조심-2026-전-0236 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인 A은 2002.3.19. 설립된 C 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주이자 대표이사(2020.3.19. 취임)이고, 청구인 B(청구인 A과 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 청구인 A의 배우자로서 쟁점법인의 주주이자 사내이사(2020.3.19. 취임, 2024.4.12. 사임)였던 사람이다.

나. 쟁점법인은 2021.9.30. D 주식회사[주식회사 E(이하 “E”이라 한다)의 완전자회사로, 이하 “D”라 한다]가 쟁점법인의 신규발행 보통주 OOO주를 OOO원(1주당 발행가액 OOO원)에 인수하도록 하는 제3자 배정방식의 유상증자(이하 “1차유상증자”라 한다)를 실시하였고, 2021.12.31. 1차유상증자와 같이 D가 쟁점법인의 신규발행 보통주 OOO주를 OOO원(1주당 발행가액 OOO원)에 인수하도록 하는 제3자 배정방식의 유상증자(이하 “2차유상증자”라 한다)를 실시하였으며, 그 결과 D는 2021.12.31. 기준 쟁점법인의 보통주 OOO주(지분율 42.11%)를 보유하게 되었다.

다. 쟁점법인은 2023.2.20. 이사회에서 기존 주주들에게 쟁점법인의 보통주 OOO주를 청약대금 납입기일을 2023.4.3.로 하여 1주당 OOO원에 신규발행하는 유상증자(이하 “3차유상증자”라 한다)를 실시하되 실권주 발생 시 이를 E에게 배정하는 방식으로 자금을 조달하기로 결의하였고, 2023.4.3. 3차유상증자를 실시한 결과 D, F 및 G이 각각 쟁점법인의 신규발행 보통주 OOO주, OOO주 및 OOO주 합계 OOO주를 인수하였으며, 실권주 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)는 2023.9.18. E이 그 전부를 인수하였다.

라. 처분청은 E이 청구인들의 3차유상증자에 대한 신주인수권 포기에 따라 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 의하여 평가한 시가(1주당 OOO원)보다 높은 가액(1주당 OOO원)에 인수함으로써 그 특수관계인에 해당하는 청구인들이 이익을 얻었다고 보아, 2025.10.16. 청구인 A에게 2023.4.3. 증여분 증여세 OOO원 및 청구인 B에게 2023.4.3. 증여분 증여세 OOO원을 각각 결정‧고지하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 각각 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식에 대한 상증세법상 보충적 평가액을 시가로 하여 쟁점법인의 증자에 따른 이익이 증여된 것으로 보아 청구인들에게 증여세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지1> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인의 기본 현황은 다음과 같다.

(가) 쟁점법인은 2002.3.19. 설립되어 OOO를 본점 소재지로 하고 OOO 제조업 등을 목적으로 하는 법인으로, 2022.10.27. OOO에 지점(C 공장)을 설치하였다.

(나) 쟁점법인의 법인등기부등본상 임원에 관한 사항은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점법인의 임원에 관한 사항 중 일부

○○○

(다) 쟁점법인의 법인등기부등본상 발행주식 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점법인의 발행주식 현황

○○○

(라) 쟁점법인의 주식등변동상황명세서상 주주 변동내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점법인의 주주 변동내역

○○○

(2) 쟁점법인의 유상증자 경위 및 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점법인의 2021.7.29.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 해당 임시주주총회에서 아래 <표4> 기재 내용과 같이 1차유상증자 및 2차유상증자에 관한 의안이 심의‧가결되었다.

<표4> 1차유상증자 및 2차유상증자 관련 임시주주총회 주요 내용

○○○

(나) 쟁점법인은 1차유상증자와 관련하여 2021.9.7. D와의 투자계약을 체결한바 해당 투자계약서의 주요 내용은 <별지2> 기재와 같고, 한편 쟁점법인 및 D 사이의 2차유상증자 및 3차유상증자에 관한 투자계약서는 달리 확인되지 아니한다.

(다) 쟁점법인의 ‘제3자 배정방식의 유상증자 공고’ 자료에 나타나는 1차유상증자 및 2차유상증자 관련 공고 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 1차유상증자 및 2차유상증자 관련 공고 내용

○○○

(라) 쟁점법인의 2023.2.20.자 이사회 의사록에 의하면, 해당 의사회에서 아래 <표6> 기재 내용과 같이 신공장 건설 자금 증액 및 3차유상증자에 관한 의안이 심의‧가결되었다.

<표6> 2023.2.20.자 이사회 의사록 주요 내용

○○○

(마) 쟁점법인의 2023.9.15.자 이사회 의사록에 의하면, 해당 의사회에서 아래 <표7> 기재 내용과 같이 실권주 제3자 배정에 관한 의안이 심의‧가결되었다.

<표7> 2023.9.15.자 이사회 의사록 주요 내용

○○○

(바) 청구인들은 3차유상증자와 관련한 쟁점법인의 2023.4.10.자 ‘제3자 배정 유상증자 현황’ 자료를 제출한바, 해당 자료의 내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 쟁점법인의 3차유상증자 현황자료(2023.4.10.)

○○○

(3) 쟁점법인의 주식 및 사업에 대한 외부평가기관(회계법인)의 평가 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점법인은 K회계법인에게 2020.12.31. 기준 쟁점법인 주식의 공정가치에 대한 평가를 의뢰한바, K회계법인은 2020.12.31. 기준 쟁점법인 주식 1주당 가치를 OOO원으로 평가한 결과보고서를 작성하여 2021.7.22. 이를 쟁점법인에게 제출하였다.

(나) D는 J회계법인에게 쟁점법인의 신규사업(OOO 사업)의 사업계획에 대한 검토를 의뢰한바, J회계법인은 이에 따라 쟁점법인의 사업계획 등을 검토하여 2021년 4월 기준 쟁점법인의 기존사업부문에 대한 평가액과 신규사업에 대한 투자안의 순현재가치를 각각 OOO원 및 OOO원으로 산정하였다.

(다) 쟁점법인은 P회계법인에게 2022.12.31. 기준 쟁점법인 주식의 공정가치에 대한 평가를 의뢰한바, P회계법인은 2022.12.31. 기준 쟁점법인 주식 1주당 가치를 OOO원으로 평가한 결과보고서를 작성하여 2023.2.13. 이를 쟁점법인에게 제출하였다.

(4) 처분청의 이 건 증여세 부과처분 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구인들과 쟁점법인을 3차유상증자 당시 특수관계인으로 보아 상증세법상 비상장주식에 대한 보충적 평가방법을 적용하여 2023.4.3. 기준 증자 후 쟁점법인의 주식 1주당 평가액을 OOO원으로 산정한 뒤, 같은 법 제39조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제29조 제2항 제3호에 따라 청구인들의 2023.4.3. 증여분 증여재산가액을 아래 <표9> 기재와 같이 산정하였다.

<표9> 처분청의 청구인들에 대한 증여재산가액 산정 내역

○○○

(나) 처분청의 청구인들에 대한 2023.4.3. 증여분 증여세 결정내역은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 증여세 결정내역

○○○

(5) 청구인들과 E이 서로 특수관계인에 해당한다는 사실에 대하여서는 청구인들과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(6) 청구인들은 청구주장과 관련하여 다음의 자료 등을 제출하였다.

(가) 청구인들은 1차유상증자, 2차유상증자 및 3차유상증자가 전부 동일한 한 건의 투자라고 주장하며 투자 관련 협의과정 등에 관한 전자우편 내용을 아래 <표11>와 같이 제출하였다.

<표11> 청구인들이 제출한 투자협의 관련 전자우편 주요 내용

○○○

(나) 청구인들은 쟁점법인의 주식가치와 관련하여, 쟁점법인의 의뢰에 따른 K회계법인의 주식가치평가 보고서(2021.7.22.) 및 P회계법인의 주식가치평가 보고서(2023.2.13.)와, D의 의뢰에 따른 J회계법인의 쟁점법인 신규사업 사업계획 검토보고서(2021년 8월)를 각 제출하였다.

(다) 청구인들은 2021.9.28. 쟁점법인의 주식이 1주당 OOO원에 거래된 사례가 있어 위 가액을 쟁점법인의 시가로 볼 수 있다고 주장하며, 쟁점법인의 주주 M가 2021.9.28. 쟁점법인의 주식 OOO주를 양도하기로 하는 계약서를 제출한바, 그 내용은 아래 <표12>와 같다.

<표12> 청구인들이 제출한 쟁점법인 주식의 매매사례 내역

○○○

(라) 청구인들은 쟁점법인의 투자유치 경위에 관하여 쟁점법인의 기업소개자료 및 OOO 계획서를 제출한바, 그 중 일부는 아래 <표13>과 같다.

<표13> 청구인들이 제출한 기업소개자료 및 사업계획서 중 일부

○○○

(마) 청구인들은 쟁점법인의 미래가치 등과 관련하여 아래 <표14> 기재 내용과 같은 언론 보도자료를 제출하였다.

<표14> 청구인들이 제출한 언론 보도자료 주요 내용

○○○

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 E이 청구인들의 3차유상증자 신주인수권 포기로 발생한 실권주(쟁점주식)를 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 평가한 시가보다 높은 가액에 인수함으로써 특수관계인에 해당하는 청구인들이 이익을 얻었으므로 상증세법 제39조 제1항 제2호 가목에 따라 청구인들에게 증여세를 부과한 이 건 처분이 잘못이 없다는 의견이다.

(나) 그러나, 주식거래가 비록 특수관계에 있는 자와의 거래라고 하더라도 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격이면 그 가액을 시가로 볼 수 있는 것이고, 상증세법 시행령 제54조가 규정하는 방법에 의한 비상장주식의 증여재산평가는 증여일 당시 또는 증여세 부과 당시의 각 시가를 산정하기 어려울 때에 한하여 택할 수 있는 보충적인 평가방법으로, 시가를 산정하기 어려워서 보충적인 평가방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증책임은 과세처분의 적법성을 주장․입증할 책임을 진 과세관청에 있으며, 증여재산 평가의 기준이 되는 시가라 함은 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것으로서, 증권거래소에 상장되지 아니한 비상장주식이더라도 위와 같은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하는 것인 한편, 어떠한 거래가 그 거래대상의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하는 일반적이고 정상적인 거래인지 여부는 ① 거래당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, ② 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래를 둘러싼 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 하고, 따라서 특수관계에 있는 자와의 거래라 하더라도 위와 같은 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 보아 그 거래가격으로 평가하여야 하되, 특수관계인과의 거래가 정상적인 거래에 해당된다는 입증은 이를 주장하는 자에게 있다(서울고등법원 2006.10.17. 선고 2005누24348 판결, 대법원 2007.1.11.자 2006두17055 판결, 같은 뜻임).

(다) 또한, 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 시가로 볼만한 사정이 있는 경우에는 그 가액을 시가로 보아야 할 것(대법원 2012.4.26. 선고 2010두26988 판결, 같은 뜻임)이고, 특정 주식이 상증세법상 보충적 평가액과 다른 가격에 발행‧배정되었다 하여 무조건적으로 그 시가성을 부인하여야 한다고 볼 수는 없다(조심 2022서1421, 2023.5.24., 같은 뜻임).

(라) 이 건의 경우, 1차유상증자 당시 쟁점법인과 그 투자자인 D 및 E 사이에 특수관계가 없었던 상태에서 쟁점법인과 D가 1차유상증자 이전의 회계법인 평가내용 등을 기초로 각자의 이익을 극대화하기 위하여 전자우편을 주고받는 등의 방식을 통하여 투자조건에 대한 협상을 하였던 것으로 보이고, 1차유상증자의 신주발행가액으로 결정된 1주당 OOO원이 2차유상증자 및 3차유상증자의 신주발행가액과 동일하며 E의 쟁점주식 인수가액 또한 위와 동일한 1주당 OOO원인 점,

3차유상증자의 신주발행가액이 상증세법상 보충적 평가액보다 높기는 하나, 제품 개발 및 제조에 고도의 기술력이 필요한 경우 기업의 가치는 자산가치만으로 평가하기보다 미래의 추정이익 등을 고려하여 평가하는 것이 보다 합리적인 측면이 있고, 쟁점법인과 D가 1차유상증자 이전인 2021.9.7. 작성한 투자계약서에 의하면 D가 유상증자 참여에 따라 이사추천권(제5조), 감사권(제15조) 및 시정조치요구권(제16조) 등을 갖게 되어 쟁점법인의 경영권 이전이 예정되어 있었다고 볼 수 있는 한편, 실제로 E 및 D가 3차유상증자 이후 쟁점법인의 지분 합계 51% 이상을 보유하게 되었으므로 쟁점주식 인수가액에는 경영권 이전에 대한 대가도 포함되어 있다고 볼 수 있는 점(조심 2012서4218, 2014.8.21., 같은 뜻임) 등에 비추어, E의 쟁점주식 인수가액은 이를 시가로 인정하는 것이 타당하다 하겠다.

(마) 따라서, 청구인들이 3차유상증자 신주인수권 포기로 특수관계가 있는 실권주(쟁점주식) 인수자인 E으로부터 이익을 얻은 것으로 보아 처분청이 이들에게 증여세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

10. “특수관계인”이란 본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

제39조(증자에 따른 이익의 증여) ① 법인이 자본금(출자액을 포함한다. 이하 같다)을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분[이하 이 조에서 “신주”(新株)라 한다]을 발행함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

2. 신주를 시가보다 높은 가액으로 발행하는 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

가. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 그 실권주를 인수함으로써 그의 특수관계인에 해당하는 신주 인수 포기자가 얻은 이익

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(제63조제2항에 해당하는 주식등은 제외한다)의 경우 : 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

2. 「가상자산 이용자 보호 등에 관한 법률」 제2조 제1호 에 따른 가상자산의 경우 : 제65조 제2항에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(2) 상속세 및 증여세법 시행령(2025.12.30. 대통령령 제35947호로 타법개정되기 전의 것)

제2조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제10호에서 "본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제1호 부터 제5호까지의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "친족"이라 한다) 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가