조심-2025-광-3223 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인의 배우자 a(이하 “피상속인”이라 한다)은 전북특별자치도 OOO 3필지(합계 면적 11,472.7㎡로, 이하 “쟁점농지”라 한다)를 1996.11.23. 매매를 원인으로 하여 1996.12.10. 피상속인의 명의로 소유권이전등기를 접수하였고,

2012.6.20. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」상 경영회생지원농지매입사업에 의하여 한국농어촌공사(이하 “농어촌공사”라 한다)에 쟁점농지를 OOO원에 환매조건부로 양도하였으며 이를 임차하여 경작하다가 2013.7.3. 사망하였다.

나. 상속인인 청구인은 포괄승계인의 지위에서 쟁점농지를 임차하여 경작하다가 2021.9.30. 쟁점농지를 OOO원에 환매로 취득하여 2024.3.25. OOO원에 농어촌공사에 양도하고, 2024.5.31. 이에 따른 양도소득세 OOO원을 예정신고 하였는데,

청구인은 피상속인의 포괄승계인으로서 당초 피상속인이 환매조건부로 농어촌공사에 양도한 쟁점농지의 환매권을 상속받은 2013.7.3.부터 쟁점농지를 양도한 2024.3.25.까지 8년 이상 경작하였으므로 쟁점농지의 양도소득에 대하여 양도소득세 감면을 적용하여 달라는 내용으로 2025.1.15. 양도소득세 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 상속인에게도 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있도록 2023.12.31. 법률 제19936호로 일부 개정된 「조세특례제한법」 제70조의2 제5항 은 2024.1.1. 이후 농어촌공사에 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 청구인이 양도한 쟁점농지에 관하여 피상속인의 경작 기간을 합산할 수 없는 것으로 보아 2025.1.16. 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.17. 이의신청을 거쳐, 2025.7.22. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

피상속인이 농어촌공사에 환매조건부로 양도하였던 쟁점농지에 관한 환매권을 상속받아 8년 이상 직접 경작하였으므로 쟁점농지의 양도에 대하여 감면을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

<별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점농지의 토지 등기사항전부증명서상 현황 및 소유권에 관한 사항은 아래와 같다.

<쟁점농지의 현황 및 소유권에 관한 사항>

(나) 피상속인은 2012.6.19. 아래와 같이 쟁점농지를 OOO원에 환매조건부 양도한다는 내용으로 농어촌공사와 농지등매매계약서를 체결하였는데, 약정내용 제4조(농지등 환매) 제1항에는 피상속인 또는 그 포괄승계인은 임차기간 중에 농지등의 환매를 요구할 수 있고, 농어촌공사는 해당 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다고 기재되어 있다.

<피상속인이 체결한 농지등매매계약서(2012.6.19.) 일부>

(다) 피상속인은 2012년 6월 아래와 같이 쟁점농지를 2012.6.20.～2019.6.19.까지 7년간 연 임차료 OOO원에 임차한다는 내용으로 농어촌공사와 농지등 장기임대차 계약을 체결하였는데, 약정내용 제5조(행위의 제한)에는 임차인은 계약 체결 이후 성실하게 영농에 임하여야 한다는 등의 내용이 기재되어 있다.

<피상속인이 체결한 농지등 장기임대차 계약서(2012.6.) 일부>

(라) 상속인인 청구인은 2019.2.28. 아래와 같이 피상속인이 농어촌공사에 환매조건부로 양도한 쟁점농지에 관하여 체결한 임대차계약의 기간을 연장하는 내용으로 농지등 장기임대차 변경 계약을 체결하였는데, 쟁점농지에 관한 임대차 기간을 2012.6.20.～2019.6.19.(7년)에서 2019.6.20.～2022.6.19.(10년)으로 변경하는 것으로 기재되어 있다.

<청구인이 체결한 농지등 장기임대차 변경 계약서(2019.2.28.) 일부>

(마) 청구인은 쟁점농지를 임차하여 경작하다가 임대차기간이 경과하기 전인 2021.9.30. 쟁점농지를 OOO원에 환매로 취득하여 계속 경작하였으며 2024.3.25. OOO원에 농어촌공사에 양도하고, 2024.5.31. 이에 따른 양도소득세 OOO원을 아래와 같이 예정신고 하였다.

<청구인 쟁점농지 양도소득세 예정신고내역>

(단위 : 원)

(바) 청구인은 환매권을 상속받고 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작한 청구인에게 쟁점농지의 양도소득에 대하여 양도소득세 감면을 적용하여 달라는 내용으로 2025.1.15. 양도소득세 경정청구를 제기하였다.

<청구인의 경정청구 내용 일부>

(사) 처분청은 쟁점농지에 관하여 피상속인의 경작 기간을 상속인의 경작 기간에 포함하여야 한다는 청구인의 주장이 타당하지 않다는 이유로 2025.1.16. 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부하였다.

(아) 쟁점농지의 토지 등기사항전부증명서, 농어촌공사와의 농지등 장기임대차계약서 등에 의하면, 피상속인 및 청구인의 쟁점농지의 취득 및 양도와 관련한 일련의 과정은 아래와 같다.

<쟁점농지 취득 및 양도>

(2) 이 건 쟁점과 관련하여 처분청이 제시하는 「조세특례제한법」 제70조의2 는 2023.12.31. 법률 제19936호로 일부 개정되면서 농업인 경영회생 지원 강화를 위하여 농업인의 상속인을 포함하는 등 특례 적용대상ㆍ요건을 확대하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2007.7.12. 선고 2005두15201 판결 등 참조).

청구인은 피상속인이 농어촌공사에 환매조건부로 양도하였던 쟁점농지에 관한 환매권을 상속받아 이를 환매로 취득하고 양도하기에 이르기까지 10년 이상 쟁점농지를 직접 경작하였으므로 독자적으로 「조세특례제한법」 제69조 제1항 에 따른 양도소득세 감면 사유에 해당한다고 주장하나, 자경농지에 대한 양도소득세의 감면과 관련하여 「조세특례제한법」 제69조 에서는 대통령령으로 정하는 일정한 요건들을 갖추어 8년 이상 농지를 직접 경작한 경우에는 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 전부를 감면한다고 규정하고 있고, 환매는 무상취득인 상속과 달리 매도인이 환매대가를 지급하고 당초 매각한 목적물을 다시 매입하는 새로운 매매계약이어서 환매와 상속은 엄연히 구별되어 동일하게 볼 수 없는바(조심 2018부4844, 2019.7.26., 조심 2022광8066, 2023.9.26., 같은 뜻임),

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

⑤ 제1항에 따른 환매요건을 갖춘 농업인이 그 임차기간 중 사망한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 상속인이 해당 농지등에 대한 임차기간 내에 환매한 경우 그 상속인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 피상속인이 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다. 이 경우 제2항부터 제4항까지를 준용한다.

1. 농업인에 해당할 것

2. 해당 농지등을 직접 경작하거나 직접 축산에 사용할 것

※ 부칙 <제19936호, 2023.12.31.>

제1조(시행일) 이 법은 2024년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.

1. 제87조의7 제4항, 제91조의20 제2항, 같은 조 제4항 단서 및 같은 조 제5항의 개정규정 : 2024년 4월 1일

2. 제105조의3의 개정규정, 제121조의35의 개정규정 중 “제87조의4에 따른 금융투자소득과세표준”의 개정부분 : 2025년 1월 1일

3. 제106조의4 제12항ㆍ제13항 및 제106조의9 제1항ㆍ제12항ㆍ제13항의 개정규정 : 2024년 7월 1일

제8조(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제70조의2 제1항ㆍ제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 농지등을 한국농어촌공사에 양도하는 경우부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

(가) 2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 것

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

1. 「택지개발촉진법」 제3조 에 따라 지정된 택지개발지구

2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조 ·제7조·제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

(나) 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정된 것

제67조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제70조의2 제1항 및 제5항에 따라 양도소득세를 환급받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 농지등을 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조 를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 법 제70조의2 제1항 및 제5항에 따라 양도소득세를 환급받은 자가 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3 제3항 에 따른 임차기간 내에 직접 경작하거나 직접 축산에 사용한 기간은 해당 농지등을 한국농어촌공사에 양도한 자가 직접 농지등을 경작하거나 직접 축산에 사용한 것으로 보아 제66조 또는 제66조의2를 적용한다.

④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6 제2항 에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

(3) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법(2008.12.29. 법률 제9276호로 일부 개정된 것)

제24조의3(경영회생 지원을 위한 농지 매입 등) ① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(還買)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격·환매가격 및 지급방법, 임대기간·임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령(2023.8.1. 대통령령 제33653호로 일부 개정된 것)

제19조의6(농지등의 환매) ① 법 제24조의3 제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

(5) 민법

제1005조(상속과 포괄적 권리의무의 승계) 상속인은 상속개시된 때로부터 피상속인의 재산에 관한 포괄적 권리의무를 승계한다. 그러나 피상속인의 일신에 전속한 것은 그러하지 아니하다.