조심-2026-부-1407 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.6.1. 현재 배우자(이하 청구인과 배우자를 합하여 “청구인 등”이라 한다)와 함께 ○○광역시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택①”이라 한다) 및 같은 시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택②”라 한다)를 공동 소유하고 있고, 청구인은 ○○광역시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택③”이라 하고, 쟁점임대주택①·②와 합하여 “쟁점임대주택들”이라 한다)를 단독으로 소유하고 있다.

나. 청구인 등은 2016.4.11. 쟁점임대주택①을, 2018.6.26. 쟁점임대주택②를, 청구인은 2016.10.26. 쟁점임대주택③을 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 단기 임대주택으로 등록하였으나, 같은 법 제6조 제5항에 따라 2020.8.26.에 쟁점임대주택①의, 2022.3.7. 쟁점임대주택②의, 2020.8.25. 쟁점임대주택③의 임대사업자등록이 말소되었고, 청구인 등은 2021.10.13. 쟁점임대주택①을, 2022.6.30. 쟁점임대주택②를, 청구인은 2021.10.13. 쟁점임대주택③을 민간임대주택법에 따른 장기임대주택으로 다시 등록하였다.

다. 청구인 등은 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제신고기한 (2021.9.30.) 내에 쟁점임대주택들을 합산배제대상 주택으로 신고하였고, 이에 따라 처분청은 청구인에게 종합부동산세 및 농어촌특별세( 이하 “종합부동산세 등”이라 한다) 를 부과하지 아니하였다.

라. 처분청은 이후 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 쟁점임대주택①·③의 임대사업자등록이 말소되어 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하고, 쟁점임대주택②는 2018.3.31. 이후 등록한 단기임대주택이므로 「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제 3조 제1항 제2호의 단서 규정에 따라 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아, 2026.1.8. 청구인에게 2021년 귀속 종합부동산세 등 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 집행 정지를 구하는 청구의 당부

② 쟁점임대주택들이 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

제57조(심사청구 등이 집행에 미치는 효력) ① 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있다.

② 재결청은 집행정지 또는 집행정지의 취소에 관하여 심리ㆍ결정하면 지체 없이 당사자에게 통지하여야 한다.

(2) 국세징수법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “체납”이란 국세를 지정납부기한까지 납부하지 아니하는 것을 말한다. 다만, 지정납부기한 후에 납세의무가 성립ㆍ확정되는 「국세기본법」 제47조의4 에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세의 경우 납세의무가 확정된 후 즉시 납부하지 아니하는 것을 말한다.

제13조(재난 등으로 인한 납부기한등의 연장) ① 관할 세무서장은 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 국세를 납부기한 또는 독촉장에서 정하는 기한(이하 이 조, 제15조 및 제16조에서 “납부기한등”이라 한다)까지 납부할 수 없다고 인정되는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부기한등을 연장(세액을 분할하여 납부하도록 하는 것을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.

1. 납세자가 재난 또는 도난으로 재산에 심한 손실을 입은 경우

2. 납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우

3. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요한 경우 또는 사망하여 상중(喪中)인 경우

4. 그 밖에 납세자가 국세를 납부기한등까지 납부하기 어렵다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

② 납세자는 제1항 각 호의 사유로 납부기한등의 연장을 받으려는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청할 수 있다.

③ 관할 세무서장은 제1항에 따라 납부기한등을 연장하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 즉시 납세자에게 그 사실을 통지하여야 한다.

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받은 경우 납부기한등의 만료일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 납부기한등의 연장 승인 여부를 통지하여야 한다.

⑤ 납세자가 납부기한등의 만료일 10일 전까지 제2항에 따른 신청을 하였으나 관할 세무서장이 그 신청일부터 10일 이내에 승인 여부를 통지하지 아니한 경우에는 신청일부터 10일이 되는 날에 제2항에 따른 신청을 승인한 것으로 본다.

(3) 국세징수법 시행령

제13조(납부기한등 연장 등의 납부지연가산세 등 미부과) 관할 세무서장은 법 제13조 또는 제14조에 따라 납부기한등을 연장하거나 납부고지를 유예한 경우 그 연장 또는 유예 기간 동안 「국세기본법」 제47조의4 에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세를 부과하지 않는다. 납세자가 납부고지 또는 독촉을 받은 후에 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제140조 에 따른 징수의 유예를 받은 경우에도 또한 같다.

(4) 종합부동산세법

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. (각 호 생략)

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건

1) 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항 에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

⑨ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

(6) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. <2020.8.18. 삭제>

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

부칙(법률 제17482호, 2020.8.18.)

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

(7) 행정기본법

제12조(신뢰보호의 원칙) ① 행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다.

② 행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다. 다만, 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우는 예외로 한다 .

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망상 청구인 등이 쟁점임대주택①·③에 대해 임대사업자를 등록한 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점임대주택②는 별도로 사업자등록을 하지 아니하였으나, 쟁점임대주택①의 사업장현황신고시 쟁점임대주택②의 수입금액도 같이 신고한 것으로 확인된다.

<표1> 쟁점임대주택① ·③ 의 사업자등록내역

○○○

(2) 청구인 등이 부산광역시 해운대구청장에 등록한 임대사업자 변경내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 해운대구청에 등록된 주택임대사업자 변경 내역

○○○

(3) 부산광역시 해운대구청장이 처분청의 임대사업자등록 재등록과 관련한 민원접수일자 및 처리일시 확인요청에 따라 회신한 공문(해운대구청 OOO, 2025.11.12.)에 따르면 청구인 등이 쟁점임대주택①·③을 장기임대주택으로 등록신청한 날은 2021.10.13. 및 2021.10.8.로 나타난다.

(4) 국세청이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고 안내와 관련하여 청구인 등에게 송부한 안내문의 주요 내용은 아래 <표3>과 같음

<표3> 종합부동산세 합산배제 신고 안내문

[국세청] 종합부동산세 합산배제 신고 안내문

안녕하세요. 국세청입니다.

귀하의 성실한 납세에 깊이 감사드리며, 종합부동산세 합산배제신고와 관련하여 안내사항을 알려 드립니다.

- 신고기간 : 2021.9.16.∼2021.9.30.(합산배제 신고기간)

- 신고대상 : 임대주택·미분양주택·사원용주택 및 주택신축용 토지 보유자 등 종합부동산세 합산배제 요건을 충족한 납세자

- 신고방법 : 전자신고, 인터넷(홈텍스)으로 신고

* 우편·방문신고 : 주소지(본점) 관할 세무서에 우편·방문 접수

- 전자신고 문의 : 국세상담센터 126(음성 ARS 또는 보이는 ARS→1번→3번)

- 신고 안내 : 국세청 홈페이지(www.nts.go.kr)→국세신고안내→종합부동산세

(5) 처분청의 이 건 종합부동산세 부과시 경정 내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 종합부동산세 경정 내역

○○○

(6) 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인이 제출한 가족관계증명서에 따르면 청구인의 시부는 사망(청구인은 2020년 6월에 사망하였다고 주장)하였고, 청구인의 자녀들(3남)은 모두 2020.11.24. 출생한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 청구인의 계좌에 보유 중인 예금 잔액을 확인할 수 있는 인터넷 뱅킹 화면을 캡처해서 제출하였는데, 이를 보면 총 5개 계좌에 보유 중인 예금 잔액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(7) 국세통합전산망상 처분청은 이 건 부과처분된 종합부동산세 등의 납부기한을 2026.7.31.까지 연장하였고, 처분청은 이 건 심리일 현재까지 이 건 종합부동산세 등의 체납을 이유로 청구인의 재산을 압류한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(8) 청구인이 조세심판관회의자료의 사전열람 이후 추가 제출한 주장은 다음과 같다.

(가) 쟁점①과 관련하여, 청구인의 계좌 잔액 OOO원과 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과세액 OOO원의 간극은 즉각적이고 회복 불가능한 손해를 자명하게 보여주며, 처분청이 이에 대해 아무런 반대 의견을 내지 않았으므로 집행정지를 인용하여야 한다.

(나) 쟁점②와 관련하여, 국세청의 공식 해석(서면-2022-부동산-4958) 및 집행기준(8-3-13)이 신고기한 경과 후에도 합산배제를 인정하는 이상, 신고기한 내에 합산배제신고서를 제출한 청구인의 경우 합산배제가 인정되어야 한다. 자동말소라는 외부 사유, 인도적 장애사유(세쌍둥이 출산·시부상·코로나19), 행정처리 지연으로 인한 불이익 전가 금지(조심 2024전2399), 처분청의 4년 7개월 지연 과세로 인한 신뢰보호원칙 위반을 종합하면, 이 건 각 처분은 취소되어야 한다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대