조심-2025-중-3857 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인 a와 청구인 b(이하 “청구인들”이라 한다)은 2016.3.8.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처기업특별법”이라 한다) 제2조 제1항에 따라 벤처기업으로 설립된 후, 화장품, 의약품 등 제조 및 판매업을 영위하고 있는 주식회사 c(이하 “c”이라 한다)의 사내이사[36,000주씩 보유(3.0% 지분)]로서, 2016.11.22. c으로부터 신주발행형 주식매수선택권[교부받을 주식수 : 84,000주(총 발행주식수의 7.0%), 행사가격 : OOO원, 행사기간 : 2018.11.22.〜2021.11.21.]을 각각 부여받았다.

나. 청구인들은 2021.6.15. 위 주식매수선택권(합계 168,000주)을 행사하면서 그 행사가격에 상당하는 금액을 c에게 각각 입금하였고, 이에 따라 c의 총 발행주식수는 당초 1,781,000주에서 1,949,000주로 늘어나게 되었다.

다. c은「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조의3 제1항 납부특례에 따라 청구인들의 위 주식매수선택권 행사이익(이하 “쟁점행사이익”이라 한다)에 대한 원천징수를 이행하지 않고, 2022년 5월경 청구인들의 2021년 귀속 종합소득세 (대리)신고 시 쟁점행사이익을 근로소득에 합산하여 종합소득 과세표준을 계산한 후, 쟁점행사이익에 관련한 소득세액에 대한 분할납부세액(행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액)을 제외한 나머지 세액만 신고·납부를 하였으며, 이후 2022년 및 2023년 귀속 종합소득세 신고 시에도 위 나머지 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하였다.

라. 청구인들은 2025.4.25. 및 2025.4.29. 쟁점행사이익이 조특법 제16조의4 제1항의 과세특례 요건을 갖춘 적격주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 행사이익으로 소득세 과세대상이 아니라고 보아, 처분청들에 과다납부한 2021년〜2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(청구인 a OOO원 및 청구인 b OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였다.

마. 처분청들은 청구인들이 경정청구한 내용을 검토한 결과, c 및 청구인들이 주식매수선택권 행사에 따라 지급한 주식을 주식매수선택권 전용계좌에 입고하지 않았고, 주식매수선택권 전용계좌개설확인서, 특례적용신청서 및 주식매수선택권 행사주식지급명세서 등을 제출하지 아니하여 조특법 제16조의4 과세특례를 적용할 수 없다고 보아, 2025.7.1. 및 2025.7.31. 청구인들의 경정청구를 각각 거부하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 2025.9.5. 심판청구를 각각 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 조특법상 과세특례 적용을 받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 주주총회의사록(정관변경, 스톡옵션 부여) 및 주식매수선택권 계약서 등에 따르면, 청구인들은 2016.11.15. c의 임시주주총회 의결에 따라 아래 <표>와 같이 주식매수선택권을 부여받은 것으로 나타난다.

<표> c이 부여한 주식매수선택권

(단위 : 주, %, 원)

(2) 법인등기사항전부증명서, 벤처기업확인서 등에 따르면, c은 2016.3.8. 설립된 후 화장품, 의약품 등 제조 및 판매업 등을 영위하고 있고, 벤처기업특별법 제2조 제1항의 벤처기업에 해당하며, 청구인들은 법인설립일 이후 현재까지 사내이사로 재직하고 있는 것으로 나타난다.

(3) 주식매수선택권 전부행사 시 예상지분율, 주식등변동상황명세서(2016 및 2021사업연도), 주식매수선택권 행사 청구서에 따르면, 청구인들은 2021.6.15. 위 주식매수선택권 행사하였고, 전부 행사시 지분율은 각 10%인 것으로 나타난다.

(4) 청구인들은 주식매수선택권 행사 및 이 건 경정청구 시 관련 법령상 쟁점행사이익에 대한 과세특례 적용을 받기 위한 특례적용신청서 및 주식매수선택권 전용계좌개설확인서 등을 c에게 제출하지 아니하였고, c과 금융투자업자는 청구인들의 주식매수선택권 행사에 따라 지급하는 주식을 전용계좌에 입고하지 않았을 뿐만 아니라, 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서 등을 법정 기한내에 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 것으로 나타난다.

(5) 조특법 제16조의4 제1항 및 같은 법 시행령 제14조의4 제1항 및 제5항에서 규정하고 있는 쟁점행사이익이 적격주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 것, 청구인들이 벤처기업 임직원에 해당하는 것과 조특법 제16조의3에 따라 분할납부세액을 각각 납부한 것에 대해서는 청구인들과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 벤처기업인 c이 전자등록주식을 발행하지 아니하여 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 증권 전용계좌에 입고하는 것이 현실적으로 불가능한 상황에서 주식매수선택권 전용계좌개설확인서 등을 제출할 수 없을 뿐이므로, 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 다수, 같은 뜻임),

조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4에 따르면, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받으려는 벤처기업 해당 임직원은 주식매수선택권 전용계좌 개설 후 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하도록 규정하고 있으므로, 이는 최소한의 지정기한 내에 납세자의 과세특례 신청 등 제반 절차를 엄격히 준수하여 과세방식을 확정하도록 한 것으로 보이고, 또한, 주식매수선택권 행사일 전일까지 과세특례적용신청서를 회사에 제출하도록 함으로써 납세자의 의사표시를 법령에서 명확히 요구하고 있는 것은 행사시점의 시가를 알기 전에 벤처기업에 특례적용 신청을 하도록 하는 등 제반 절차를 엄격히 준수하도록 하여 과세특례 방식에 따른 이해관계(견제, 균형) 및 조세회피 방지의 목적 등을 구현하려는 것으로 보이는 점,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조 제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다.

(나) 2021.12.28. 법률 제18634호로 일부개정된 것

제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는「소득세법」제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따른 주식매수 선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사시 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하는 경우에는「소득세법」제87조의5에 따른 금융투자소득세(이하 "금융투자소득세"라 한다)를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 이 항에서 "양도소득세"와 "양도소득금액"은 2023년 1월 1일부터는 각각 "금융투자소득세", "금융투자소득금액"으로 보고, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 해당하는 소득에 대해서는「소득세법」제87조의18에 따른 금융투자소득 기본공제를 적용하지 아니한다.

부칙(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부개정된 것)

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다.

제6조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 과세특례에 관한 적용례) ② 제16조의4 제1항의 개정규정(시가 이하 발행이익에 관한 부분은 제외한다)은 이 법 시행 이전에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 2021년 1월 1일 이후에 행사하는 경우에도 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

(가) 2021.5.4. 대통령령 제31661호로 개정된 것

제14조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례]

①법 제16조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다.

해당 과세기간의 종합소득금액에 대한 결정세액 - 해당 과세기간의 종합소득금액에서 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 제외하여 산출한 결정세액

제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」제43조 제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자

3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

② 법 제16조의4 제1항 을 적용받으려는 벤처기업 임직원은「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령 으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령 으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령 으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령 으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 금융투자업자는 기획재정부령 으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호 에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령 으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항 에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

4.「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제11조의3 제3항 에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것

⑨ 법 제16조의4 제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

(나) 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정된 것

제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호 에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령 으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항 에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

4. (삭제)

(3) 소득세법 시행령

제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조 제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)