행사에 돌려줘야 하는 금액이 되므로 이는 청구인의 소득이 아니라고 주장하나, 쟁점세액을 신고․납부한 자는 청구인으로서 이에 대한 과오납금을 환급받을 권리는 청구인에게 있고, 이에 따라 처분청은 과오납된 세액을 청구인에게 환급한 점, 청구인은 쟁점세액을 쟁점시행사에 반환하겠다는 의사표시를 한 사실이 없고, 반환할 가능성에 대비하여 부채로 계상하는 등의 행위도 하지 않는 등 다른 쟁점양도금액과 쟁점세액을 동일하게 취급하였던 것으로 보이는 점, 처분청 담당 세무공무원은 조세심판관회의에 참석하여 쟁점시행사는 부가가치세액을 포함한 쟁점양도금액 전부를 쟁점사업장이 소재한 토지의 취득원가로 계상하여 매입세액을 공제받은 사실이 없다는 내용으로 진술한바, 이에 따르면 쟁점시행사가 청구인에게 쟁점세액의 반환을 청구할 가능성이 높지 않은 것으로 보이는 점, 한편 쟁점세액을 청구인의 수입금액으로 인식하더라도, 이후 쟁점세액의 반환이 확정되는 경우 경정청구 등을 통해 감액·경정이 가능한 점 등에 비추어 쟁점세액은 청구인의 소득이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2025서961, 2025.11.5. 합동회의 결정, 같은 뜻임).

다만, 처분청은 쟁점세액을 포함한 쟁점양도금액 전부를 2019년 귀속 총수입금액에 산입하였으나, 청구인이 쟁점양도금액을 영업권의 대가로 보고 2019년에는 쟁점시행사에 세금계산서를 교부한 후 쟁점세액을 거래징수하여 신고․납부한 점, 쟁점시행사도 청구인과 마찬가지로 쟁점양도금액을 영업권의 대가로 보고 기타소득에 대한 소득세를 원천징수하여 납부한 점, 이 건 세무조사가 있기 전까지 이와 관련하여 청구인과 쟁점시행사 모두 아무런 문제가 없는 것으로 인식하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 2019년에는 쟁점세액이 과오납금으로 확정되지 않았고 「국세기본법」제81조의3에 따라 납세자가 제출한 신고서는 진실한 것으로 추정되므로, 쟁점세액과 관련한 과오납금이 청구인의 소득으로 확정된 시기는 청구인에게 과오납금을 환급한 2024년으로 보이는바, 쟁점양도금액과 관련하여 청구인이 과오납한 부가가치세액을 2019년 귀속 총수입금액에서 제외하여 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 감액경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법

제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

13. 전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다)에서 발생하는 소득

14. 사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업에서 발생하는 소득

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 "결손금"이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ금융투자소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제33조(필요경비 불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액

③ 제1항에 따른 필요경비 불산입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제37조(기타소득의 필요경비 계산) ② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

1. 제1항이 적용되는 경우

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대하여는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

④ 기타소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니하는 금액에 관하여는 제33조를 준용한다.

제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) ① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

⑤ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

⑥ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항에 따른 취득가액의 계산, 제3항 및 제4항에 따른 자산ㆍ부채의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제41조(기타소득의 범위 등) ③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다.

④ 법 제21조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 점포 임차권"이란 거주자가 사업소득(기획재정부령으로 정하는 사업소득을 제외한다)이 발생하는 점포를 임차하여 점포 임차인으로서의 지위를 양도함으로써 얻는 경제적 이익(점포임차권과 함께 양도하는 다른 영업권을 포함한다)을 말한다.

제48조(사업소득의 수입시기) 사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

11. 제1호부터 제10호까지 및 제10호의2부터 제10호의4까지에 해당하지 아니하는 자산의 매매

대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일로 한다.

제50조(기타소득 등의 수입시기) ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다)

그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용ㆍ수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용ㆍ수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다.

(3) 조세특례제한법

제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

터. 대통령령으로 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업

2. 감면 비율. 다만, 제1호 무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다.

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

3. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우: 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)

나. 그 밖의 경우: 1억원

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소기업의 경우에는 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 제1항 제2호에 따른 감면 비율에 100분의 110을 곱한 감면 비율을 적용한다.

1. 해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영한 기업일 것

2. 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것

(4) 조세특례제한법 시행령

제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ② 법 제7조 제1항 제1호 터목에서 "대통령령으로 정하는 자동차정비공장"이란 제54조 제1항에 따른 자동차정