조심-2026-전-1170 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.8.1. 개업하여 대전광역시 유성구에서 디지털 신호장비 제조업을 주된 사업목적으로 하는 법인으로 대덕연구개발특구에 본사를 두고 있으며, 2016년과 2018년에 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법 」에 따라 각 2년간 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정받았는데, 청구법인은 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 지정받은 첨단기술기업(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)의 유효기간이 만료되기 전인 2020.10.21. 종전과 동일하게 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 첨단기술ㆍ제품 확인 신청서를 제출하고 2020.11.16. 산업통산자원부장관으로부터 첨단기술ㆍ제품 확인서를 발급받았으며, 2020.11.23. 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하여 2020사업연도를 경과한 2021.3.3. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업 지정서를 발급받았다.

나. 청구법인은 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정받은 2016사업연도부터 5년차인 2020사업연도까지 「 조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의2 및 같은 법 시행령 제11조의2에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 법인세를 감면받았으며, 2020사업연도에는 쟁점감면을 적용하여 OOO원의 세액을 감면받는 것으로 법인세를 신고 ㆍ납부 하였다.

다. 감사원은 대 전지방국세청에 대하여 2024.11.25.～2024.12.13. 기간에 정기감사를 실시한 결과, 청구법인의 첨단기술기업 지정 유효기간이 2020.11.25. 만료되어 2020사업연도에는 쟁점감면의 적용 대상이 아님에도, 청구법인이 2020사업연도에 쟁점감면을 적용하여 법인세를 과소 신고 ㆍ납부하였다는 내용의 감사원 시정요구를 대전지방국세청장에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점감면의 적용을 배제하여 2025.11.7. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정 ㆍ고지 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 첨단기술기업 지정 만료일이 속하는 사업연도 말까지 재지정을 받지 못한 경우, 해당 사업연도에 조특법에 따른 쟁점감면을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 주장하는 청구법인의 첨단기술기업 지정과 관련한 일련의 경위는 아래와 같으며, 청구법인은 코로나 사태로 인하여 산업통상자원부장관의 첨단기술ㆍ제품 신청 확인과 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정이 늦어졌다고 주장한다.

<청구법인 주장 첨단기술기업 지정 관련 경위>

(나) 청구법인은 아래와 같이 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)받은 것으로 나타난다.

<청구법인 첨단기술기업 지정서(2018.11.26.)>

(다) 청구법인은 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 지정받은 첨단기술기업(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)의 유효기간이 만료되기 전인 2020.10.21. 종전과 동일하게 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 첨단기술ㆍ제품 확인 신청서를 제출하고 2020.11.16. 산업통산자원부장관으로부터 첨단기술ㆍ제품 확인서를 발급받았으며, 2020.11.23. 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하여 2020사업연도를 경과한 2021.3.3. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업 지정서를 발급받은 것으로 나타난다.

<청구법인 첨단기술ㆍ제품 확인서(2020.11.16.)>

<청구법인 종전 첨단기술기업 지정서(2018.11.26.)>

<청구법인 첨단기술기업 지정신청서(2020.11.23.)>

<청구법인 첨단기술기업 지정서(2021.3.3.)>

(라) 청구법인은 코로나 사태에 시행된 사회적 거리두기에 기인하여 첨단기술기업 지정을 위한 기술보증기금의 첨단기술기업 현장평가가 아래와 같이 2021.1.26.에서야 실시되었고 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정도 늦어져서 2021.3.3.에서야 첨단기술기업 지정서를 발급받을 수 있었으며, 이 과정에서 청구법인의 귀책사유는 없다고 주장한다.

<기술보증기금 메일(2021.1.22.)>

(마) 대전지방국세청장은 첨단기술기업 지정에 관하여 주무부처인 과학기술정보통신부에 문의한 결과, 첨단기술기업 지정의 유효기간이 지나면 그 효력은 당연히 소멸한다고 보아야 하고 재지정 시에 유효기간 시작일을 만료일의 다음날로 정정하는 소급 발급은 불가하다는 취지의 답변을 2025.9.16. 공문으로 회신(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.)받은 것으로 확인된다.

<과학기술정보통신부 첨단기술기업 재지정 시 유효기간 문의에 대한 답변(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.) 일부>

(2) 이 건 쟁점감면과 관련하여 조특법령의 신설과 개정내용 및 개정이유 등은 다음과 같다.

(가) 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면 규정에 따른 쟁점감면은 2006.12.30. 법률 제8146호로 일부 개정된 조특법 제12조의2 및 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 일부 개정된 같은 법 시행령 제11조의3에서 신설되었는데, 기획재정부가 발간한 「2006년 간추린 개정세법」에서 설명하는 그 개정내용 및 개정이유 등은 아래와 같다.

<조특법 제12조의2 및 같은 법 시행령 제11조의3 개정내용 및 개정이유>

(나) 첨단기술기업 지정 유효기간 만료 등 일정한 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 쟁점감면을 적용하지 아니하는 내용을 규정한 조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제11조의2 제2항의 신설과 관련하여 기획재정부가 발간한 「2022년 간추린 개정세법」에서 설명하는 그 개정내용 및 개정이유는 아래와 같다.

<조특법 제12조의2 제2항 단서 등 개정내용 및 개정이유>

<조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 조특법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제11조의2 제2항>

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 청구법인은 2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 조특법 제12조의2 제2항 단서 및 2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 같은 법 시행령 제11조의2 제2항의 신설 규정을 근거로 청구법인에 쟁점감면을 배제한 것은 「국세기본법」 제18조 의 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하나,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

청구법인이 조특법 제12조의2 제2항 단서 신설 이전 조문의 감면대상 첨단기술기업에 해당하는지를 보면, 제1항 및 제2항에서 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」에 따라 지정을 받은 첨단기술기업이 감면대상사업에서 발생하는 소득에 대하여 최초로 소득이 발생하는 과세연도부터 3년은 100%, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 50%에 상당하는 법인세를 감면하도록 규정하고 있는바, 여기서 감면 혜택의 대상은 첨단기술기업의 감면대상사업에서 발생하는 소득으로 보는 것이 타당하고, 법인세는 기간과세로서 과세요건이나 감면요건 등은 납세의무 성립일인 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여야 하므로 사업연도 종료일 현재 첨단기술기업에 해당하여야만 법인세 감면이 가능하다고 해석하는 것이 합리적인 점(부산고등법원 2024.11.8. 선고 2023누22870 판결 참고) 등에 비추어, 청구법인은 첨단기술기업 지정 유효기간이 2020.11.25. 만료되어 2020사업연도 종료일에는 첨단기술기업에 해당한 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

(나) 또한, 청구법인은 첨단기술기업으로 재지정을 받은 2021.3.3.부터 그 지위가 다시 시작된 것이 아니라, 사실상 2016년부터 2023년도까지 첨단기술기업으로서의 지위가 계속해서 유지되는 것으 로 보아 청구법인에 쟁점감면을 적용하여야 한다고 주장하나,

첨단기술기업 지정의 유효기간은 2년인데, 그 유효기간을 2년으로 둔 것은 첨단기술기업으로 지정받은 기업이라 하더라도 이후 지속적으로 연구개발사업에 재투자하여 첨단기술기업으로 재지정받을 수 있도록 유도하기 위한 것으로 보이는 점, 첨단기술기업 지정 주무부처인 과학기술정보통신부는 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연히 소멸한다고 보아야 하고 재지정이 되는 경우에는 이를 만료일에 소급하여 지정하기는 어렵다고 답변(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.)한 점, 비록 청구법인이 2020.10.21.부터 관련부처들에 첨단기술 ㆍ 제품신청서 제출 및 첨단기술기업 지정신청서를 제출하였음에도 코로나 사태로 인하여 관련부처들이 처리기한을 초과하여 2020사업연도 이후인 2021.3.3. 첨단기술기업 지정서를 발급하였다 하더라도, 청구주장대로 이를 유효기간 만료일에 소급하여 첨단기술기업의 지위를 인정하는 것은 아무런 근거가 없는 것으로서 행정의 일관성 및 신뢰성 등을 고려할 때 청구주장을 받아들이기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 감사원의 시정요구에 따라 쟁점감면의 적용을 배제하여 청구법인에게 2020사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 삭제 <1993.12.31>

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

(2) 조세특례제한법

(가) 2015.12.15. 법률 제13560호로 일부 개정된 것

제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조 제1호 에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

1. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항 에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

2. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의3 제2항 에 따라 2018년 12월 31일까지 등록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

가. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원

나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

⑤ 제3항 제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(나) 2016.12.20. 법률 제14390호로 일부 개정된 것

제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조 제1호 에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

1. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항 에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

2. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의3 제2항 에 따라 2018년 12월 31일까지 등록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 영위하는 경우로서 해당 서비스업에서 발생한 소득에 대하여 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액과 제3호의 금액 중 큰 금액을 초과하는 경우에는 그 큰 금액을 한도로 하여 세액을 감면할 수 있다.

1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

가. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원

나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

3. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

가. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 2천만원

나. 제1호의 투자누계액의 100분의 100

④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

⑤ 제3항 제2호 또는 제3호를 적용받아 소득세