조심-2025-중-3896 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.2.1. 개업하여 경기도 용인특례시 수지구 OOO에서 전기 공급 및 제어장치 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 A(대표자 : a, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하여 매입세액을 매출세액에서 공제하고 공급가액을 손금산입하여 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. OO세무서장(이하 “쟁점거래처조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 쟁점거래를 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 가공거래로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2025.7.4.∼2025.7.9. 기간 동안 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정・고지하였으며, 청구법인에게 공급가액 OOO원을 청구법인의 대표이사 a(이하 “대표이사”라 한다)에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 이 건 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.10. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2025.9.22. 위 부가가치세 부과처분을 직권으로 취소하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (부가가치세) 적법한 심판청구인지 여부

② 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인조사청은 2020.1.16.∼2020.3.17. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 한 것으로 확인된다. 청구법인조사청은 청구법인이 거래처들로부터 재화나 용역을 공급받지 아니하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액 불공제 및 매출원가를 부인하여 과세하도록 하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2020.3.27.～2020.5.18. 기간 중에 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2014년 제1기～2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2014∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하고, 2014∼2018년 귀속 합계 OOO원을 대표이사게 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.

<표2> 청구법인의 법인세 및 부가가치세 등 부과내역

(단위 : 원)

○○○

청구법인 조사 당시 쟁점거래처와 관련하여 청구법인조사청이 가공거래로 확정한 공급가액은 다음과 같다.

○○○

(나) 청구법인은 이에 불복하여 조세심판청구(조심 OOO, 2020.12.29.)를 거쳐 행정소송(대법원 2025.5.1. 선고, OOO 판결)을 한 것으로 확인된다.

1) 조세심판청구 결정문(조심 OOO, 2020.12.29.)의 주요내용은 다음과 같다.

○○○

2) 행정소송 판결문의 주요내용은 다음과 같다.

○○○

(다) 한편, 처분청은 대표자 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지분에 대한 종합소득세 과세자료를 대표이사의 주소지 관할서인 OO세무서장(이하 “주소지관할청”이라 한다)에게 통보하였고, 주소지관할청은 대표이사가 「소득세법 시행령」 제134조 에 따라 소득금액변동통지를 받은 날이 속하는 달의 다음다음달 말일까지 인정상여 소득처분에 대하여 종합소득세 신고를 하지 아니한 사실을 확인하여 아래 <표3>과 같이 종합소득세를 경정·고지하였으며, 이에 대표이사는 2025.5.26. 이의신청을 제기한 것으로 나타난다.

<표3> 종합소득세 부과내역

(단위 : 원)

○○○

주소지관할청은 해당 이의신청에 대해 2025.7.9. 다음 주문과 같은 결정( OO세무서장 제2025-OOO호, 2025.7.9.)을 하였다.

○○○

(라) 또한, 청구법인조사청은 청구법인이 2014년 제1기부터 2018년 제2기까지 대표자 본인 및 가족 명의의 거래처들로부터 수취한 세금계산서(공급가액 OOO원)를 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 발급받은 거짓세금계산서로 보아 「조세범 처벌법」에 의한 범칙처분하고 조사를 종결한 것으로 나타난다.

청구법인조사청은 2020.4. 청구법인과 대표이사를 「조세범 처벌법」 등 위반혐의로 고발하였고, 이에 대한 소송내용은 다음과 같이 나타난다.

○○○

(마) 쟁점거래처조사청은 2024.2.20.부터 2024.4.10.까지 쟁점거래처에 대한 2015∼2019년 귀속 부가가치세 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 발행한 세금계산서는 모두 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서로 확정하고 처분청에 과세자료를 파생하였다.

이에 처분청은 2025.2.20. 청구법인에게 2019년 제1기 매입세금계산서 4매, 공급가액 OOO원에 관한 과세자료해명안내문을 발송하였고, 대표이사로부터 주문서, 거래대금이체확인증 등 해명자료를 받아 검토한 결과, 객관적인 실거래증빙으로 보기 어렵다고 보아 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 등을 경정·고지하였다가 2025.9.22. 부가가치세는 부과제척기간(5년)이 만료되었음을 사유로 결정취소하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제65조 제1항 제1호 , 제81조 및 같은 법 시행령 제52조의2에서 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 등에는 심판청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바, 처분청은 2019년 제1기 부가가치세를 부과하였다가 2025.9.22. 직권으로 취소하였는바, 이 건 심판청구 중 부가가치세의 취소를 구하는 부분은 심리일 현재 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 부적법한 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인 조사 당시 청구법인조사청의 위법함이 있었으므로 이를 전제로 한 부과처분은 부당하다고 주장하나, 세무조사의 위법성, 「조세범 처벌법」 등 위반에 대한 고발 등에 대한 판결(대법원 2025.5.1. 선고, OOO판결 및 대법원 2024.5.30. 선고, OOO 판결)이 확인되는 점, 청구법인이 2014∼2018년의 기간 동안 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서는 재화나 용역의 공급없이 수취된 허위의 세금계산서라는 선결정 판례가 있는 점, 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요(대법원 2008.9.25. 선고 2008두8284 판결, 같은 뜻임)가 있는 점, 쟁점거래는 2019년 귀속분으로 청구법인 조사대상 기간(2014∼2018년) 이후의 거래인바, 그 거래형식이 동일한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 2019사업연도 법인세 등은 5년의 부과제척기간이 지났으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 부가가치세는 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 받았더라도 이를 통해 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고 보기 어려운 경우 장기부과제척기간을 적용할 수 없으나, 법인세는 청구법인이 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 허위의 회계장부 등을 작성하였으므로 청구법인에게 법인 소득에 대한 적극적인 은닉의도가 있었음을 추단할 수 있으므로 「국세기본법」제26조의2 제2항 제2호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 하는 점(대법원 2021.12.30. 선고, 2021두33371 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.