조심-2025-광-1545 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립되어 특장차 및 관련 제품 제조업을 영위하고 있는 자이고, 2019.12.10. 대표이사인 A(이하 “대표자”라 한다)로부터 7건의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 하고, 해당 특허를 “쟁점특허”라 한다)을 합계 OOO원에 취득하는 계약을 체결한 후 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하고 감가상각비 합계 OOO원을 손금산입하여 2019〜2022사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

나. AAA지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점특허권의 실질 소유자를 청구법인으로 보아 위 감가상각비를 손금불산입하고, 대표자 지급금액의 소득처분 등을 하는 내용의 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.12.3. 청구법인에게 2019년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.3. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점특허권의 실질 소유자를 청구법인으로 보아 그 취득거래를 부인하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점특허권 내역 및 청구법인과 대표자 사이의 쟁점특허권 거래금액 내역이 아래와 같다는 점에 대해서는 청구법인과 처분청 양측의 다툼이 없다.

<표5> 쟁점특허권 및 거래금액 내역

(나) 대표자는 2011.2.22. OOO대학교 대학원 메카트로닉스공학과에서 공학박사 학위를 수여받았다.

(다) 청구법인은 대표자가 쟁점특허의 아이디어 착상을 하였다는 등의 증빙으로 대표자의 업무노트 사본 27면, 기술노트 사본 80면을 제출하였는바, 쟁점특허의 각 특허별 업무노트 분량은 아래 <표6>과 같고, 그 중 ‘소방용수 분사장치’ 관련 업무노트 사본의 내역은 아래 <사진5>와 같다.

<표6> 쟁점특허 관련 대표자 업무노트 분량

<사진5> 대표자 업무노트 사본 : 소방용수 분사장치 관련

(라) 청구법인은 특허법인 및 특허법률사무소의 확인서(2024.7.19.) 총 3부를 제출하였는바, 해당 확인서들에는 ‘자신이 대표자로부터 쟁점특허에 대한 발명아이디어를 제시받아, 특허출원 등록 의뢰를 받고, 특허출원 등록 과정에서 대표자와 협의 및 회의를 통하여 특허출원 신청, 등록을 위한 용역을 수행하였으며, 관련 비용은 대표자로부터 지급받았다’는 내용이 각각 기재되어 있고, 각 확인서별 쟁점특허의 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 특허법인 및 특허법률사무소의 확인서상 쟁점특허 내역

(마) 청구법인의 조직도는 아래 <사진6>과 같다.

<사진6> 청구법인의 조직도

(바) 청구법인의 기술연구소는 2010.1.25. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 , 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 제27조 제1항에 따라 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 최초로 인정받았고, 2015.3.19.에도 기업부설연구소 인정을 받은 것으로 나타나며, ‘기업부설연구소 연구개발 인력현황’ 서류(한국산업기술진흥협회 발급)상 2019.9.3. 현재 F, D 및 E 등 17명의 연구전담요원 및 1명의 연구관리직원이 청구법인의 기술연구소에 소속되어 있는 것으로 나타난다.

이와 관련하여, 지식재산정보검색서비스(www.kipris.or.kr)상 쟁점특허의 발명자 내역은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 쟁점특허의 발명자 내역

(사) 지식재산 정보검색서비스(www.kipris.or.kr)상 대표자가 출원인인 특허는 21건으로, 이 중 4건은 소멸 또는 거절된 것으로 나타나고, 나머지 17건 중 최종권리자가 대표자인 특허는 8건으로 나타난다(나머지 9건은 청구법인이 최종권리자로, 그 중 7건이 쟁점특허이다).

한편, 해당 서비스에 따르면 대표자가 단독발명자이고, 청구법인이 출원인이자 최종권리자인 특허는 6건으로 나타나는 한편, 대표자가 공동발명자이고, 청구법인이 출원인이자 최종권리자인 특허는 34건으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등올 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권의 실질 소유자가 자신이 아닌 대표자이므로 그 취득거래를 부인하여 이루어진 이 건 소득금액변동통지 처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 대표자의 업무노트에는 쟁점특허 관련 장치․기술 등의 발명을 완료하기까지 그 오류나 시행착오에 관한 내용이 확인되지 아니하고, 쟁점특허와 관련하여 대표자가 특허법인 등과 의견을 공유하며 검토한 이메일 등의 제시가 없으며, 쟁점특허 중 일부는 대표자 단독이 아닌 청구법인 기술연구소의 연구전담요원과 공동으로 발명한 것으로 나타나나, 대표자 단독으로 출원한 것으로 보이고, 이와 관련하여 대표자가 연구전담요원에게 보상을 하였다는 등의 사정은 확인되지 아니하는바, 쟁점특허권의 실질 소유자는 대표자가 아닌 청구법인인 것으로 보이는 점,

설령, 쟁점특허권의 실질 소유자가 대표자라고 하더라도, 청구법인은 제품 매출의 급격한 감소 등으로 인해 기술적 성능향상 등을 하고자 쟁점특허 관련 발명을 하였다고 밝히고 있고, 쟁점특허 관련 장치․기술 등은 청구법인의 제품에 사용된 것으로 보이므로, 대표자는 청구법인의 매출 증대를 위해 쟁점특허 관련 발명을 한 것으로 보이고, 이는 영업에 관한 행위로서 대표이사의 직무에 속한다고 봄이 타당하여 직무발명이라고 할 것인바, 청구법인은 쟁점특허권에 대해 통상실시권을 가지는 것으로 보이나, 대표자에게 OOO원을 지급하고 쟁점특허권을 취득하였으므로, 이는 경제적 합리성이 결여된 것인 점 등에 비추어, 쟁점특허권 취득거래를 부인하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

(3) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것)

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

5. 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4) 발명진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 「특허법」ㆍ 「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정