조심-2024-서-4739 조세심판원 결정

1. 처분개요

가 . 청구법인은 「의료법」에 따라 설립되어 의료기관의 설치운영 등을 영위하는 법인으로 , 2018 사업연도 법인세 신고 시 「조세특례제한법」 (2018.12.24. 법률 제 16009 호로 개정되기 전의 것 ) 제 29 조의 7( 이하 “ 개정전법률 ” 이라 한다 ) 에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 ( 이하 “ 쟁점세액공제 ” 라 한다 ) 를 적용하지 아니하고 신고 · 납부하였다가 , 2022 년 1 월경 전체 상시근로자 증가인원 수를 기준으로 쟁점세액공제액을 계산하여 2018 사업연도 경정청구 ( 이하 “ 제 1 차경정청구 ” 라 한다 ) 를 하였고 , 처분청은 이를 받아들여 OOO 원을 환급하였다 .

나 . 이후 청구법인은 「조세특례제한법」 (2019.12.31. 법률 제 16835 호로 개정된 것 ) 제 29 조의 7( 이하 “ 개정된법률 ” 이라 한다 ) 제 1 항의 “ 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다 ” 는 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되므로 , 그 전 사업연도인 2018 사업연도는 청년등 상시근로자의 증가한 인원 수 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수를 각각 계산해야 한다며 2024.3.26. 아래 < 표 3> 과 같은 쟁점세액공제 내역으로 경정청구 ( 이하 “ 제 2 차경정청구 ” 라 한다 ) 를 하였으나 , 처분청은 개정된법률이 적용되는 시기 (2020 년 이후 ) 전의 사업연도 또한 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정되어야 한다며 2024.5.23. 등에 경정청구를 거부하였다 .

< 표 3> 제 2 차경정청구 시 쟁점세액공제 내역 ( 제 1 차경정청구 환급분 제외 )

( 단위 : 원 )

다 . 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.8. 심판청구를 제기하였다 .

3. 심리 및 판단

가 . 쟁점

고용증대세액공제액 계산 시 2019.12.31. 개정된 「조세특례제한법」 제 29 조의 7 제 1 항의 증가한 전체 상시근로자 수의 한도를 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나 . 관련 법령 등 : < 별지 > 기재

다 . 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 제 2 차경정청구에 대하여 처분청은 다음과 같은 사유를 이유로 거부처분하였다 .

< 표 4> 경정청구 거부처분 사유

기획재정부 조세특례제도과 -199, 2024.3.8. 에 의거하여 , 2020.1.1. 이전 고용증대세액공제 상시근로자 수 검토 시 한도 규정 적용

(2) 법제처 국가법령정보센터에 조회해 보면 , 개정된법률 개정 시 제 29 조의 7 제 1 항의 개정이유는 “ 고용을 증대시킨 기업의 세액공제금액을 계산할 때 청년 등 상시근로자 증가 인원 및 그 외 상시근로자 증가 인원은 전체 상시근로자 수 증가 인원을 한도로 함을 명확히 규정함 ” 이라고 기재되어 있다

(3) 기획재정부의 쟁점한도규정 관련한 예규 및 2019 년 간추린 개정세법의 「조세특례제한법」개정내용은 아래 < 표 5>·< 표 6> 과 같다 .

< 표 5> 기획재정부 예규

< 표 6> 2019 년 간추린 개정세법 개정내용

(4) 청구법인이 제시한 2017 년부터 2020 년까지의 상시근로자 수는 아래 < 표 7> 과 같다 .

< 표 7> 청구법인의 2017 년부터 2021 년까지의 상시근로자 수

( 단위 : 명 )

(5) 청구법인은 쟁점세액공제를 전체 상시근로자의 증가한 인원 수 한도 내에서 산정하지 아니하고 , 청년등 상시근로자의 증가한 인원 수 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수를 각각 계산하는 방식으로 산정하면 쟁점세액공제 내역 ( 제 1 차경정청구 환급분 및 제 2 차경정청구 세액 포함 ) 은 아래 < 표 8> 과 같다고 한다 .

< 표 8> 쟁점세액공제 내역 ( 제 1 차경정청구 및 제 2 차경정청구 합계 )

( 단위 : 원 )

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 , 처분청은 개정된법률이 2020.1.1. 전 개시하는 사업연도에도 적용되므로 2018·2019 사업연도 쟁점세액공제액 계산 시에도 청년등 상시근로자의 증감 인원 수와 그 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정하여야 한다는 의견이나 ,

2018·2019 사업연도 당시 「조세특례제한법」제 29 조의 7 제 1 항은 ‘ 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다 ’ 는 내용을 규정하고 있지 아니한 점 , 개정된법률 부칙 제 1 조 ( 시행일 ) 는 “ 이 법은 2020 년 1 월 1 일부터 시행한다 ” 고 규정하였고 , 제 2 조 ( 일반적 적용례 ) 제 1 항은 “ 이 법 중 소득세 ( 양도소득세는 제외한다 ) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다 ” 고 규정하고 있어 개정된법률은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때 , 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018·2019 사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018·2019 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 ( 조심 2023 부 443, 2023.5.17. 같은 뜻임 ).

다만 , 개정된법률 부칙 제 1 조 및 제 2 조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분에 대하여는 개정된법률이 적용되는 것이고 , 2020.3.13. 기획재정부령 제 776 호로 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」별지 제 10 호의 8 서식 “ 고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서 ” 의 작성방법에서도 2 차년도 및 3 차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액 ( 청년 / 청년 외 ) 은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로 , 이 건 처분 중 처분청이 개정된법률에 따라 2021 사업연도 법인세 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2021 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다 .

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제 80 조의 2 및 제 65 조 제 1 항 제 2 호 및 제 3 호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .

< 별지 > 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 (2018.12.24. 법률 제 16009 호로 개정되기 전의 것 )

제 29 조의 7( 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 ) ① 내국인 ( 소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다 . 이하 이 조에서 같다 ) 의 2020 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자 ( 이하 이 조에서 " 상시근로자 " 라 한다 ) 의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세 ( 사업소득에 대한 소득세만 해당한다 ) 또는 법인세에서 공제한다 .

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자 ( 이하 이 조에서 " 청년등 상시근로자 " 라 한다 ) 의 증가한 인원 수 × 300 만원 [ 대통령령으로 정하는 중견기업 ( 이하 이 조에서 " 중견기업 " 이라 한다 ) 의 경우에는 700 만원 , 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액 ]

가 . 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 1,000 만원

나 . 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 1,100 만원

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 ( 증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다 ) × 0 원 ( 중견기업의 경우에는 450 만원 , 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액 )

가 . 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700 만원

나 . 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770 만원

② 제 1 항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2 년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제 1 항을 적용하지 아니하고 , 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제 1 항제 1 호를 적용하지 아니한다 . 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다 .

※ 부 칙

제 1 조 ( 시행일 ) 이 법은 2020 년 1 월 1 일부터 시행한다 . 다만 , 제 118 조 제 1 항 제 22 호의 개정규정 및 제 121 조의 13 제 5 항의 개정규정은 2020 년 4 월 1 일부터 시행하고 , 제 96 조 제 1 항의 개정규정 ( 감면세액과 관련된 부분에 한정한다 ), 제 106 조의 2 제 13 항의 개정규정 및 제 126 조의 2 의 개정규정 ( 신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다 ) 은 2021 년 1 월 1 일부터 시행하며 , 제 38 조의 2 의 개정규정은 2027 년 1 월 1 일부터 시행하고 , 제 121 조의 2 의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다 .

제 2 조 ( 일반적 적용례 ) ① 이 법 중 소득세 ( 양도소득세는 제외한다 ) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다 .

제 17 조 ( 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례 ) 제 29 조의 7 제 2 항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다 .

(4) 조세특례제한법 시행규칙 (2020.3.13. 기획재정부령 제 776 호로 개정된 것 )

( 별지 삽입을 위한 여백 )

[ 별지 제 10 호의 8 서식 ] < 개정 2020. 3. 13.>

고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서

(3 쪽 중 제 1 쪽 )

❶ 신청인

① 상호 또는 법인명

② 사업자등록번호

③ 대표자 성명

④ 생년월일

⑤ 주소 또는 본점소재지

( 전화번호 : )

❷ 과세연도

년 월 일부터 년 월 일까지

❸ 공제세액 계산내용

가 . 1 차년도 세제지원 요건 : ⑧ 〉 0

1. 상시 근로자 증가 인원

⑥ 해당 과세연도

상시 근로자 수

⑦ 직전 과세연도

상시 근로자 수

⑧ 상시 근로자 증가 인원

( ⑥ - ⑦ )

2. 청년 등 상시 근로자 증가 인원

⑨ 해당 과세연도

청년 등 상시 근로자 수

⑩ 직전 과세연도

청년 등 상시 근로자 수

⑪ 청년 등 상시 근로자 증가 인원

( ⑨ - ⑩ )

3. 청년 등 상시 근로자 외 상시 근로자 증가 인원

⑫ 해당 과세연도 청년 등 상시

근로자 외 상시 근로자 수

⑬ 직전 과세연도 청년 등 상시

근로자 외 상시 근로자 수

⑭ 청년 등 상시 근로자 외 상시

근로자 증가 인원 ( ⑫ - ⑬ )

4. 1 차년도 세액공제액 계산

법인 구분 | 구분 | 직전 과세연도 대비 | 상시근로자 증가인원 | ( ⑧ 상시 근로자 증가 | 인원 수를 한도 ) | 1 인당 | 공제금액 | ⑮ 1 차년도 세액공제액 | 중소 | 기업 | 수도권 내 | 청년 등 | 1 천 1 백만원 | 청년 등 외 | 7 백만원 | 수도권 밖 | 청년 등 | 1 천 2 백만원 | 청년 등 외 | 7 백 7 십만원 | 계 | 중견 | 기업 | 청년 등 | 8 백만원 | 청년 등 외 | 4 백 5 십만원 | 계 | 일반 | 기업 | 청년 등 | 4 백만원 | 청년 등 외 | 계

210mm×297mm[ 백상지 80g/ ㎡ ]

(3 쪽 중 제 2 쪽 )

나 . 2 차년도 세제지원 요건 : ⑱ ≥ 0

1. 상시 근로자 증가 인원

⑯ 2 차년도 ( 해당 과세연도 )

상시 근로자 수

⑰ 1 차년도 ( 직전 과세연도 )

상시 근로자 수

⑱ 상시 근로자

증가 인원 ( ⑯ - ⑰ )

2. 2 차년도 세액공제액 계산 ( 상시 근로자 감소여부 )

1 차년도 ( 직전 과세연도 ) 대비

상시근로자 감소여부

1 차년도 ( 직전 과세연도 ) 대비

청년 등 상시근로자수 감소여부

⑲ 1 차년도 ( 직전

과세연도 )

청년 등 상시근로자 증가 세액공제액

⑳ 1 차년도 ( 직전 과세연도 )

청년 등 외 상시 | 근로자 증가 | 세액공제액 | 2 차년도 세액공제액 | 부 | 부 | 여 | 여

다 . 3 차년도 세제지원 요건 ( 중소ㆍ중견기업만 해당 ) : ≥ 0

1. 상시 근로자 증가 인원

3 차년도 ( 해당 과세연도 )

상시 근로자 수

1 차년도 ( 전전 과세연도 )

상시 근로자 수

상시 근로자

증가 인원 (-)

2. 3 차년도 세액공제액 계산 ( 상시 근로자 감소여부 )

1 차년도 ( 전전 과세연도 ) 대비

상시근로자 감소여부

1 차년도 ( 전전 과세연도 ) 대비

청년 등 상시근로자수 감소여부

1 차년도 ( 전전과세연도 )

청년 등 상시근로자 증가 세액공제액

1 차년도 ( 전전 과세연도 )

청년 등 외 상시 | 근로자 증가 | 세액공제액 | 3 차년도 세액공제액 | 부 | 부 | 여 | 여

❹ 세액공제액 : 1 차년도 세액공제액⑮ + 2 차년도 세액공제액 + 3 차년도 세액공제액

「조세특례제한법 시행령」 제 26 조의 7 제 10 항에 따라 위와 같이 공제세액계산서를 제출합니다 .

년 월 일

신청인

( 서명 또는 인 )

세무서장 귀하

210mm×297mm[ 백상지 80g/ ㎡ ]

(3 쪽 중 제 3 쪽 )

작 성 방 법

1. 근로자 수는 다음과 같이 계산하되 , 100 분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 합니다 .

가 . 상시근로자 수 : 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 / 과세연도의 개월 수

나 . 청년 등 상시 근로자 수 : 매월 말 현재 청년 등 상시 근로자 수의 합 / 과세연도의 개월 수

다 . 청년 등 상시 근로자 외 상시 근로자 수 : 매월 말 현재 청년 등 상시 근로자 외 상시 근로자 수의 합 / 과세연도의 개월 수

2. ⑥란부터 ⑧란까지의 상시근로자란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로서 다음의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 근로자를 말합니다 .

가 . 근로계약기간이 1 년 미만인 근로자 . 다만 , 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1 년 이상인 근로자는 상시근로자로 봅니다 .

나 . 「근로기준법」 제 2 조제 1 항제 8 호에 따른 단시간근로자 . 다만 , 1 개월간의 소정근로시간이 60 시간 이상인 근로자는 상시근로자로 봅니다 .

다 . 「법인세법 시행령」 제 42 조제 1 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원

라 . 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자 ( 개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다 ) 와 그 배우자

마 . 라목에 해당하는 자의 직계존비속 ( 그 배우자를 포함 ) 및 「국세기본법 시행령」 제 1 조의 2 제 1 항에 따른 친족관계인 사람

바 . 「소득세법 시행령」 제 196 조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고 , 「국민연금법」 제 3 조제 1 항제 11 호 및 제 12 호에 따른 부담금 및 기여금 또는 「국민건강보험법」 제 69 조에 따른 직장가입자의 보험료에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

3. ⑨란부터 ⑪란까지의 청년 등 상시 근로자란 15 세 이상 29 세 이하인 근로자 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 근로자 ( 해당 근로자가 병역을 이행한 경우에는 그 기간 (6 년을 한도로 합니다 ) 을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29 세 이하인 사람을 포함 ) 와 근로계약 체결일 현재 「장애인복지법」의 적용을 받는 장애인 , 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」에 따른 상이자 , 「 5 ㆍ 18 민주유공자예우에 관한 법률」 제 4 조제 2 호에 따른 5 ㆍ 18 민주화운동부상자 , 「고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률」 제 2 조제 3 호에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람 (5 ㆍ 18 민주화운동부상자 , 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람은 2019 년 과세연도부터 적용됩니다 ) 을 말합니다 .

가 . 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자

나 . 「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자

다 . 「청소년 보호법」 제 2 조제 5 호 각 목에 따른 업소에 근무하는 같은 조 제 1 호에 따른 청소년

4. 청년 등 상시 근로자 외 상시 근로자란 상시근로자 중 청년 등 상시근로자가 아닌 상시 근로자를 말합니다 .

5. , 계산시 각 공제금액 ( 청년 / 청년 외 ) 은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 합니다 .

210mm×297mm[ 백상지 80g/ ㎡ ]

(5) 조세특례제한법 (2021.3.16. 법률 제 17926 호로 개정된 것 )

제 29 조의 7( 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 ) ⑤ 제 1 항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3 년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제 2 항을 적용한다 . 다만 , 2020 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도에 대해서는 제 2 항 후단을 적용하지 아니한다 .

⑥ 제 5 항을 적용받은 내국인이 2021 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제 1 항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2 년 ( 중소기업 및 중견기업의 경우에는 3 년 ) 이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세 ( 사업소득에 대한 소득세만 해당한다 ) 또는 법인세에서 공제한다 .

⑦ 제 6 항을 적용받은 내국인이 2022 년 12 월 31 일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3 년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 제 2 항을 적용한다 .

⑧ 제 1 항 , 제 2 항 및 제 5 항부터 제 7 항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .

(6) 국세기본법

제 18 조 ( 세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지 ) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 , 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다 .