조심-2026-전-0025 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.7.31. 부동산개발업 등을 영위하기 위해 설립된 법인으로, OOO에 위치한 OOO(이하 “이 건 건물”이라 한다)를 신축한 후, 2022.7.20.과 2022.11.11. 주식회사 A(이하 “A”라 한다)와 이 건 건물의 분양대행용역계약 및 입주대행용역계약을 각각 체결하고 분양업무 등을 위탁하였다.

나. 대전지방국세청장은 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 2023년 제1기∼2024년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 A가 수분양자들에게 입주지원금 명목으로 지급한 공급가액 OOO원(이하 “쟁점지원금”이라 한다)을 청구법인이 직접 할인분양(매출에누리)한 것으로 보아, 관련 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 가공세금계산서로 확정하여 매입세액을 불공제하고 같은 금액을 매출세액에서 차감하는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2025.9.1. 청구법인에게 부가가치세 2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원 합계 OOO원(세금계산서 불성실 가산세 등)을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.6. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

입주대행사가 수분양자들에게 지급한 쟁점지원금을 청구법인이 수분양자들에게 할인분양한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 건물은 2020.10.21. 착공하여 2022.11.10. 사용승인되었으며, 지하1층～지상 16층, 연면적 약 99,551㎡ 규모의 공장(제조형, 업무형) 385호실, 기숙사 204호실, 상업시설 192호 등 합계 781호로 구성되어 있다.

(나) 청구법인은 이 건 건물 개발사업과 관련하여 주식회사 B과 관리형토지신탁계약을 체결하고, 수탁자인 B이 신탁부동산을 분양ㆍ관리ㆍ운용하는 약정을 체결하였다.

(다) 청구법인은 2020년 8월경 주식회사 C과 분양대행계약을 체결하여 이 건 건물 사전청약을 실시하였으며, 2020년 10월경 주식회사 D와 분양대행계약을 추가로 체결하고 2020.11.3.부터 분양을 하다가, 이후 부동산경기가 악화됨에 따라 기존 분양대행사와의 계약을 해제하고 2022.7.20. A와 신규 분양대행계약을 체결하였다.

<A와 체결한 분양대행용역계약 발췌>

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(라) A는 이 건 건물 분양대행용역을 수행하다가 준공이 되자, 2022.11.11. 입주대행업무 용역계약을 체결하고 합계 OOO원(인센티브 OOO원)을 지급받기로 약정하였다가, 입주율이 저조하고 입주를 포기하는 수분양자들이 늘어나자 입주대행수수료를 아래 <표1>과 같이 변경하기 시작하여 2023.4.17.에는 공급원가의 20∼30%를 지급받는 것으로 약정하였다.

<표1> 입주대행수수료 변경 내역

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<A와 체결한 입주대행용역계약 발췌>

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(마) 한편, 청구법인이 2023.4.17. A와 계약한 입주대행용역계약서의 ‘입주 수수료 변경 호실’에 의하면, 위 계약일 이후 잔금을 완납하는 전체 호실에 대하여 동일한 기준으로 입주 수수료를 지급한 것으로 확인된다.

<입주 수수료 변경 호실 내역 발췌>

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(바) 한편, A는 2023년 4월경부터 수분양자들에게 ‘계약자 지원금’ 명목으로 공급원가의 10～30% 수준의 지원금을 지급(사업소득 원천징수)하기 시작하였고, 2023년 11월경부터는 ‘계약자 지원금’ 외에 계약금 및 잔금을 추가 지급한 것으로 확인된다.

(사) 처분청은 아래 <표2>와 같이 청구법인이 A에 지급한 입주대행수수료 OOO원 중 OOO원을 청구법인이 수분양자에게 할인분양 명목으로 지원한 것으로 확정하였다.

<표2> A의 입주대행수수료 사용 내역

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(아) 처분청은 A가 수분양자들에게 자금을 이체하면 수분양자들이 즉시 신탁사인 ㈜B 계좌로 이체하거나, A가 직접 ㈜B 계좌로 이체하였다는 조사결과를 제출하였다.

(자) 처분청이 제출한 청구법인 대표이사 A의 심문조서는 아래와 같다.

<입주대행수수료 산정 근거에 관한 심문조서 발췌>

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<입주대행수수료 사용방식에 관한 심문조서 발췌>

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 A와 입주대행용역계약을 체결하고 정상적으로 용역을 제공받았으므로 관련 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 가공세금계산서로 본 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 A와 분양대행용역계약 및 입주대행용역계약을 체결하면서 입주대행수수료로 공급원가의 0.7∼0.8% 및 목표 입주율에 따라 최대 OOO원을 지급하기로 약정하였다가, 준공 이후 미분양이 발생하자 2023.4.17. 공급원가의 20∼30%를 지급하는 것으로 계약을 변경한바, 이를 통상적인 입주대행용역의 대가라고 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점지원금을 지급하고 A로부터 제공받은 용역이 무엇인지 불분명한 점, 처분청의 조사결과에 의하면 A가 수분양자들에게 입주지원금을 이체하면 수분양자들이 즉시 신탁사 계좌로 분양대금을 납부하거나, A가 직접 신탁사 계좌로 분양대금을 납부한 것으로 확인되는 점, 청구법인과 A가 체결한 2023.4.17. 입주대행용역계약서에 의하면 위 계약일 이후 잔금을 완납하는 모든 호실에 동일한 조건의 입주수수료가 지급된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 A에게 지급한 쟁점지원금은 입주대행용역의 대가라기보다는 A를 통해 우회적으로 수분양자들에게 분양대금을 지원한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 용역의 제공 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .

<별지> 관련 법률

부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트