조심-2026-부-0218 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 주택임대업을 영위하는 법인으로 2009.1.8. 설립된 후, 2009.1.15. 부산광역시 금정구 OOO소재 공동주택 19개 호실(이하 “쟁점주택①”이라 한다) 및 부산광역시 금정구 OOO소재 공동주택 19개 호실(이하 “쟁점주택②”라 한다)을 각 취득하였고, 부산광역시 부산진구 OOO소재 오피스텔 2개 호실(이하 “쟁점주택③”이라 하고, 쟁점주택①⋅②⋅③을 합하여 이하 “쟁점주택들”이라 한다)을 2015.10.28. 취득한 후, 2021.12.8. 장기일반민간임대주택으로 신고하였다.

나. 한편, 쟁점주택①⋅②는 2009.12.22. 부산광역시 사하구청에 임대사업자등록하였으나, 2021.6.15. 임대사업자등록이 자동말소되었다.

다. 처분청은 “2025년 종합부동산세 임대주택 등 합산배제 점검”에 따라 청구법인의 장기일반민간임대주택 등록일이 2020.6.18. 이후인 사실을 확인하고 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목 2)에 따라 쟁점주택들에 대하여 2025.10.15. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.24 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택들이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목에 해당하여 쟁점주택들을 종합부동산 합산배제 적용에서 제외되는 주택으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 2009.1.8. 관할세무서에 부동산임대업으로 사업자 등록하였고, 2011.5.18. 대표자를 a에서 b으로 변경하였으며, 2011.11.23. 사업장을 부산광역시 사하구 OOO로 이전한 후 계속사업 중에 있고, 아래 <표1>의 사업장에 대해 관련 세무신고를 한 사실이 나타난다.

<표1> 청구법인 관할세무서 사업자 등록 현황

(나) 처분청은 청구법인의 주택임대 사업자 등록일인 2021.12.8. 현재 쟁점주택들의 소재지가 조정지역에 해당하여 종합부동산세 합산배제 적용 대상이 아니라는 이유로 합산배제 적용을 제외하고 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정⋅고지하였다.

(다) 쟁점주택들의 소재지인 부산광역시 금정구·부산진구는 2020.12.18. 아래와 같이 조정대상지역으로 지정된 사실이 확인된다.

<2020.12.17. 국토교통부 보도자료>

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 2009.1.15. 현물출자를 원인으로 쟁점주택①⋅②를 취득한 사실과 2022.1.12. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대의무기간 및 임대료 증액기준을 준수해야 하는 민간임대주택등기된 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.

(나) 청구법인은 2015.10.30. 매매를 원인으로 쟁점주택③을 취득한 사실과 2022.1.12. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대의무기간 및 임대료 증액기준을 준수해야 하는 민간임대주택등기된 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.

(다) 청구법인은 2009.12.22. 부산광역시 사하구청에 쟁점주택①⋅②를 아래와 같이 임대사업자 등록한 사실이 확인된다.

<쟁점주택①⋅②의 2009.12.22. 임대사업 등록 현황>

(라) 쟁점주택①⋅②는 아래와 같이 2021.6.15. 자동말소되어 전체말소를 통한 폐업처리된 사실이 확인된다.

<쟁점주택①⋅②의 자동말소 현황>

(마) 청구법인은 쟁점주택들을 2021.12.8.을 최초등록일로 하여 아래와 같이 부산광역시 사하구청에 장기일반민간임대주택으로 임대사업 등록한 사실이 확인된다.

< 그림 삽입을 위한 여백 >

<쟁점주택들에 대한 2021.12.8. 임대사업 등록 현황>

(바) 청구법인은 2021년 및 2022년 계속하여 임대사업을 영위하였다는 증빙으로 아래 부가가치세과세표준 증명원을 제출하였다.

<청구법인 부가가치세과세표준 증명원>

(3) 기획재정부는 2020.6.30. 아래와 같이 “2020.6.17. 주택시장 안정을 위한 관리방안 후속조치” 관련 보도자료를 통해 「종합부동산세법 시행령」 개정안을 입법예고하였으며, 아래 <표2>와 같이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목을 개정(신설)하면서, “법인이 2020.6.18. 이후 조정대상지역에 주택을 8년 장기임대 등록하는 경우 종합부동산세를 합산”하도록 하였고, 그 적용에 대해 “조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함)”하는 것으로 규정하였다.

<2020.6.17. 기획재정부 보도자료>

<표2> 종합부동산세법 시행령 개정 전⋅후 비교

(4) 국토교통부는 2020.8.10. 「민간임대주택에 관한 특별법」 주요 개정 사항을 아래와 같이 발표하면서 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호 〜6호, 제5조 제3항, 제6조 제5항에서 아래 <표3>과 같이 “단기임대(4년)” 및 “아파트 장기일반 매입임대(8년)” 제도를 폐지하였고, 기등록된 단기임대유형에서 장기임대로 전환도 금지하였는데, 청구법인의 경우 2009.12.22. 최초 등록하였고, 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정 후, 임대기한이 종료되어 2021.6.15. 자동말소된 것으로 나타난다.

<2020.8.10. 국토교통부 보도자료>

<표3> 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정 전⋅후 비교

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2020.8.7. 대통령령 제30921호로 일부개정된 것)

제3조(합산배제 임대주택) ①법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

- 중간 생략 -

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

3. ∼ 7. - 생 략 -

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1) 또는 2)에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건 – 중간생략 -

나. 제외되는 주택

1) – 중간생략 -

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택

(3) 종합부동산세법 시행령(2020.8.7. 대통령령 제30921호로 일부개정되기 전의 것)

제3조(합산배제 임대주택) ① –중간생략-

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산 되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역( 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간 임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득 할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다 .

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

나. 8년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항 에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부

개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이

아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간 임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다 .

6. 삭제 <2020.8.18.>

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. 〜10. - 중간생략 -

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

※ 부칙

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부

개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이

아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로

취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

- 중간생략 –

⑤ 제1항 각 호(제5호 중 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다)에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.